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1978年(nian)，巧家縣政府(fu)在藥山籌建“蕎山森林管理(li)站”。
1980年，設立“藥山森林公安派出所”。
1984年4月5日，云南省政(zheng)府批準建立藥山省級自然(ran)保護(hu)區(qu)，劃定面積(ji)10215公(gong)頃，并(bing)在藥山鎮設立了(le)藥山自然(ran)保護(hu)區(qu)管(guan)理所。
1990年后，由于在(zai)巧縣內的楊家(jia)灣發(fa)現(xian)了(le)巧家(jia)五針松群(qun)落（1999年被國家(jia)認定為Ⅰ級重(zhong)點保護野(ye)生植物），以及在(zai)金沙(sha)江邊發(fa)現(xian)國家(jia)Ⅱ級重(zhong)點野(ye)生植物——攀枝花蘇鐵(tie)群(qun)落，保護區(qu)范圍擴大。
2003年，進行自然保護區科學考(kao)察，正式確定(ding)了保護區邊界(jie)，面積擴大到(dao)20141公頃。
2005年，經國務(wu)院批準(zhun)正式列藥山為國家級自(zi)然保(bao)(bao)護(hu)區（國辦發[2005]40號文），面積20141公(gong)頃，藥山自(zi)然保(bao)(bao)護(hu)區管(guan)理(li)所也(ye)升格為管(guan)理(li)局。
2005年11月，巧縣林業(ye)局(ju)和保護區管理局(ju)委托云(yun)南(nan)(nan)省林業(ye)調查規劃設計院制定“云(yun)南(nan)(nan)藥(yao)山國(guo)家級(ji)自(zi)然(ran)保護區總體規劃”，通過專家評審并上(shang)報。
2006年(nian)2月，巧縣林(lin)(lin)(lin)業局和保(bao)護管理(li)局委托省林(lin)(lin)(lin)業調查規(gui)劃設計院開展“保(bao)護區建設工程可(ke)(ke)行性研究(jiu)”，《可(ke)(ke)研報告》經過專家(jia)評審，并隨云林(lin)(lin)(lin)計財[2006]33號文件上報國家(jia)林(lin)(lin)(lin)業局。
2006年(nian)6月(yue)，國家林(lin)業(ye)局(ju)以林(lin)計批(pi)字(zi)[2006]159號文(wen)《國家林(lin)業(ye)局(ju)關于保護(hu)區基礎建設項目(mu)可行性(xing)研究報告的批(pi)復(fu)》，對該項目(mu)主要(yao)建設內容及投(tou)資作了(le)批(pi)復(fu)。
2007年3月(yue)市、巧(qiao)縣編(bian)委(wei)批準成(cheng)立云南藥山國家級自(zi)然保護區管理局(ju)，為巧(qiao)家縣人民政府管理的副處(chu)級參公管理事業單位，業務上受林(lin)業部門指導。
云南藥山國家級自然保護區位于云南省昭通市巧(qiao)家縣境內，由南北互不(bu)相連的兩片(pian)組(zu)成(cheng)。
北邊的(de)(de)藥山片為保(bao)護區主(zhu)(zhu)體部分，地處金沙江與其主(zhu)(zhu)要支(zhi)流牛欄江的(de)(de)匯合處，地理坐標，東經102°57′47″～103°10′13″，北緯(wei)(wei)27°08′54″～27°25′31″；南(nan)邊的(de)(de)楊家(jia)灣片位于巧家(jia)縣城中南(nan)部，地理坐標：東經102°59′59″～103°01′33″，北緯(wei)(wei)26°50′38″～26°53′47″。
保護區(qu)所在地域屬我國西(xi)部型的(de)(de)(de)低緯高(gao)原季(ji)(ji)風(feng)氣(qi)候(hou)，有著日溫(wen)差大(da)，年溫(wen)差小，干濕(shi)季(ji)(ji)分明(ming)等特點，雨(yu)熱同期(qi)，干暖季(ji)(ji)立體氣(qi)候(hou)明(ming)顯(xian)。氣(qi)溫(wen)隨海拔(ba)(ba)高(gao)度的(de)(de)(de)增加而(er)呈明(ming)顯(xian)的(de)(de)(de)降(jiang)(jiang)低之勢。熱月(yue)（7月(yue)）平(ping)均氣(qi)溫(wen)從(cong)27.3℃下降(jiang)(jiang)到13.5℃；冷月(yue)（1月(yue)）平(ping)均氣(qi)溫(wen)從(cong)12.2℃下降(jiang)(jiang)到-0.1℃，降(jiang)(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)也(ye)隨海拔(ba)(ba)高(gao)度的(de)(de)(de)不同而(er)差異明(ming)顯(xian)。海拔(ba)(ba)1200米(mi)以下左(zuo)右，年降(jiang)(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)不足1000毫(hao)米(mi)；海拔(ba)(ba)2000米(mi)左(zuo)右，年降(jiang)(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)在1100毫(hao)米(mi)；海拔(ba)(ba)2500-3000米(mi)，降(jiang)(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)多；可達1500毫(hao)米(mi)。6-9月(yue)為雨(yu)季(ji)(ji)，占全(quan)(quan)年降(jiang)(jiang)水(shui)(shui)量(liang)(liang)的(de)(de)(de)70%，在光能資源上，年日照平(ping)均時數(shu)為1889.5小時；海拔(ba)(ba)840米(mi)，在全(quan)(quan)省(sheng)處(chu)于中低值區(qu)。
藥山(shan)國家級自(zi)然保(bao)護區河流(liu)(liu)屬金(jin)沙(sha)江(jiang)水(shui)系，各(ge)大小河流(liu)(liu)呈放射狀(zhuang)自(zi)轎頂山(shan)流(liu)(liu)出，進入金(jin)沙(sha)江(jiang)與牛欄江(jiang)。長度大于10千(qian)米的(de)(de)河流(liu)(liu)約11條，河床坡降(jiang)比大，水(shui)流(liu)(liu)湍急，河水(shui)經流(liu)(liu)量(liang)的(de)(de)季(ji)節性很強，雨(yu)季(ji)（5-10月）汛期經流(liu)(liu)量(liang)占全(quan)年的(de)(de)75%，旱季(ji)因降(jiang)雨(yu)少，河水(shui)經流(liu)(liu)由地下(xia)水(shui)補給。地下(xia)水(shui)的(de)(de)主要形式有孔(kong)隙水(shui)，裂隙水(shui)和巖溶水(shui)三種，其(qi)中風化玄武(wu)巖裂隙水(shui)是保(bao)護區主要的(de)(de)地下(xia)水(shui)類型。
藥(yao)山(shan)(shan)(shan)是烏(wu)蒙山(shan)(shan)(shan)脈的(de)(de)(de)西(xi)支，為(wei)金沙江與其支流牛欄江的(de)(de)(de)分(fen)水(shui)嶺。呈北南走(zou)向。主(zhu)峰轎頂(ding)山(shan)(shan)(shan)海(hai)拔4041.5米(mi)，為(wei)滇(dian)東(dong)(dong)北高(gao)峰，山(shan)(shan)(shan)頂(ding)與河谷(gu)(gu)間的(de)(de)(de)相對高(gao)差達3500米(mi)，在大地(di)(di)(di)(di)(di)構(gou)(gou)造上地(di)(di)(di)(di)(di)處古(gu)楊(yang)子板塊的(de)(de)(de)西(xi)部(bu)，為(wei)滇(dian)東(dong)(dong)臺褶帶組(zu)成(cheng)(cheng)部(bu)分(fen)，其西(xi)部(bu)邊緣是中(zhong)國的(de)(de)(de)小(xiao)江斷(duan)(duan)裂帶。保護區(qu)(qu)的(de)(de)(de)地(di)(di)(di)(di)(di)層層序清楚(chu)，構(gou)(gou)造形態和構(gou)(gou)造運動(dong)遺跡完(wan)好，既有(you)古(gu)陸板塊內的(de)(de)(de)古(gu)裂谷(gu)(gu)活動(dong)遺跡，又(you)有(you)新構(gou)(gou)造成(cheng)(cheng)運動(dong)痕跡。第四紀冰川(chuan)活動(dong)遺跡完(wan)整而(er)典型(xing)，古(gu)生代以(yi)來的(de)(de)(de)地(di)(di)(di)(di)(di)質地(di)(di)(di)(di)(di)貌(mao)演化，深刻(ke)地(di)(di)(di)(di)(di)影響了(le)這一地(di)(di)(di)(di)(di)區(qu)(qu)的(de)(de)(de)地(di)(di)(di)(di)(di)理(li)特征在地(di)(di)(di)(di)(di)貌(mao)區(qu)(qu)劃類型(xing)上。屬滇(dian)東(dong)(dong)岔地(di)(di)(di)(di)(di)山(shan)(shan)(shan)原區(qu)(qu)的(de)(de)(de)滇(dian)東(dong)(dong)北中(zhong)山(shan)(shan)(shan)山(shan)(shan)(shan)原亞區(qu)(qu)的(de)(de)(de)構(gou)(gou)造溶蝕侵蝕地(di)(di)(di)(di)(di)貌(mao)。保護區(qu)(qu)既有(you)高(gao)山(shan)(shan)(shan)峽谷(gu)(gu)，也(ye)有(you)斷(duan)(duan)崖巖坎，山(shan)(shan)(shan)勢險峻(jun)，山(shan)(shan)(shan)頂(ding)面為(wei)受(shou)古(gu)冰蝕作用改造的(de)(de)(de)夷平(ping)面，地(di)(di)(di)(di)(di)形平(ping)緩延綿、角峰、刃背、溧礫、槽、洼地(di)(di)(di)(di)(di)常見，且分(fen)布有(you)數十處大小(xiao)不等的(de)(de)(de)冰蝕湖。
藥山特(te)定的(de)(de)地(di)理位置和山體高(gao)度(du)、水(shui)熱條(tiao)件和植被(bei)隨(sui)高(gao)度(du)的(de)(de)變化(hua)，致使不同(tong)海拔高(gao)度(du)的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤，其形成過(guo)程、強度(du)和發(fa)育方(fang)向(xiang)不同(tong)，形成了性(xing)狀特(te)征(zheng)截然不同(tong)的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤類(lei)型(xing)，表(biao)現出非常明顯(xian)的(de)(de)垂(chui)直(zhi)(zhi)(zhi)分布規律。從金沙江、牛欄江河谷到藥山山頂，隨(sui)著(zhu)海拔的(de)(de)升(sheng)高(gao)，依(yi)次分布有以下土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤帶：燥紅(hong)土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)、紅(hong)壤、西坡、黃(huang)棕壤、棕壤、暗棕壤、亞高(gao)山草甸土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)、高(gao)山寒漠土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)。土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤垂(chui)直(zhi)(zhi)(zhi)帶譜屬于季風性(xing)帶譜系統，據基帶土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤紅(hong)壤與(yu)優勢土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤垂(chui)直(zhi)(zhi)(zhi)帶所屬土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)綱（鐵(tie)鋁土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)、淋溶土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)）來看，帶譜類(lei)型(xing)系亞熱帶濕潤型(xing)，是滇(dian)東北、川西南、黔西地(di)區具(ju)代表(biao)性(xing)的(de)(de)、也是典型(xing)完整(zheng)的(de)(de)土(tu)(tu)(tu)(tu)(tu)壤垂(chui)直(zhi)(zhi)(zhi)帶譜。
云南(nan)藥山國家級自然保(bao)(bao)護區管(guan)理(li)局內設辦(ban)公室、宣傳教育科(ke)(ke)、保(bao)(bao)護管(guan)理(li)科(ke)(ke)、科(ke)(ke)研所四(si)個(ge)副(fu)科(ke)(ke)級科(ke)(ke)室，下設東坪管(guan)理(li)所、藥山管(guan)理(li)所、楊家灣管(guan)理(li)站(zhan)(zhan)、大村管(guan)理(li)站(zhan)(zhan)、紅(hong)山管(guan)理(li)站(zhan)(zhan)、大寨管(guan)理(li)站(zhan)(zhan)2所4站(zhan)(zhan)。
