貝(bei)(bei)加(jia)爾湖(hu)(hu)形成于(yu)(yu)約2500萬年(nian)前印(yin)度板(ban)塊(kuai)和(he)歐亞板(ban)塊(kuai)相互碰撞(zhuang)后(hou)的強(qiang)烈地震,湖(hu)(hu)盆形成于(yu)(yu)2000~2500萬年(nian)前。前蘇聯科學家(jia)維列夏金根據古生物和(he)地質方(fang)面的材料(liao)推測,中(zhong)生代侏羅紀(ji)時的貝(bei)(bei)加(jia)爾湖(hu)(hu)以東地區,曾(ceng)有過一(yi)個浩瀚的外貝(bei)(bei)加(jia)爾海。后(hou)來由于(yu)(yu)地殼變動(dong),留下了內陸湖(hu)(hu)泊(bo)-貝(bei)(bei)加(jia)爾湖(hu)(hu)。隨著雨水、河水的不斷(duan)加(jia)入,咸水變淡。
球(qiu)膨裂說(shuo)認為,46億(yi)年(nian)前地(di)(di)球(qiu)形成(cheng)之后,在39億(yi)年(nian)前,空氣(qi)中的(de)(de)(de)(de)(de)水(shui)(shui)(shui)蒸汽(qi)凝結(jie)成(cheng)水(shui)(shui)(shui)珠降回(hui)地(di)(di)表形成(cheng)海(hai)(hai)洋,這時的(de)(de)(de)(de)(de)海(hai)(hai)洋覆蓋這整個地(di)(di)球(qiu),深(shen)度1.2萬米。5.2億(yi)年(nian)前,由于地(di)(di)球(qiu)發生了大(da)(da)的(de)(de)(de)(de)(de)膨裂,海(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)流(liu)入(ru)地(di)(di)殼的(de)(de)(de)(de)(de)裂縫,海(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)從大(da)(da)陸上(shang)逐步退出,大(da)(da)陸逐漸(jian)露出海(hai)(hai)面,一(yi)些海(hai)(hai)洋生物就留(liu)在了大(da)(da)陸上(shang)低洼地(di)(di)區的(de)(de)(de)(de)(de)湖(hu)泊里。5.2億(yi)年(nian)前的(de)(de)(de)(de)(de)海(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)是咸的(de)(de)(de)(de)(de),因此貝(bei)加爾湖(hu)的(de)(de)(de)(de)(de)湖(hu)水(shui)(shui)(shui)也是咸的(de)(de)(de)(de)(de),但由于大(da)(da)量的(de)(de)(de)(de)(de)雨水(shui)(shui)(shui)、河水(shui)(shui)(shui)不斷流(liu)入(ru)貝(bei)加爾湖(hu),湖(hu)水(shui)(shui)(shui)逐漸(jian)變(bian)淡(dan)。一(yi)些在海(hai)(hai)洋咸水(shui)(shui)(shui)中生存(cun)的(de)(de)(de)(de)(de)海(hai)(hai)洋生物,逐漸(jian)適應了貝(bei)加爾湖(hu)中的(de)(de)(de)(de)(de)淡(dan)水(shui)(shui)(shui)環(huan)境。