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保(bao)護區(qu)位(wei)于甘肅省(sheng)西(xi)端(duan)的敦(dun)煌(huang)市南湖(hu)鄉境內，總面(mian)積(ji)8.81777萬(wan)公(gong)頃，東為(wei)黨(dang)河水庫(ku)，西(xi)隔甘肅敦(dun)煌(huang)西(xi)湖(hu)國家級自然保(bao)護區(qu)而見一望(wang)無(wu)際的庫(ku)姆(mu)塔格沙漠(mo)，南接阿克賽哈薩克族自治縣(xian)，北面(mian)則是(shi)大面(mian)積(ji)的戈壁荒漠(mo)。
全區年降水量平均值(zhi)為36.8--153.8毫(hao)米,年日(ri)照時(shi)數3033.4--3316.5小時(shi)，具有典(dian)型的(de)大(da)陸(lu)性荒(huang)漠(mo)氣候(hou)特點。
敦煌陽(yang)關(guan)(guan)自然保(bao)護區(qu)始建(jian)于(yu)1992年，地處河西(xi)走廊(lang)坳陷(xian)之西(xi)端(duan)，祁連山褶皺帶，位于(yu)瓜(gua)州(zhou)—敦煌盆地西(xi)南(nan)邊緣的陽(yang)關(guan)(guan)小(xiao)盆地。
1994年經省政府(fu)批準晉(jin)升(sheng)為省級自然保護區。
2006年，為了認真貫徹(che)落(luo)實(shi)溫家寶總(zong)理關于“敦(dun)煌生態保護工(gong)作(zuo)，必須高度重視(shi)，科學規劃，綜合(he)治理，加快進(jin)行。“絕不能讓敦(dun)煌變成第二個樓(lou)蘭”的重要批(pi)示精神，敦(dun)煌市政府在國家環(huan)保部的指(zhi)導下，正(zheng)式啟動了敦(dun)煌陽關省級(ji)自然(ran)保護區(qu)晉升國家級(ji)自然(ran)保護區(qu)的申報工(gong)作(zuo)。
2009年9月正式(shi)獲得(de)了國務院的審批命名，晉升為(wei)國家級自然保護區。
敦(dun)煌陽關國家級自(zi)然保護區總面(mian)(mian)積為(wei)(wei)(wei)8.81777萬公頃，其中(zhong)核心區面(mian)(mian)積為(wei)(wei)(wei)2.7322萬公頃，緩沖區面(mian)(mian)積為(wei)(wei)(wei)2.80826萬公頃，實驗區面(mian)(mian)積為(wei)(wei)(wei)3.27731萬公頃。
敦煌(huang)市氣(qi)象局(ju)為(wei)陽關(guan)自然(ran)(ran)保(bao)護(hu)(hu)區和(he)西(xi)湖自然(ran)(ran)保(bao)護(hu)(hu)區建立了無人區域(yu)自動站以(yi)及敦煌(huang)市建成的西(xi)北(bei)地區戈壁荒漠生(sheng)態(tai)與環境研究站，為(wei)自然(ran)(ran)保(bao)護(hu)(hu)區的保(bao)護(hu)(hu)和(he)發(fa)展(zhan)提供了科(ke)學依據和(he)氣(qi)象保(bao)障。
保(bao)護(hu)區(qu)(qu)是(shi)中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)西(xi)(xi)部干旱荒(huang)漠區(qu)(qu)中(zhong)(zhong)較為罕見的(de)特(te)殊成因內陸河流生態系統，保(bao)護(hu)區(qu)(qu)的(de)濕地(di)是(shi)中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)西(xi)(xi)部荒(huang)漠區(qu)(qu)重要(yao)的(de)候鳥(niao)(niao)棲息地(di)和遷徙驛站，生存(cun)著各種(zhong)鳥(niao)(niao)類(lei)87種(zhong)，其中(zhong)(zhong)候鳥(niao)(niao)50種(zhong)，列入(ru)國(guo)(guo)家一、二(er)級保(bao)護(hu)鳥(niao)(niao)類(lei)有(you)16種(zhong)，列入(ru)IUCN保(bao)護(hu)名(ming)錄的(de)有(you)2種(zhong)，列入(ru)《瀕危野(ye)生動(dong)物國(guo)(guo)際貿易(yi)公約》的(de)有(you)8種(zhong)，列入(ru)《中(zhong)(zhong)國(guo)(guo)瀕危動(dong)物紅(hong)皮書》的(de)有(you)3種(zhong)。
白尾海(hai)雕是(shi)大型(xing)猛禽(qin)，被列入《世界(jie)自然保(bao)護聯盟》（IUCN） 2012年瀕危物種(zhong)紅色名(ming)錄，屬于國家(jia)一級保(bao)護動(dong)物。
保(bao)護(hu)區還生長著各類(lei)種子植物141種，其中國(guo)家重點保(bao)護(hu)珍稀瀕(bin)危植物4種。
敦(dun)煌陽(yang)關國(guo)家級自(zi)(zi)然保(bao)(bao)(bao)護區(qu)(qu)的(de)建(jian)立，對積極探(tan)索(suo)極端干旱區(qu)(qu)荒漠(mo)濕(shi)(shi)地(di)(di)(di)的(de)治理、水環境(jing)改善和生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)多(duo)(duo)樣(yang)(yang)性(xing)保(bao)(bao)(bao)護，實現濕(shi)(shi)地(di)(di)(di)生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)環境(jing)的(de)重建(jian)，對研究(jiu)我國(guo)西(xi)部(bu)荒漠(mo)區(qu)(qu)濕(shi)(shi)地(di)(di)(di)與(yu)荒漠(mo)復合生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)系統的(de)變遷和演替，保(bao)(bao)(bao)存野生(sheng)(sheng)動植(zhi)物(wu)(wu)種(zhong)質的(de)遺傳多(duo)(duo)樣(yang)(yang)性(xing)和棲息地(di)(di)(di)，保(bao)(bao)(bao)護和拯救瀕(bin)危物(wu)(wu)種(zhong)，開展生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)學研究(jiu)具有獨(du)特的(de)價值，對甘肅河(he)西(xi)走廊乃(nai)至(zhi)中(zhong)國(guo)西(xi)部(bu)的(de)生(sheng)(sheng)態(tai)(tai)安全，莫高窟、月牙泉、陽(yang)關遺址等(deng)著名(ming)文(wen)化古跡(ji)和自(zi)(zi)然景觀(guan)的(de)保(bao)(bao)(bao)護，以及甘、青、新三省(sheng)區(qu)(qu)交界(jie)處生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)多(duo)(duo)樣(yang)(yang)性(xing)保(bao)(bao)(bao)護都有著重大(da)意義(yi)。保(bao)(bao)(bao)護區(qu)(qu)濕(shi)(shi)地(di)(di)(di)良好(hao)的(de)荒漠(mo)植(zhi)被、濕(shi)(shi)地(di)(di)(di)中(zhong)充足的(de)水源(yuan)和飼(si)料(liao)為(wei)黑鸛和鵝喉羚等(deng)珍稀瀕(bin)危動物(wu)(wu)的(de)生(sheng)(sheng)存和繁衍提(ti)供了保(bao)(bao)(bao)障。
