臺北醫學大學原名臺北醫學院，創立于1960年6月1日，是醫學專家暨熱心醫藥教育人士胡水旺先生與徐千田先生等所捐資創設。創校之初，校地盡是一片荒蕪水田，教學與研究資源匱乏，四十八年來，在(zai)歷屆校長的努力下，從創校之(zhi)三(san)學(xue)系(xi)二(er)專科，擴展為現有醫(yi)學(xue)院、口腔醫(yi)學(xue)院、藥(yao)學(xue)院、護理(li)學(xue)院、公共衛生暨(ji)營養(yang)學(xue)院五個學(xue)院，十三(san)學(xue)系(xi)及十三(san)研究(jiu)所之(zhi)規模。自從2000年改名臺北醫(yi)學(xue)大學(xue)以來，便一直以成為國際一流醫(yi)學(xue)大學(xue)為目標，持續努力。
在教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)方面(mian)，作(zuo)為(wei)一所(suo)都會型醫學(xue)專(zhuan)(zhuan)業(ye)(ye)大(da)(da)學(xue)，臺北醫學(xue)大(da)(da)學(xue)的教(jiao)(jiao)(jiao)育理(li)念，在于教(jiao)(jiao)(jiao)導學(xue)生醫學(xue)專(zhuan)(zhuan)業(ye)(ye)知識之外(wai)，同時重(zhong)視博雅教(jiao)(jiao)(jiao)育，回歸以(yi)人(ren)為(wei)本的教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)。在這(zhe)樣的理(li)念上，自2006年起(qi)，連續三年獲得(de)(de)教(jiao)(jiao)(jiao)育部教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)卓(zhuo)越計劃補(bu)助，獲得(de)(de)肯(ken)定(ding)。為(wei)落(luo)實該校結合醫學(xue)科技與人(ren)文(wen)教(jiao)(jiao)(jiao)育的理(li)想，深化人(ren)文(wen)與通(tong)識教(jiao)(jiao)(jiao)育，學(xue)校以(yi)專(zhuan)(zhuan)業(ye)(ye)教(jiao)(jiao)(jiao)育通(tong)識化、通(tong)識教(jiao)(jiao)(jiao)育專(zhuan)(zhuan)業(ye)(ye)化為(wei)兩大(da)(da)主軸，持續貫徹教(jiao)(jiao)(jiao)學(xue)品質與績(ji)效的目標。
在研(yan)究(jiu)(jiu)(jiu)方面，頂(ding)尖(jian)研(yan)究(jiu)(jiu)(jiu)是國際(ji)一流(liu)大(da)學(xue)(xue)不可或(huo)缺之一環，臺北醫學(xue)(xue)大(da)學(xue)(xue)過去(qu)幾年來(lai)，研(yan)究(jiu)(jiu)(jiu)水準已有長足的進步。為持續朝向世界前五百大(da)頂(ding)尖(jian)大(da)學(xue)(xue)，學(xue)(xue)校順應(ying)國際(ji)趨勢，極力爭取大(da)型及(ji)整合型研(yan)究(jiu)(jiu)(jiu)計劃，延攬國內外杰出人才(cai)及(ji)其(qi)團隊，提高研(yan)究(jiu)(jiu)(jiu)獎勵，并建立與國際(ji)一流(liu)研(yan)究(jiu)(jiu)(jiu)單位(wei)合作關系。
在醫(yi)(yi)(yi)療方(fang)面，隨著教學(xue)(xue)研究的成長，該(gai)校醫(yi)(yi)(yi)療體系(xi)也日漸茁壯。臺(tai)北(bei)醫(yi)(yi)(yi)學(xue)(xue)大(da)學(xue)(xue)擁有(you)附設醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)、萬芳醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)、雙和醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)，三(san)所(suo)附屬醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)，近三(san)千床(chuang)之規模，是為臺(tai)北(bei)地區醫(yi)(yi)(yi)學(xue)(xue)院(yuan)校最大(da)之醫(yi)(yi)(yi)療體系(xi)。臺(tai)北(bei)醫(yi)(yi)(yi)學(xue)(xue)大(da)學(xue)(xue)統合(he)學(xue)(xue)校及三(san)附屬醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)的資源，在見、實習與臨床(chuang)技能訓練上，具有(you)完整的設備與空間(jian)，更以服務(wu)鄰(lin)近社區，保障(zhang)國人(ren)健康為職(zhi)志。
洪奇昌：民主進步黨立法委員(yuan)
林益世：國民黨立法委(wei)員
侯(hou)文(wen)詠：麻醉醫(yi)師、知名(ming)作家
張洪量：牙醫系(xi)畢業(ye)，流行音(yin)樂歌手、制作人
隆(long)中(zhong)隱：知名中(zhong)國音(yin)樂(le)教育(yu)者
陳以生：牙醫系(xi)學士、口(kou)研所碩(shuo)士，流行音樂歌手
陳子忠(zhong)：醫技系學士、中港臺醫療(liao)管理人(ren)員
李良雄：臺北榮(rong)民(min)總醫院院長
1958年(nian)，創辦人胡水旺先生、徐千田先生籌設北醫。
1960年，北醫(yi)創立，當時有醫(yi)學(xue)系、牙醫(yi)學(xue)系及藥學(xue)系三(san)系。
1963年(nian)，成立護(hu)理助產(chan)專修科，招收五(wu)專生。
1965年，成立醫(yi)事技術專修科，招收(shou)五專生。
1975年，醫事(shi)技術專(zhuan)修科改制為醫事(shi)技術學系(xi)。
1976年，設(she)立臺北醫學大學附(fu)設(she)醫院。
1977年，護理助產(chan)專修(xiu)科改(gai)制為護理學系。
1979年，成立(li)保健營養學系。
1989年，成(cheng)立公(gong)共衛(wei)生學(xue)系(xi)。
1989年，成立天然物醫學研究所。
1990年，胡俊弘先(xian)生接任(ren)校長，成立醫學研(yan)究所(suo)。
1992年(nian)，成立(li)口腔復(fu)健醫學研究所。
1993年，口腔(qiang)復(fu)健醫(yi)學研究(jiu)(jiu)所(suo)改名(ming)為牙醫(yi)學研究(jiu)(jiu)所(suo)。天然物(wu)醫(yi)學研究(jiu)(jiu)所(suo)改名(ming)為醫(yi)學研究(jiu)(jiu)所(suo)。
1994年，成(cheng)立細胞及(ji)分子生(sheng)物研究所(suo)。領先(xian)全國各校(xiao)成(cheng)立「醫學資訊暨電子計算(suan)機(ji)中(zhong)心」。
1995年(nian)，成立保健營養學研究所碩(shuo)士班。護理(li)學研究所碩(shuo)士班。
1996年，接(jie)收臺北市政府(fu)委托經營市立萬芳醫院。
1997年(nian)，成(cheng)立醫務管(guan)理學系(xi)。
1998年，成立生物醫學(xue)技術研究(jiu)所、醫學(xue)資(zi)訊研究(jiu)所。
1999年，成立生藥技(ji)術學系，是臺灣第(di)一個中藥相關學系。由(you)當(dang)時藥學院院長(chang)楊玲(ling)玲(ling)教授所創立,但由(you)於藥師全聯會的反(fan)對,迫使(shi)2007年停止招(zhao)生。
2000年，改名「臺北醫(yi)(yi)學大學」，成立醫(yi)(yi)務管理研(yan)究(jiu)所、生物(wu)醫(yi)(yi)學材料(liao)研(yan)究(jiu)所。
2001年，成立呼吸治療(liao)學(xue)系、口(kou)腔衛(wei)生學(xue)系。
2002年，成立藥理學(xue)研究所(suo)、口(kou)腔科學(xue)研究所(suo)、保健營養研究所(suo)博士班。
2003年(nian)，通過衛生署甄選(xuan)，籌建雙和(he)醫(yi)(yi)院(yuan)，并成立醫(yi)(yi)學人文研究所。
2004年，成立神經科學研究所(suo)。
2006年，口腔科學研(yan)(yan)究所(suo)與(yu)生醫材料研(yan)(yan)究所(suo)合(he)并，改名為生醫材料暨工程研(yan)(yan)究所(suo)。護理學研(yan)(yan)究所(suo)博士班成立、醫事技術學系改名為醫學檢驗暨生物技術學系。
2007年(nian)，成立牙體技術學(xue)系(xi)、老人護理(li)暨(ji)管理(li)學(xue)系(xi)。由原先的(de)醫(yi)(yi)學(xue)研究(jiu)所(suo)基礎組、細胞(bao)及(ji)分子生物研究(jiu)所(suo)、醫(yi)(yi)學(xue)檢驗(yan)暨(ji)生物技術學(xue)系(xi)碩士(shi)班、藥理(li)學(xue)研究(jiu)所(suo)及(ji)神經科學(xue)研究(jiu)所(suo)五所(suo)整合為醫(yi)(yi)學(xue)科學(xue)研究(jiu)所(suo)。
2008年，附屬醫(yi)院(yuan)-雙和(he)醫(yi)院(yuan)於7月(yue)1日(ri)開(kai)始營運、邱文(wen)達教授(shou)接任校長(chang)
2009年(nian)，醫務(wu)管理學系并入公共(gong)衛生(sheng)暨營養學院(yuan)，開始招收碩士班(ban)國際學生(sheng)。
2010年(nian)，成(cheng)立醫學科(ke)技學院(yuan)、人(ren)文(wen)暨社(she)會科(ke)學院(yuan)。
2011年(nian)，榮獲(huo)QS亞(ya)洲頂尖大(da)學前百(bai)大(da)。連續六年(nian)獲(huo)教育部補(bu)助近(jin)4億(yi)元。
2011年，邱(qiu)文達校長(chang)榮陞衛生署署長(chang)，閻云教授接任北醫第九任校長(chang)。
2013年，老(lao)人護(hu)理(li)暨管(guan)理(li)學系更名為高齡健康管(guan)理(li)學系。
2014年，藥(yao)學(xue)(xue)系分設藥(yao)學(xue)(xue)組(zu)、臨床藥(yao)學(xue)(xue)組(zu)。
2015年，成立管理學院，并將公共衛生暨(ji)營養學院中(zhong)的「醫務管理學系(xi)（學士(shi)(shi)班、碩(shuo)士(shi)(shi)班、碩(shuo)士(shi)(shi)在職(zhi)專(zhuan)班）」整并至管理學院。
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