貝加(jia)爾(er)湖形成于(yu)約2500萬年前印(yin)度板(ban)塊和歐亞(ya)板(ban)塊相互(hu)碰撞后(hou)的強烈(lie)地(di)震,湖盆形成于(yu)2000~2500萬年前。前蘇聯科學家維(wei)列夏(xia)金(jin)根據古生(sheng)物(wu)和地(di)質(zhi)方面的材料推測,中生(sheng)代侏羅紀時的貝加(jia)爾(er)湖以東地(di)區,曾有過一個浩瀚的外貝加(jia)爾(er)海。后(hou)來由(you)于(yu)地(di)殼變動,留(liu)下了內陸湖泊-貝加(jia)爾(er)湖。隨著雨(yu)水(shui)(shui)、河水(shui)(shui)的不斷加(jia)入(ru),咸水(shui)(shui)變淡(dan)。
球(qiu)膨裂說認為,46億(yi)年(nian)(nian)前地(di)球(qiu)形(xing)成之(zhi)后(hou),在39億(yi)年(nian)(nian)前,空氣中(zhong)的(de)(de)水(shui)(shui)(shui)(shui)蒸(zheng)汽凝(ning)結(jie)成水(shui)(shui)(shui)(shui)珠降回地(di)表形(xing)成海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang),這(zhe)時的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)覆蓋這(zhe)整個地(di)球(qiu),深度1.2萬米。5.2億(yi)年(nian)(nian)前,由(you)于地(di)球(qiu)發生了大的(de)(de)膨裂,海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)(shui)流入地(di)殼的(de)(de)裂縫(feng),海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)(shui)從大陸(lu)上逐步(bu)退出(chu),大陸(lu)逐漸露出(chu)海(hai)(hai)(hai)面,一些海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生物(wu)就留在了大陸(lu)上低洼地(di)區的(de)(de)湖泊里。5.2億(yi)年(nian)(nian)前的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)水(shui)(shui)(shui)(shui)是(shi)咸(xian)的(de)(de),因(yin)此貝(bei)加(jia)(jia)爾湖的(de)(de)湖水(shui)(shui)(shui)(shui)也(ye)是(shi)咸(xian)的(de)(de),但由(you)于大量的(de)(de)雨(yu)水(shui)(shui)(shui)(shui)、河水(shui)(shui)(shui)(shui)不斷流入貝(bei)加(jia)(jia)爾湖,湖水(shui)(shui)(shui)(shui)逐漸變淡(dan)。一些在海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)咸(xian)水(shui)(shui)(shui)(shui)中(zhong)生存(cun)的(de)(de)海(hai)(hai)(hai)洋(yang)(yang)生物(wu),逐漸適應了貝(bei)加(jia)(jia)爾湖中(zhong)的(de)(de)淡(dan)水(shui)(shui)(shui)(shui)環境。