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同(tong)治七年十一月(yue)三十日(ri)（1869年1月(yue)12日(ri)），章太(tai)炎出生于一個地主家庭(ting)。章太(tai)炎起初跟從(cong)外(wai)(wai)祖(zu)(zu)父朱有虔（左(zuo)卿）學習，自稱：“余(yu)十一歲時，外(wai)(wai)祖(zu)(zu)朱左(zuo)卿授余(yu)讀經，偶讀蔣氏《東華錄》曾靜案(an)，外(wai)(wai)祖(zu)(zu)謂(wei)：‘夷夏之(zhi)防(fang)，同(tong)于君臣之(zhi)義。’余(yu)問：‘前人有談此(ci)語否？’外(wai)(wai)祖(zu)(zu)曰：‘王船山、顧亭(ting)林已言之(zhi)，尤(you)以王氏之(zhi)言為甚。謂(wei)‘歷代(dai)亡(wang)(wang)國，無足輕重，惟南宋之(zhi)亡(wang)(wang)，則(ze)衣冠文物，亦(yi)與之(zhi)俱亡(wang)(wang)。’余(yu)曰：‘明亡(wang)(wang)于清，反不如(ru)亡(wang)(wang)于李(li)闖。’外(wai)(wai)祖(zu)(zu)曰：‘今不必作(zuo)此(ci)論(lun)，若果(guo)李(li)闖得明天下，闖雖(sui)不善，其子孫未必皆(jie)不善，惟今不必作(zuo)此(ci)論(lun)耳(er)。’余(yu)之(zhi)革命思想伏(fu)根于此(ci)。”
光緒十六年（1890年），章(zhang)太炎(yan)到(dao)杭州詁(gu)經精舍(she)學習(xi)，詁(gu)經精舍(she)的主持人是(shi)俞(yu)(yu)樾，俞(yu)(yu)樾是(shi)從顧炎(yan)武、戴震(zhen)、王(wang)念孫、王(wang)引之等一(yi)脈(mo)相(xiang)承下來的清代著名樸(pu)學大(da)師，撰有(you)(you)《群(qun)(qun)經平議》、《諸子(zi)平議》、《古(gu)書疑(yi)義舉例》，校正群(qun)(qun)經，諸子(zi)句讀，審定文義，并分析其特(te)殊(shu)文法(fa)與修辭，治學方法(fa)縝(zhen)密(mi)，章(zhang)太炎(yan)受其影響，埋頭(tou)研究(jiu)學問，前(qian)后一(yi)共有(you)(you)八年之久，期(qi)間(jian)章(zhang)太炎(yan)收獲頗大(da)。
光(guang)緒二十(shi)(shi)年(nian)(nian)（1894年(nian)(nian)），中日甲(jia)午戰爭(zheng)中中國被日本侵略者打敗，在民(min)族危機深重的(de)(de)刺激下(xia)，章太(tai)炎(yan)毅然走(zou)出(chu)書(shu)齋，聽(ting)到康(kang)有(you)為設立強學(xue)(xue)會，“寄會費銀十(shi)(shi)六圓(yuan)入會”。并于(yu)光(guang)緒二十(shi)(shi)二年(nian)(nian)（1896年(nian)(nian)）年(nian)(nian)末辭別俞樾，來到上(shang)海，擔任《時務報》編務。章太(tai)炎(yan)當時的(de)(de)辦報主張是“馳騁百家”，“引古鑒今”，“證(zheng)今則不為巵言，陳古則不觸時忌”。他在《時務報》任職不久，文章也只發(fa)表《論亞洲宜自(zi)為唇齒(chi)》和(he)(he)《論學(xue)(xue)會有(you)大益(yi)于(yu)黃人亟宜保護(hu)》兩篇。他認為凡是西方資本主義(yi)國家的(de)(de)長技，都(dou)可以被中國所借(jie)鑒，并且可以作為改(gai)變(bian)(bian)成法的(de)(de)參(can)考(kao)，例如舉辦“有(you)益(yi)于(yu)黃人”的(de)(de)學(xue)(xue)會。應(ying)(ying)該(gai)“修內政(zheng)”，行“新制(zhi)度”，不能“惟舊(jiu)章之(zhi)(zhi)守”，而須“發(fa)憤為天(tian)下(xia)雄”。他認為“變(bian)(bian)郊號，柴(chai)社稷，謂之(zhi)(zhi)革(ge)命；禮秀民(min)，聚俊才，謂之(zhi)(zhi)革(ge)政(zheng)。”在當時的(de)(de)社會條件下(xia)，應(ying)(ying)該(gai)“以革(ge)政(zheng)挽革(ge)命”，亦即實(shi)施政(zheng)治改(gai)革(ge)。與此(ci)同時，章太(tai)炎(yan)又(you)編撰《經世報》、《實(shi)學(xue)(xue)報》和(he)(he)《譯書(shu)公(gong)會報》。還于(yu)光(guang)緒二十(shi)(shi)四(si)年(nian)(nian)（1898年(nian)(nian)）上(shang)書(shu)李鴻章，企求他能把握世界(jie)的(de)(de)潮流實(shi)行改(gai)革(ge)。也曾跑到武昌，幫助(zhu)張之(zhi)(zhi)洞辦《正(zheng)學(xue)(xue)報》，幻(huan)想借(jie)助(zhu)他的(de)(de)實(shi)力(li)推動維(wei)(wei)新變(bian)(bian)法。不久，維(wei)(wei)新派(pai)(pai)推動的(de)(de)百日維(wei)(wei)新夭折(zhe)，章太(tai)炎(yan)避地臺灣(wan)。他對戊戌六君子(zi)的(de)(de)慘遭殺戮深表憤慨；對康(kang)有(you)為“內不容(rong)于(yu)讒構”而“見(jian)詆于(yu)俗儒鄉愿(yuan)者”為之(zhi)(zhi)解脫；對以慈禧太(tai)后為首的(de)(de)頑固派(pai)(pai)的(de)(de)專制(zhi)驕橫極為仇(chou)恨，“討(tao)之(zhi)(zhi)猶可，況數其罪乎？”經歷維(wei)(wei)新新政(zheng)的(de)(de)破滅，他的(de)(de)“革(ge)政(zheng)”思想較前又(you)有(you)發(fa)展(zhan)。
光緒二十(shi)五年（1899年）夏天，章太炎(yan)東渡日本(ben)，在京都、東京等地為反清做準備，并與梁啟超(chao)等人修(xiu)好(hao)，之后返回上海參與《亞東時(shi)報(bao)》編務工(gong)作。此時(shi)章太炎(yan)的(de)排滿觀(guan)和古文經立(li)場日益明確，在蘇州出(chu)版(ban)了其(qi)著作《訄書》的(de)第(di)一版(ban)，由梁啟超(chao)題簽(qian)。
光(guang)緒二(er)十(shi)六年(nian)（1900年(nian)），義和團運(yun)動爆發，八國(guo)(guo)聯軍(jun)侵(qin)華等(deng)相繼發生，慈禧太(tai)(tai)后等(deng)頑固派(pai)的(de)賣國(guo)(guo)原(yuan)形暴露無遺(yi)，章太(tai)(tai)炎(yan)受到(dao)極大(da)震動，從(cong)維(wei)新夢中醒來。7月，在上海召開(kai)(kai)的(de)中國(guo)(guo)議會上，他激烈反對改良(liang)派(pai)提(ti)出的(de)“一面排(pai)滿(man)，一面勤王(wang)”的(de)模糊口號，“宣言(yan)脫社，割(ge)辮(bian)與(yu)絕”，撰《解辮(bian)發》以明志。對過(guo)去設想的(de)“客(ke)帝(di)”、“分鎮”也進行了(le)糾正，說是“余自戊、己違難，與(yu)尊清者游而(er)作(zuo)《客(ke)帝(di)》，飾茍且之(zhi)(zhi)心(xin)，棄本崇教，其違于形勢(shi)遠矣(yi)”。進而(er)提(ti)出：“滿(man)洲弗逐，欲士之(zhi)(zhi)愛國(guo)(guo)，民(min)之(zhi)(zhi)敵愾，不可得也。浸(jin)微浸(jin)削，亦終為(wei)(wei)歐(ou)、美之(zhi)(zhi)陪隸已矣(yi)。”接著，章太(tai)(tai)炎(yan)樹起反清的(de)旗幟，開(kai)(kai)始(shi)向(xiang)改良(liang)派(pai)展開(kai)(kai)斗爭。光(guang)緒二(er)十(shi)七年(nian)（1901年(nian)），章太(tai)(tai)炎(yan)在東京《國(guo)(guo)民(min)報》發表《正仇滿(man)論(lun)》，尖銳批判(pan)梁(liang)啟超(chao)：“梁(liang)子所(suo)悲痛(tong)者，革(ge)命(ming)耳；所(suo)悲痛(tong)于革(ge)命(ming)，而(er)思以憲法易之(zhi)(zhi)者，為(wei)(wei)其圣明之(zhi)(zhi)主耳。”
光緒二(er)(er)十八年正(zheng)月(yue)（1902年2月(yue)），章(zhang)太(tai)炎(yan)再次被追(zhui)捕，流(liu)亡日本。初住(zhu)橫濱(bin)，后(hou)入東京，和孫中山結識(shi)，他(ta)們共(gong)同商討推翻清朝(chao)之(zhi)(zhi)(zhi)后(hou)的典(dian)(dian)章(zhang)制(zhi)度(du)和中國的土(tu)地賦(fu)稅以至建都問(wen)題，《訄(qiu)書(shu)(shu)》重印本《相宅》和《定版籍(ji)》中，就記錄了他(ta)倆當時的討論情況。6月(yue)，章(zhang)太(tai)炎(yan)返(fan)回祖國，為上海(hai)廣(guang)智(zhi)書(shu)(shu)局修改(gai)他(ta)的譯文，曾譯述日本岸(an)本能武太(tai)所著《社會學》。他(ta)還修改(gai)了《訄(qiu)書(shu)(shu)》，并立下了編修《中國通(tong)史(shi)》的志向，認為“所貴乎通(tong)史(shi)者，固有二(er)(er)方(fang)面：一方(fang)以發明社會政治進化(hua)衰微之(zhi)(zhi)(zhi)原理(li)為主，則于典(dian)(dian)志見之(zhi)(zhi)(zhi)；一方(fang)以鼓舞民氣，啟導方(fang)來為主，則亦必于紀(ji)傳見之(zhi)(zhi)(zhi)”。
光緒(xu)二(er)十九年二(er)月（1903年3月），章太(tai)炎到(dao)中(zhong)(zhong)國(guo)教(jiao)育會贊(zan)助成立(li)的上海愛國(guo)社任教(jiao)。這(zhe)時，抗(kang)法拒(ju)俄運動展開(kai)，革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)形勢發(fa)展，而(er)康有(you)為(wei)卻發(fa)表了《與同(tong)學(xue)諸子梁(liang)啟超等論印度亡國(guo)由于(yu)各省自立(li)書》和《答南北美(mei)洲諸華商論中(zhong)(zhong)國(guo)只可(ke)行立(li)憲不可(ke)行革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)書》，反(fan)對(dui)革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)黨(dang)公開(kai)攻(gong)擊(ji)滿(man)族統(tong)治者，以(yi)(yi)(yi)為(wei)立(li)憲可(ke)以(yi)(yi)(yi)避免革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)造成的慘劇，鼓吹光緒(xu)帝(di)復(fu)辟。章太(tai)炎看到(dao)后，公開(kai)批駁康有(you)為(wei)，指出康有(you)為(wei)所謂的“滿(man)漢(han)不分，君民同(tong)治”，實際上是(shi)“屈心忍(ren)志以(yi)(yi)(yi)處奴隸之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)地”。光緒(xu)帝(di)只是(shi)“未(wei)辨菽麥”的“小丑(chou)”，他(ta)當(dang)初贊(zan)成變法，不過是(shi)“保(bao)吾(wu)權位”，如(ru)果(guo)一旦復(fu)辟，必(bi)然(ran)將(jiang)中(zhong)(zhong)國(guo)引(yin)向滅亡。章太(tai)炎贊(zan)美(mei)革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)：“公理之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)未(wei)明(ming)(ming)，即(ji)以(yi)(yi)(yi)革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)明(ming)(ming)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)；舊俗(su)之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)俱在，即(ji)以(yi)(yi)(yi)革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)去之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)。革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)非(fei)天雄、大黃之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)猛劑(ji)，而(er)實補瀉兼備之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)良藥矣。”他(ta)又為(wei)鄒(zou)容《革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)軍》撰序，說(shuo)是(shi)“夫中(zhong)(zhong)國(guo)吞噬于(yu)逆(ni)胡(hu)二(er)百六十年矣，宰割之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)酷，詐暴之(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)工(gong)，人(ren)人(ren)所身(shen)受，當(dang)無不昌言革(ge)(ge)(ge)(ge)命(ming)(ming)(ming)”。
光緒三十二年(nian)（1906年(nian)）6月29日(ri)(ri)，章(zhang)太(tai)炎(yan)出獄(yu)，中(zhong)(zhong)(zhong)國(guo)(guo)(guo)同盟(meng)(meng)(meng)會(hui)派員至滬迎章(zhang)太(tai)炎(yan)赴(fu)日(ri)(ri)。他(ta)在(zai)日(ri)(ri)本(ben)加入中(zhong)(zhong)(zhong)國(guo)(guo)(guo)同盟(meng)(meng)(meng)會(hui)，主編(bian)中(zhong)(zhong)(zhong)國(guo)(guo)(guo)同盟(meng)(meng)(meng)會(hui)機(ji)關(guan)報(bao)《民報(bao)》。他(ta)在(zai)東京留(liu)學生歡迎會(hui)上發(fa)表(biao)演(yan)(yan)說(shuo)，述“平生的(de)歷史與近日(ri)(ri)辦(ban)事的(de)方(fang)法”，認為最緊要的(de)是(shi)(shi)：“第一，是(shi)(shi)用宗(zong)教發(fa)起(qi)信心，增進國(guo)(guo)(guo)民的(de)道德；第二，是(shi)(shi)用國(guo)(guo)(guo)粹激動種(zhong)性，增進愛(ai)(ai)國(guo)(guo)(guo)的(de)熱腸。”他(ta)說(shuo)：“近來有一種(zhong)歐化主義(yi)的(de)人(ren)(ren)(ren)，總說(shuo)中(zhong)(zhong)(zhong)國(guo)(guo)(guo)人(ren)(ren)(ren)比西洋人(ren)(ren)(ren)所(suo)差甚遠，所(suo)以自甘(gan)暴棄(qi)，說(shuo)中(zhong)(zhong)(zhong)國(guo)(guo)(guo)必定滅(mie)亡，黃種(zhong)必定剿絕。因為他(ta)不(bu)曉(xiao)得(de)中(zhong)(zhong)(zhong)國(guo)(guo)(guo)的(de)長處，見得(de)別無(wu)(wu)可愛(ai)(ai)，就(jiu)(jiu)把愛(ai)(ai)國(guo)(guo)(guo)愛(ai)(ai)種(zhong)之心，一日(ri)(ri)衰(shuai)薄一日(ri)(ri)。若他(ta)曉(xiao)得(de)，我(wo)想就(jiu)(jiu)是(shi)(shi)全(quan)無(wu)(wu)心肝的(de)人(ren)(ren)(ren)，那愛(ai)(ai)國(guo)(guo)(guo)愛(ai)(ai)種(zhong)之心，必定風發(fa)泉(quan)涌，不(bu)可遏抑的(de)。”認為“古事古跡(ji)，都(dou)可以動人(ren)(ren)(ren)愛(ai)(ai)國(guo)(guo)(guo)的(de)心思”。章(zhang)太(tai)炎(yan)在(zai)《民報(bao)》上發(fa)表(biao)了不(bu)少(shao)政(zheng)論，基本(ben)上是(shi)(shi)宣揚(yang)同盟(meng)(meng)(meng)會(hui)的(de)革(ge)命綱領的(de)。在(zai)《民報(bao)一周年(nian)紀(ji)念(nian)會(hui)祝辭(ci)》中(zhong)(zhong)(zhong)強調：“掃除(chu)腥羶(shan)，建立民國(guo)(guo)(guo)。”《民報(bao)一周年(nian)紀(ji)念(nian)會(hui)演(yan)(yan)說(shuo)辭(ci)》說(shuo)：“革(ge)命大事，不(bu)怕不(bu)成(cheng)；中(zhong)(zhong)(zhong)華民國(guo)(guo)(guo)，不(bu)怕不(bu)立。”由章(zhang)太(tai)炎(yan)手(shou)撰，以“軍政(zheng)府”名義(yi)發(fa)表(biao)的(de)《討滿(man)洲(zhou)檄》，更明(ming)確指出：“自盟(meng)(meng)(meng)而后(hou)，為掃除(chu)韃虜，恢(hui)復(fu)中(zhong)(zhong)(zhong)華，建立民國(guo)(guo)(guo)，平均地權(quan)。有諭(yu)此盟(meng)(meng)(meng)，四(si)萬萬人(ren)(ren)(ren)共擊之。”
章太(tai)(tai)炎(yan)在論(lun)文(wen)中強調革(ge)命(ming)(ming)黨(dang)自(zi)身(shen)的(de)建設，認為“優于(yu)私(si)德(de)者(zhe)亦必(bi)優于(yu)公德(de)，薄(bo)于(yu)私(si)德(de)者(zhe)亦必(bi)薄(bo)于(yu)公德(de)。而無道德(de)者(zhe)之(zhi)不(bu)(bu)能革(ge)命(ming)(ming)，較(jiao)然明矣”。指出革(ge)命(ming)(ming)者(zhe)必(bi)須“確固堅厲，重然諾，輕死(si)生”，應該做到(dao)“知恥(chi)”、“重厚”、“耿(geng)介(jie)”、“必(bi)信”，要有“革(ge)命(ming)(ming)之(zhi)道德(de)”。章太(tai)(tai)炎(yan)在論(lun)文(wen)中深(shen)刻(ke)揭(jie)露改良派(pai)“競(jing)名死(si)利”、“志在千祿”的(de)丑(chou)態。并說：“夫其所操技術，豈謂上足以(yi)(yi)(yi)給當世(shi)之(zhi)用，下足以(yi)(yi)(yi)成一家之(zhi)言耶？汗(han)漫(man)之(zhi)策(ce)論(lun)，不(bu)(bu)可(ke)以(yi)(yi)(yi)為成文(wen)之(zhi)法；雜(za)博之(zhi)記誦，不(bu)(bu)可(ke)以(yi)(yi)(yi)當說經之(zhi)詁；單篇之(zhi)文(wen)筆，不(bu)(bu)可(ke)以(yi)(yi)(yi)承儒、墨之(zhi)流；匿采之(zhi)華(hua)辭(ci)，不(bu)(bu)可(ke)以(yi)(yi)(yi)備瞽蒙之(zhi)頌；淫哇之(zhi)賦詠(yong)，不(bu)(bu)可(ke)以(yi)(yi)(yi)瞻國(guo)政之(zhi)違。既失(shi)其末，而又不(bu)(bu)得其本，視經方陶冶之(zhi)流，猶尚弗及，亦曰以(yi)(yi)(yi)是嘩世(shi)取寵而已(yi)”，指出改良派(pai)的(de)“謀(mou)立憲”，只能使“豪(hao)民(min)(min)得志，苞苴橫流，朝有黨(dang)援，吏(li)依(yi)門戶(hu)，士(shi)習囂競(jing)，民(min)(min)苦騷煩”，表(biao)示堅決反對(dui)。他(ta)還在《民(min)(min)報》上刊發(fa)別人批(pi)駁(bo)《新民(min)(min)叢(cong)報》的(de)文(wen)章。章太(tai)(tai)炎(yan)在《民(min)(min)報》上發(fa)表(biao)的(de)文(wen)章，大都針鋒相對(dui)，文(wen)字銳(rui)利，“真(zhen)是所向(xiang)披靡，令人神旺(wang)”。
自光(guang)緒(xu)三(san)十(shi)一年(nian)(nian)（1905年(nian)(nian)）起(qi)，章太(tai)炎在《國(guo)粹(cui)學(xue)(xue)(xue)報(bao)》上(shang)發表若干學(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)文字(zi)，并在東京開(kai)(kai)設國(guo)學(xue)(xue)(xue)講(jiang)習班，“宏獎光(guang)復，不(bu)廢講(jiang)學(xue)(xue)(xue)”。此(ci)前，光(guang)緒(xu)二(er)十(shi)九年(nian)(nian)（1903年(nian)(nian)），章太(tai)炎與(yu)近(jin)(jin)代(dai)古文經學(xue)(xue)(xue)另一重鎮劉師培定交(jiao)，此(ci)后因學(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)祈向相近(jin)(jin)而交(jiao)往日密，遂(sui)發生被劉師培與(yu)妻子何震誣蔑叛變(bian)事件。又與(yu)孫中山、汪精衛、黃興等因《民報(bao)》不(bu)合(he)，乃由提(ti)倡光(guang)復轉入專(zhuan)心論(lun)學(xue)(xue)(xue)，著有(you)《文始(shi)》《新方言》《國(guo)故論(lun)衡(heng)》《齊物(wu)論(lun)釋(shi)》等。其中《國(guo)故論(lun)衡(heng)》為近(jin)(jin)代(dai)學(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)史上(shang)有(you)數之巨制，開(kai)(kai)辟了漢語(yu)言文字(zi)學(xue)(xue)(xue)、經學(xue)(xue)(xue)、文學(xue)(xue)(xue)及(ji)哲學(xue)(xue)(xue)、心理學(xue)(xue)(xue)的現代(dai)化研究(jiu)的先河。宣統元年(nian)(nian)（1909年(nian)(nian)）又編(bian)有(you)《教育今(jin)語(yu)雜志(zhi)》，撰(zhuan)寫若干白話述學(xue)(xue)(xue)著作，以普及(ji)學(xue)(xue)(xue)術(shu)(shu)。
宣(xuan)統三年(nian)（1911年(nian)），武(wu)昌起義勝利之(zhi)后，章太炎提(ti)出了“革命軍起，革命黨消”的錯誤(wu)口號，主(zhu)(zhu)張(zhang)(zhang)解散(san)同盟會(hui)(hui)，并(bing)和一些立憲(xian)黨人在一起，組織(zhi)中華(hua)民國(guo)聯合會(hui)(hui)。民國(guo)元年(nian)（1912年(nian)）1月(yue)1日，孫(sun)中山(shan)在南(nan)京就任中華(hua)民國(guo)臨時大總(zong)統，聘任章太炎為(wei)總(zong)統府樞密顧問，他(ta)不愿常駐南(nan)京，返回(hui)上海。2月(yue)中旬，在討論建(jian)都問題時，章太炎主(zhu)(zhu)張(zhang)(zhang)建(jian)都北京，認為(wei)“中國(guo)本(ben)因舊(jiu)之(zhi)國(guo)，非新辟之(zhi)國(guo)，其良(liang)法美俗(su)，應保存(cun)者則(ze)存(cun)留之(zhi)，不能(neng)事事更張(zhang)(zhang)也”。他(ta)依戀舊(jiu)制(zhi)度(du)，說“專(zhuan)制(zhi)非無良(liang)規，共(gong)和非無粃政(zheng)”，“政(zheng)治(zhi)法律，皆依習慣而成(cheng)”，主(zhu)(zhu)張(zhang)(zhang)中央(yang)“特建(jian)都察院”，“限制(zhi)元首”，地方“廢省存(cun)道”，而對(dui)代(dai)議民主(zhu)(zhu)制(zhi)則(ze)表示反對(dui)，主(zhu)(zhu)張(zhang)(zhang)“限制(zhi)財(cai)產”，又以(yi)“奪富(fu)者之(zhi)田以(yi)與(yu)貧民”為(wei)“大悖(bei)乎理”。
南北議和告成，袁(yuan)世凱上(shang)臺(tai)，章太炎幻想袁(yuan)世凱“厲精法治”，“以厝中(zhong)夏于泰山磐石之(zhi)安”。在(zai)用(yong)人問題上(shang)，以為“同盟會人材乏絕，清流不(bu)歸”。反對(dui)“政黨(dang)內閣”，提出“取(qu)清時南方督(du)撫有材名者以充閣員(yuan)之(zhi)選”。說什么：“漢(han)之(zhi)良相，即亡秦(qin)之(zhi)退官；唐之(zhi)名臣，即敗(bai)隋之(zhi)故吏。”主張“循(xun)舊(jiu)貫”，用(yong)“老(lao)吏”。將中(zhong)華民國聯合(he)會與一些(xie)小政團(tuan)合(he)并，改組為統一黨(dang)，以后更與民社等并為共和黨(dang)，推黎(li)元洪為理(li)事長。
袁世(shi)凱給(gei)了(le)章(zhang)太(tai)(tai)(tai)炎一個(ge)總統府(fu)高等顧問的空銜，不(bu)(bu)久(jiu)(jiu)又(you)(you)委任為東(dong)三(san)省籌邊(bian)使，調出北京(jing)。章(zhang)太(tai)(tai)(tai)炎興致勃勃地跑到東(dong)北去(qu)“興辦(ban)實(shi)業(ye)”，設東(dong)三(san)省籌邊(bian)使署于長春，擬《東(dong)三(san)省實(shi)業(ye)計劃書》，提出“設立三(san)省銀行，以(yi)(yi)(yi)圓易吊，使民易知”，并鑄(zhu)造金(jin)幣(bi)。“欲鑄(zhu)金(jin)幣(bi)，又(you)(you)不(bu)(bu)可不(bu)(bu)預浚金(jin)源(yuan)，非開辦(ban)金(jin)礦，收買金(jin)砂(sha)，不(bu)(bu)足(zu)以(yi)(yi)(yi)供鼓鑄(zhu)。又(you)(you)請開浚松花江、遼河，去(qu)其(qi)淤(yu)梗，以(yi)(yi)(yi)利交通”。還擬“組織(zhi)報館”，“設會研究”。但沒(mei)有(you)多久(jiu)(jiu)，宋(song)教仁遇刺(ci)，血的教訓使他猛(meng)醒過來，他沉(chen)痛地《挽宋(song)教仁》：“愿(yuan)君化彗孛；為我掃幽燕(yan)”，開始對袁世(shi)凱不(bu)(bu)信(xin)任了(le)。4月(yue)，章(zhang)太(tai)(tai)(tai)炎托事(shi)南行。5月(yue)，他又(you)(you)親赴武昌，拜(bai)謁了(le)黎元洪，在(zai)湖(hu)北致電袁世(shi)凱，請求免(mian)除(chu)梁士(shi)詒(yi)、陳宧、段(duan)芝貴(gui)、趙秉鈞(jun)“四(si)兇”的職位。接著，由武漢到了(le)北京(jing)，袁世(shi)凱設法籠絡章(zhang)太(tai)(tai)(tai)炎。5月(yue)25日發令“章(zhang)炳麟授以(yi)(yi)(yi)勛二位”，“冀以(yi)(yi)(yi)歆動”。6月(yue)4日，章(zhang)太(tai)(tai)(tai)炎離京(jing)來滬。而他早(zao)先提議在(zai)東(dong)北籌設實(shi)業(ye)銀行的借款，財(cai)政(zheng)部長梁士(shi)詒(yi)不(bu)(bu)肯蓋章(zhang)，章(zhang)太(tai)(tai)(tai)炎“實(shi)業(ye)計劃”落空，感到“大抵政(zheng)府(fu)之與我輩，忌(ji)疾(ji)甚(shen)深，罵(ma)亦阻撓，不(bu)(bu)罵(ma)亦阻撓”，于是決計“辭差”，“奉身(shen)而退”。
民(min)國(guo)二年（1913年）4月，章(zhang)太(tai)炎從長春返回上(shang)海。7月，孫(sun)中(zhong)(zhong)(zhong)山、黃興舉兵武(wu)力討袁，章(zhang)太(tai)炎卻不信賴，說什么“討袁者亦非(fei)(fei)其人”。他(ta)既罵袁世凱“用(yong)心陰(yin)摯，正與西(xi)太(tai)后大同(tong)”，又說孫(sun)中(zhong)(zhong)(zhong)山“與項城(cheng)一丘之(zhi)貉”。“謂宜(yi)雙退袁與孫(sun)、黃，改建賢哲，仆則(ze)承命”。以(yi)(yi)(yi)為(wei)“若為(wei)久(jiu)遠計，凡一政(zheng)黨，非(fei)(fei)有實業(ye)為(wei)中(zhong)(zhong)(zhong)堅，即(ji)有俠(xia)士(shi)為(wei)后應，無此即(ji)不足以(yi)(yi)(yi)自樹。非(fei)(fei)實業(ye)則(ze)費用(yong)不給，而政(zheng)府(fu)得(de)以(yi)(yi)(yi)利用(yong)之(zhi)矣；非(fei)(fei)俠(xia)士(shi)則(ze)氣(qi)勢不壯，而政(zheng)府(fu)得(de)以(yi)(yi)(yi)威喝之(zhi)矣”。以(yi)(yi)(yi)為(wei)總統(tong)改選，“大抵仍(reng)宜(yi)推舉黃陂(po)，必不肯任，然后求之(zhi)西(xi)林(lin)”。“黃陂(po)之(zhi)廉(lian)讓，可望(wang)責任內閣；西(xi)林(lin)之(zhi)果毅(yi)，可望(wang)廓(kuo)清(qing)貪邪”。黎元洪（黃陂(po)）也(ye)好，岑春煊（西(xi)林(lin)）也(ye)好，都是清(qing)朝舊官僚，民(min)國(guo)新軍閥，章(zhang)太(tai)炎對這些(xie)人寄以(yi)(yi)(yi)厚望(wang)，他(ta)已彷徨歧(qi)途(tu)了(le)。
6月(yue)，章(zhang)太炎(yan)與(yu)湯國(guo)梨結(jie)婚。8月(yue)，章(zhang)太炎(yan)“冒危入京(jing)(jing)師”，一方(fang)(fang)面(mian)(mian)看(kan)到“京(jing)(jing)邑崎(qi)嶇，道路(lu)以(yi)(yi)目”，以(yi)(yi)為(wei)“吾雖微(wei)末(mo)，以(yi)(yi)一身攖暴(bao)人(ren)(ren)之(zhi)刃，使天(tian)下皆曉然(ran)于彼之(zhi)兇戾，亦(yi)何惜此孱(chan)形為(wei)”，表示不畏強(qiang)暴(bao)，敢臨虎穴；另(ling)一方(fang)(fang)面(mian)(mian)又(you)以(yi)(yi)為(wei)“共(gong)和黨(dang)勢(shi)漸擴張，此為(wei)可熹”，“連日議(yi)員(yuan)入黨(dang)者，已(yi)增三十人(ren)(ren)矣(yi)，驥老(lao)伏櫪，志在千里(li)，況吾猶未老(lao)耶？”但是(shi)，袁(yuan)世(shi)凱對章(zhang)太炎(yan)還(huan)是(shi)不肯放松，對他加(jia)緊迫害，把他軟(ruan)禁(jin)起來，梁士詒、趙秉鈞等還(huan)欲“捏造證據，置章(zhang)于死”。
民(min)國(guo)三年(nian)(nian)（1914年(nian)(nian)）1月(yue)，章(zhang)太炎欲(yu)乘車離京，為(wei)軍警所阻。7日，“以大(da)勛章(zhang)作扇(shan)墜，臨總統府之(zhi)門，大(da)詬(gou)袁(yuan)(yuan)世凱之(zhi)包藏禍心(xin)”，仍被監(jian)禁。曾決意絕食，“以死(si)爭(zheng)之(zhi)”，自云(yun)：“不死(si)于(yu)(yu)清廷購捕之(zhi)時，而(er)死(si)于(yu)(yu)民(min)國(guo)告(gao)成(cheng)之(zhi)后(hou)(hou)，吾(wu)何言(yan)哉！”直到(dao)民(min)國(guo)五年(nian)(nian)（1916年(nian)(nian)）袁(yuan)(yuan)世凱死(si)后(hou)(hou)，才被釋放。在(zai)監(jian)禁期(qi)間，編(bian)成(cheng)《章(zhang)氏叢書》初編(bian)。
民(min)國(guo)五年(nian)（1916年(nian)）6月(yue)，章(zhang)太炎(yan)由北京(jing)南返。這時，孫中山也在上海，曾兩電(dian)黎元(yuan)(yuan)洪規復約法，尊重國(guo)會(hui)；章(zhang)太炎(yan)也認為(wei)“約法、國(guo)會(hui)，本民(min)國(guo)固有(you)之(zhi)物，為(wei)袁氏所摧殘”，主張(zhang)維護。此(ci)后，他多次和孫中山一起參加會(hui)議，基本主張(zhang)與(yu)孫中山尚相契合。8月(yue)，章(zhang)太炎(yan)南赴肇慶，去看望(wang)岑春煊(xuan)，更(geng)出游南洋(yang)群島，一直到年(nian)末才回國(guo)。孫中山致電(dian)黎元(yuan)(yuan)洪，認為(wei)章(zhang)太炎(yan)“碩學卓(zhuo)識(shi)，不畏強御，古(gu)之(zhi)良史，無以過(guo)之(zhi)，為(wei)事擇(ze)人，竊謂最當”，推舉章(zhang)為(wei)國(guo)史館長。
民(min)國六年(nian)（1917年(nian)）3月，段(duan)(duan)祺瑞(rui)(rui)召集督軍(jun)團(tuan)在北京開會(hui)(hui)(hui)，商(shang)討對德(de)宣戰。5月7日(ri)，國會(hui)(hui)(hui)討論參戰案；10日(ri)，段(duan)(duan)祺瑞(rui)(rui)組織“公(gong)民(min)請愿團(tuan)”等，包圍國會(hui)(hui)(hui)，毆(ou)辱議員。章太炎和(he)(he)孫(sun)中山兩(liang)次致電(dian)(dian)黎(li)元洪，要求嚴懲“偽(wei)公(gong)民(min)犯法亂紀之(zhi)(zhi)人”，“嚴懲暴徒主名”，“勿令勢要從旁掣肘”。6月7日(ri)，張(zhang)勛率軍(jun)北上，與段(duan)(duan)派(pai)集議，電(dian)(dian)黎(li)“調(diao)停(ting)須先解(jie)(jie)散(san)國會(hui)(hui)(hui)”。孫(sun)、章聯電(dian)(dian)陸榮廷等南方各省督軍(jun)、省長，指出(chu)：“調(diao)停(ting)戰事之(zhi)(zhi)人，即(ji)主張(zhang)復辟之(zhi)(zhi)人；擁護元首之(zhi)(zhi)人，即(ji)主張(zhang)廢立之(zhi)(zhi)人。”“叛(pan)人秉(bing)政(zheng)，則共(gong)和(he)(he)遺民(min)必無噍(jiao)類”。又聯名致電(dian)(dian)陳炯明：“國會(hui)(hui)(hui)為民(min)國之(zhi)(zhi)命脈(mo)，調(diao)和(he)(he)乃借寇之(zhi)(zhi)資糧”，“今者(zhe)群盜(dao)鴟張(zhang)，叛(pan)形(xing)已著(zhu)，黃陂與之(zhi)(zhi)講解(jie)(jie)，實同(tong)降伏(fu)”。
7月1日(ri)(ri)，張勛復辟。3日(ri)(ri)，章(zhang)太(tai)炎(yan)與海(hai)軍(jun)(jun)(jun)總長程(cheng)璧光等(deng)在(zai)孫(sun)(sun)(sun)中(zhong)(zhong)山(shan)(shan)的住處(chu)秘密商議(yi)，籌劃(hua)反對(dui)張勛的復辟舉動。接著，與孫(sun)(sun)(sun)中(zhong)(zhong)山(shan)(shan)、廖(liao)仲愷、朱(zhu)執信(xin)、何香凝乘海(hai)琛艦由上海(hai)啟程(cheng)赴廣州(zhou)，于(yu)7月17日(ri)(ri)抵粵(yue)。當(dang)有人詢以(yi)討(tao)(tao)逆(ni)計劃(hua)時，章(zhang)太(tai)炎(yan)即答以(yi)：“余此次偕孫(sun)(sun)(sun)中(zhong)(zhong)山(shan)(shan)來粵(yue)，所抱之(zhi)希(xi)望頗大(da)(da)”，“討(tao)(tao)逆(ni)之(zhi)舉，即為(wei)(wei)護(hu)法(fa)(fa)而(er)起(qi)，惟不違法(fa)(fa)之(zhi)人而(er)后可以(yi)討(tao)(tao)逆(ni)”。永豐、同(tong)安、豫章(zhang)三艦抵達(da)黃埔，孫(sun)(sun)(sun)、章(zhang)一起(qi)前往迎(ying)迓(ya)。廣東各界開歡迎(ying)海(hai)軍(jun)(jun)(jun)大(da)(da)會(hui)，孫(sun)(sun)(sun)中(zhong)(zhong)山(shan)(shan)、程(cheng)璧光到(dao)會(hui)，章(zhang)太(tai)炎(yan)亦(yi)參加。9月1日(ri)(ri)，國民非(fei)常(chang)會(hui)議(yi)選(xuan)舉孫(sun)(sun)(sun)中(zhong)(zhong)山(shan)(shan)為(wei)(wei)中(zhong)(zhong)華民國軍(jun)(jun)(jun)政府(fu)(fu)大(da)(da)元帥(shuai)，章(zhang)太(tai)炎(yan)任護(hu)法(fa)(fa)軍(jun)(jun)(jun)政府(fu)(fu)秘書長，《大(da)(da)元帥(shuai)就(jiu)職宣言(yan)(yan)》就(jiu)是章(zhang)太(tai)炎(yan)起(qi)草的。《宣言(yan)(yan)》中(zhong)(zhong)說(shuo)：“民國根(gen)本，掃(sao)地無余，猶(you)幸共(gong)和大(da)(da)義，浹于(yu)人心，舉國同(tong)聲，誓殲元惡(e)”，誓“與天下共(gong)擊破(po)壞共(gong)和者”。此后，因護(hu)法(fa)(fa)軍(jun)(jun)(jun)政府(fu)(fu)中(zhong)(zhong)派系斗爭(zheng)激(ji)烈，章(zhang)“欲西(xi)行”，孫(sun)(sun)(sun)中(zhong)(zhong)山(shan)(shan)勸以(yi)“不當(dang)先去以(yi)失人望”，章(zhang)太(tai)炎(yan)表示愿為(wei)(wei)軍(jun)(jun)(jun)政府(fu)(fu)爭(zheng)取外援，到(dao)云南聯(lian)絡唐繼堯。當(dang)他抵達(da)昆(kun)明(ming)后，多次向(xiang)唐繼堯進言(yan)(yan)，促(cu)唐繼堯東下，但唐繼堯始終是托故不出。
民(min)國(guo)八年（1919年），五(wu)四運動(dong)爆發(fa)，工(gong)人革命運動(dong)日漸發(fa)展，章太(tai)(tai)炎(yan)卻由反(fan)對軍(jun)閥割據逐漸演變為(wei)(wei)(wei)贊成(cheng)軍(jun)閥割據。民(min)國(guo)九年（1920年）11月，湖南通電湘(xiang)省(sheng)自(zi)治(zhi)(zhi)(zhi)，章太(tai)(tai)炎(yan)隨即(ji)在北京《益世報(bao)》發(fa)表《聯(lian)省(sheng)自(zi)治(zhi)(zhi)(zhi)虛置政(zheng)府議》，認為(wei)(wei)(wei)宜虛置中(zhong)央政(zheng)府，軍(jun)政(zheng)則分于各(ge)省(sheng)督軍(jun)。接著，又主(zhu)(zhu)張(zhang)使地方權重而中(zhong)央權輕，各(ge)省(sheng)自(zi)治(zhi)(zhi)(zhi)為(wei)(wei)(wei)第(di)一步(bu)，聯(lian)省(sheng)自(zi)治(zhi)(zhi)(zhi)為(wei)(wei)(wei)第(di)二(er)步(bu)，聯(lian)省(sheng)政(zheng)府為(wei)(wei)(wei)第(di)三步(bu)，還必以本省(sheng)人充(chong)軍(jun)民(min)長官。這種(zhong)聯(lian)省(sheng)自(zi)治(zhi)(zhi)(zhi)說，和孫中(zhong)山的統一主(zhu)(zhu)張(zhang)背道(dao)而馳。民(min)國(guo)十年（1921年）5月，孫中(zhong)山在廣州就任非常大總統職，章太(tai)(tai)炎(yan)以為(wei)(wei)(wei)非法，并以“聯(lian)合自(zi)治(zhi)(zhi)(zhi)不(bu)可反(fan)對為(wei)(wei)(wei)獻”。
民(min)(min)國(guo)(guo)(guo)十二(er)年（1923年）1月，孫(sun)中山(shan)在上海(hai)發表《和平(ping)統一(yi)宣言(yan)(yan)》，章太炎以為“統一(yi)利害，久(jiu)處南(nan)方者自(zi)知，若謂借此以緩最(zui)高問題，則亦非計(ji)”。次(ci)年1月，中國(guo)(guo)(guo)國(guo)(guo)(guo)民(min)(min)黨(dang)第一(yi)次(ci)全國(guo)(guo)(guo)代(dai)表大會(hui)在廣州召(zhao)開，通過了(le)《中國(guo)(guo)(guo)國(guo)(guo)(guo)民(min)(min)黨(dang)第一(yi)次(ci)全國(guo)(guo)(guo)代(dai)表大會(hui)宣言(yan)(yan)》，接(jie)受了(le)中國(guo)(guo)(guo)共(gong)產(chan)黨(dang)所(suo)提(ti)出的(de)反(fan)帝反(fan)封建的(de)主張，分析和批判了(le)當時(shi)社(she)會(hui)上流行的(de)各種錯誤的(de)、反(fan)動的(de)政治流派，包括“聯省(sheng)自(zi)治派”，宣告取消不平(ping)等(deng)條約(yue)；孫(sun)中山(shan)又系(xi)統講述了(le)三民(min)(min)主義。10日，決定(ding)應馮玉祥(xiang)(xiang)的(de)電邀(yao)，“即日北上”。章太炎對(dui)改組(zu)(zu)后的(de)中國(guo)(guo)(guo)國(guo)(guo)(guo)民(min)(min)黨(dang)表示不滿，在國(guo)(guo)(guo)民(min)(min)黨(dang)右派馮玉祥(xiang)(xiang)自(zi)由(you)等(deng)的(de)慫恿(yong)下，發出《護黨(dang)救國(guo)(guo)(guo)宣言(yan)(yan)》，“冀以同盟舊(jiu)人，重行集合團體”。不久(jiu)，馮玉祥(xiang)(xiang)自(zi)由(you)組(zu)(zu)織中國(guo)(guo)(guo)國(guo)(guo)(guo)民(min)(min)黨(dang)同志(zhi)俱樂(le)部，章太炎也組(zu)(zu)織了(le)辛亥革(ge)命同志(zhi)俱樂(le)部，背離(li)孫(sun)中山(shan)，反(fan)對(dui)共(gong)產(chan)黨(dang)。
民(min)國十四年（1925年），“五卅運動”發(fa)生(sheng)，章太(tai)炎發(fa)出《為上海英(ying)(ying)租(zu)(zu)界(jie)巡捕(bu)(bu)慘殺(sha)學生(sheng)之(zhi)通電》。“以為英(ying)(ying)捕(bu)(bu)而不治罪(zui)，固不足以肅刑章；英(ying)(ying)捕(bu)(bu)而果治罪(zui)，亦未必足以防后患。惟有責成(cheng)外交當局，迅速(su)收(shou)回租(zu)(zu)界(jie)市政(zheng)，庶幾一勞(lao)永(yong)逸，民(min)慶(qing)再生(sheng)”。
民(min)(min)國(guo)(guo)十六年(nian)(nian)（1927年(nian)(nian)），章(zhang)太(tai)(tai)炎(yan)賦詩(shi)自述：“見說興亡事，拿舟望(wang)五湖”。晚年(nian)(nian)在蘇州(zhou)講(jiang)學，組織國(guo)(guo)學會，欲(yu)“甄(zhen)明(ming)學術，發(fa)(fa)揚國(guo)(guo)光”。民(min)(min)國(guo)(guo)二十二年(nian)(nian)（1933年(nian)(nian)），刻《章(zhang)氏叢書續編》于(yu)北平(ping)，所收(shou)不多，而(er)更純謹(jin)，且(qie)不取舊作(zuo)，當然(ran)也(ye)無斗爭(zheng)之(zhi)作(zuo)，先生遂身衣學術之(zhi)華(hua)袞，粹然(ran)成(cheng)為儒宗”。但(dan)是，當帝國(guo)(guo)主(zhu)義蹂躪中國(guo)(guo)，中華(hua)民(min)(min)族災難深重的時候，章(zhang)太(tai)(tai)炎(yan)起來譴責國(guo)(guo)民(min)(min)黨(dang)“怯于(yu)御亂而(er)勇(yong)于(yu)內爭(zheng)”。民(min)(min)國(guo)(guo)二十一年(nian)(nian)（1932年(nian)(nian)），北上見張(zhang)學良；次年(nian)(nian)，又與(yu)馬(ma)相伯等聯合發(fa)(fa)表“二老(lao)宣言”、“三老(lao)宣言”：“對于(yu)當前日本之(zhi)侵略暴(bao)行(xing)，不僅作(zuo)消極(ji)之(zhi)抵抗(kang)，同(tong)時更應動員全民(min)(min)族積極(ji)收(shou)復失地、根本消滅(mie)偽國(guo)(guo)”，呼吁抗(kang)日。民(min)(min)國(guo)(guo)二十四年(nian)(nian)（1935年(nian)(nian)），一二九運動發(fa)(fa)生，宋(song)哲元進行(xing)壓(ya)制(zhi)。章(zhang)太(tai)(tai)炎(yan)致電(dian)宋(song)哲元：“學生請愿，事出(chu)公(gong)誠，縱有加(jia)入(ru)共(gong)黨(dang)者(zhe)，但(dan)問今之(zhi)主(zhu)張(zhang)何如，何論其平(ping)素(su)。”
12月24日(ri)，上海學(xue)生(sheng)北上請愿，國(guo)(guo)民黨加(jia)以(yi)(yi)阻撓，章太(tai)炎“對(dui)(dui)學(xue)生(sheng)愛(ai)國(guo)(guo)運動深表同情(qing)。但認政(zheng)府當局，應(ying)(ying)善(shan)為處理，不(bu)(bu)應(ying)(ying)貿然加(jia)以(yi)(yi)共(gong)(gong)產頭銜，武力制(zhi)止”。請愿學(xue)生(sheng)經過(guo)(guo)蘇州時(shi)，又“派代表慰勞，并(bing)囑縣(xian)長(chang)饋食”。他“瞻顧民族之(zhi)前(qian)途，輒中(zhong)心忉怛而(er)未(wei)能自己(ji)”，臨終前(qian)，在《答友人(ren)書》中(zhong)還說：“北平既急，縱令勉力支持(chi)，察省(sheng)必(bi)(bi)難兼顧。蓋(gai)非常(chang)之(zhi)時(shi)，必(bi)(bi)以(yi)(yi)非常(chang)之(zhi)事應(ying)(ying)之(zhi)。令共(gong)(gong)黨之(zhi)在晉北者，其(qi)意(yi)不(bu)(bu)過(guo)(guo)欲北據(ju)河套，與(yu)蘇俄通聲(sheng)勢耳。此輩(bei)雖多狙詐，然其(qi)對(dui)(dui)于日(ri)軍(jun)，必(bi)(bi)不(bu)(bu)肯(ken)俯(fu)首(shou)馴伏明甚”。盡管(guan)章太(tai)炎不(bu)(bu)可能對(dui)(dui)共(gong)(gong)產黨有真正認識，但他對(dui)(dui)共(gong)(gong)產黨的堅持(chi)抗(kang)戰、國(guo)(guo)民黨的“不(bu)(bu)抵抗(kang)主義”還是覺(jue)察的。盡管(guan)章太(tai)炎晚(wan)年的行為也有使人(ren)失(shi)望之(zhi)處，卻仍保持(chi)了(le)愛(ai)國(guo)(guo)主義晚(wan)節。民國(guo)(guo)二十五年（1936年）6月14日(ri)，章太(tai)炎病逝(shi)。
《章氏叢書》，1915年右文社鉛(qian)印本，1919年浙江圖書館木刻本，1924年上海古書流通處木刻本。
《章(zhang)氏叢書續編》，北平1933年(nian)。
《章氏叢書三編》，1939年章氏國學講(jiang)習會(hui)鉛(qian)印本。
《章太炎全集》1-8集（尚未出完），上海人(ren)民出版(ban)社(she)，1980-94年點校(xiao)本。
《國學(xue)講習(xi)會略說》，1906年東京(jing)秀光社(she)。
《國故論(lun)衡》，1910年東京(jing)秀(xiu)光(guang)社本(ben)(ben)，叢書增訂本(ben)(ben)。陳平原點校(xiao)本(ben)(ben)，朱維錚點校(xiao)本(ben)(ben)（《全集》第(di)9集，對(dui)照(zhao)本(ben)(ben)）。
《國學概論》，曹聚仁筆記本（又有(you)張冥飛本，劣）。1922年泰東圖書(shu)館排印本。
《菿(dao)漢三言》，虞云國校(xiao)點，遼(liao)寧教育出版社。
《國學略(lve)說》，涂小馬校點，上海文藝(yi)出版社。
《章炳麟論學集》，北京師范大學出(chu)版社，1982年。
《章太炎書信集》，馬勇編(bian)。
《章太炎的白話(hua)文》，1921年泰東圖(tu)書(shu)館排印本。
《章太炎政論選集(ji)》，湯志鈞編于(yu)1961年，中華書局，1977年點校本。
《章太炎說文解(jie)字授課(ke)筆記》，朱希祖、錢(qian)玄同、周樹人筆記，王寧整理抄(chao)錄(lu)，影印謄鈔(chao)本，中華書局，2008年11月。
《太炎先(xian)生自定年(nian)譜》，1928年(nian)撰（同治七(qi)年(nian)至民(min)國十一年(nian)），手稿(gao)本(ben)，章(zhang)氏國學講習會刪改排(pai)印(yin)本(ben)。1986年(nian)上海書(shu)店影(ying)印(yin)本(ben)。
《章太(tai)炎年(nian)譜(pu)長編》，湯志鈞編，中華書局(ju)，1979年(nian)。
《章太(tai)炎年譜摭遺》，謝櫻寧編(bian)，中國社會科學出(chu)版(ban)社，1987年。
《章(zhang)太炎(yan)學(xue)術年(nian)譜》，姚奠(dian)中(zhong)、董國炎(yan)編，山西古籍出版社，1993年(nian)。
《自述學術(shu)次第》，學術(shu)自述，1913年(nian)。
《菿漢微言》末條，1915年(nian)。
諸祖耿《記本師章(zhang)公自(zi)述(shu)治學之功夫及(ji)志(zhi)向》，1933年。
《國故(gu)論衡(heng)疏證》，龐俊注，1940年華(hua)西(xi)大(da)學(xue)鉛印(yin)本(ben)。僅含(han)中、下卷(juan)；郭誠永(yong)補注上(shang)卷(juan)，北京中華(hua)書(shu)局(ju)2008年全排印(yin)本(ben)。
《齊(qi)物論釋注》，繆篆注，油(you)印本。未(wei)見(jian)。《齊(qi)物論釋訓注》，荒(huang)木(mu)見(jian)悟注，九州大學(xue)文(wen)學(xue)部哲學(xue)研究會《哲學(xue)年報》29-31。未(wei)見(jian)。
《章(zhang)太炎選(xuan)集》（注釋本），朱(zhu)維錚、姜義華注，上海人(ren)民出版社，1981年。
《訄書詳注》，徐復注，上海古籍出版社，2000年。注名物。
《文(wen)學總略注》，程千帆《文(wen)論(lun)十箋》，朱東(dong)潤《中(zhong)國歷代文(wen)論(lun)選》。
英(ying)國斯(si)賓塞爾（Herbert Spencer）著，曾廣銓、章太炎譯《斯(si)賓塞爾文集》，上海《昌言報》第1至(zhi)7本，1898年。
日本岸本能武(wu)太(tai)著、章太(tai)炎譯《社(she)會學》，上海廣智書局，1902年鉛印本。
章太(tai)炎的主筆(bi)有《時(shi)務報(bao)》、《昌言報(bao)》、《經世(shi)報(bao)》、《實學(xue)報(bao)》、《譯(yi)書公會報(bao)》、《亞東(dong)時(shi)報(bao)》、《臺灣(wan)日日新報(bao)》、《民(min)報(bao)》、《國(guo)(guo)粹學(xue)報(bao)》、《教(jiao)育今語(yu)雜(za)志(zhi)》、《大共和日報(bao)》、《華國(guo)(guo)》、《制言》等(deng)。
章氏(shi)的思想(xiang)受到多方影響，因(yin)為(wei)變化的歷程相(xiang)(xiang)當繁復，依其《菿漢微言(yan)》中(zhong)的自述，是以(yi)(yi)“始則(ze)轉俗成(cheng)(cheng)真(zhen)，終(zhong)則(ze)回真(zhen)向俗”十二字予以(yi)(yi)歸結。大抵而言(yan)可以(yi)(yi)光緒二十四年（1908年）著成(cheng)(cheng)《齊物論(lun)釋》為(wei)界。在此(ci)之前，章氏(shi)先(xian)習樸學(xue)、諸子學(xue)以(yi)(yi)及(ji)西方進化論(lun)和社會學(xue)，在因(yin)蘇(su)報(bao)案入(ru)獄之后，則(ze)改(gai)習法相(xiang)(xiang)宗，而后思想(xiang)便以(yi)(yi)唯識學(xue)為(wei)尚，認為(wei)先(xian)秦諸子之學(xue)皆不(bu)足比(bi)擬，固可謂(wei)“轉俗成(cheng)(cheng)真(zhen)”。
自(zi)《齊物論釋》著成之后，章(zhang)太炎(yan)因齊物思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)的(de)(de)(de)(de)(de)啟(qi)示(shi)，不再僅以(yi)唯識為(wei)唯一標(biao)準(zhun)，轉而認為(wei)凡(fan)“外(wai)能利(li)物，內以(yi)遣(qian)憂”之學皆有價值，開始對(dui)古今中(zhong)外(wai)的(de)(de)(de)(de)(de)學術思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)進行重估。即進入(ru)“回真向俗”的(de)(de)(de)(de)(de)境界。形成章(zhang)太炎(yan)思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)的(de)(de)(de)(de)(de)背景主(zhu)(zhu)要來自(zi)四(si)個(ge)淵(yuan)源：一為(wei)受(shou)乾嘉(jia)學派考證學的(de)(de)(de)(de)(de)影響，講(jiang)求(qiu)客觀實證；二為(wei)跟隨晚清(qing)諸子(zi)(zi)學興起的(de)(de)(de)(de)(de)潮流，對(dui)荀(xun)子(zi)(zi)、莊子(zi)(zi)、老子(zi)(zi)三家思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)加(jia)以(yi)揄揚(yang)，尊子(zi)(zi)貶孔；三為(wei)受(shou)到嚴復的(de)(de)(de)(de)(de)影響，在其早年的(de)(de)(de)(de)(de)文章(zhang)中(zhong)尤(you)(you)其多以(yi)進化(hua)論作為(wei)理論架構；四(si)為(wei)佛學，尤(you)(you)其是佛學中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)唯識論，是章(zhang)氏后期思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)的(de)(de)(de)(de)(de)支柱，使(shi)其思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)體系中(zhong)充滿(man)個(ge)體主(zhu)(zhu)義(yi)、相對(dui)主(zhu)(zhu)義(yi)的(de)(de)(de)(de)(de)色彩(cai)。除了這四(si)大淵(yuan)源外(wai)，顧炎(yan)武、王夫之的(de)(de)(de)(de)(de)民族思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)，章(zhang)學誠、戴震、孫詒讓等(deng)人的(de)(de)(de)(de)(de)思(si)(si)(si)想(xiang)(xiang)(xiang)也對(dui)章(zhang)太炎(yan)具有相當的(de)(de)(de)(de)(de)影響力。
戊戌變(bian)法之(zhi)(zhi)后，章(zhang)太炎既(ji)對(dui)清(qing)朝(chao)統治不(bu)滿(man)，又同情康、梁；既(ji)孕(yun)有(you)民(min)族(zu)思想(xiang)，又沒有(you)轉向革命。他提(ti)出了“客(ke)帝(di)”和(he)“分(fen)鎮(zhen)(zhen)(zhen)”的(de)(de)(de)課題，認(ren)(ren)為(wei)滿(man)洲貴(gui)族(zu)，是客(ke)帝(di)；中(zhong)國的(de)(de)(de)“共主(zhu)(zhu)”應為(wei)“仲尼之(zhi)(zhi)世胄”。只要清(qing)朝(chao)皇(huang)帝(di)承認(ren)(ren)過去民(min)族(zu)壓迫的(de)(de)(de)錯誤(wu)，擁護孔子后裔，做“虛君(jun)”，自己退居為(wei)齊桓公、晉文公般的(de)(de)(de)霸主(zhu)(zhu)，發(fa)憤自強，那么反(fan)滿(man)情緒(xu)可以(yi)平(ping)息，可以(yi)防止“逐加于(yu)滿(man)人(ren)，而(er)(er)(er)地割(ge)于(yu)白(bai)人(ren)”。“分(fen)鎮(zhen)(zhen)(zhen)”也是章(zhang)太炎在外國侵略(lve)、清(qing)政腐朽的(de)(de)(de)情況下提(ti)出的(de)(de)(de)一種(zhong)改良設想(xiang)。認(ren)(ren)為(wei)政治危(wei)急(ji)之(zhi)(zhi)際，“猶賴有(you)數鎮(zhen)(zhen)(zhen)稍自奮起，足(zu)以(yi)扶危(wei)而(er)(er)(er)定傾”。因此(ci)，不(bu)能削(xue)弱藩鎮(zhen)(zhen)(zhen)，而(er)(er)(er)“甘心于(yu)白(bai)種(zhong)之(zhi)(zhi)陵籍”。藩鎮(zhen)(zhen)(zhen)和(he)立憲政并不(bu)矛盾(dun)。“板蕩之(zhi)(zhi)世，非(fei)得藩鎮(zhen)(zhen)(zhen)以(yi)尊(zun)攘(rang)，則憲政不(bu)立”。他舉明(ming)治維新(xin)(xin)為(wei)例，“若皇(huang)德(de)貞觀，廓夷歸章(zhang)，示民(min)版法，陶(tao)冶天下，而(er)(er)(er)歸之(zhi)(zhi)一憲，藩鎮(zhen)(zhen)(zhen)將(jiang)奔走趨令，如(ru)日本之(zhi)(zhi)薩、長二藩，始于(yu)建功，而(er)(er)(er)終(zhong)于(yu)納(na)土，何(he)惠自擅？”此(ci)后，進而(er)(er)(er)指出：“瓜(gua)分(fen)而(er)(er)(er)授之(zhi)(zhi)外人(ren)，孰(shu)與瓜(gua)分(fen)而(er)(er)(er)授之(zhi)(zhi)方鎮(zhen)(zhen)(zhen)。”他反(fan)對(dui)滿(man)洲貴(gui)族(zu)統治的(de)(de)(de)喪(sang)權(quan)辱國，而(er)(er)(er)對(dui)漢(han)族(zu)地主(zhu)(zhu)階級還存(cun)幻(huan)想(xiang)。他向往的(de)(de)(de)還是明(ming)治維新(xin)(xin)式的(de)(de)(de)“革政”。在旅(lv)臺期間，他曾將(jiang)所寫論文匯(hui)成《訄書》。光緒(xu)二十五年5月(yue)，由基(ji)隆去日本，7月(yue)下旬，由日返國。
章(zhang)太(tai)炎認(ren)為共和(he)(he)政(zheng)體(ti)(ti)不(bu)(bu)(bu)如專制政(zheng)體(ti)(ti)。章(zhang)太(tai)炎闡述的，有三(san)層意思：代議制的民主共和(he)(he)政(zheng)體(ti)(ti)不(bu)(bu)(bu)能行之于中國(guo)；政(zheng)黨與議員勾結(jie)，這(zhe)種共和(he)(he)政(zheng)體(ti)(ti)還(huan)(huan)不(bu)(bu)(bu)如專制政(zheng)體(ti)(ti)為宜(yi)。結(jie)論是建立(li)共和(he)(he)政(zheng)體(ti)(ti)只能是不(bu)(bu)(bu)得已之舉。認(ren)為清(qing)朝推翻后，中國(guo)還(huan)(huan)是行專制政(zheng)體(ti)(ti)為好。
章太炎早年在日本主(zhu)編《民報》時，曾(ceng)主(zhu)張社會(hui)主(zhu)義，與片山潛等日本社會(hui)主(zhu)義者(zhe)過從(cong)甚密，并由此(ci)反思西方的(de)進化論及現(xian)代文明，撰寫了《俱分進化論》、《五(wu)無論》等著(zhu)作。
章太炎(yan)是近代中(zhong)國(guo)國(guo)學大師，也是學者型的(de)資(zi)產階級革(ge)(ge)命(ming)(ming)家(jia)；但學術(shu)與政治畢竟(jing)不同，政治方面，章太炎(yan)確(que)有(you)他(ta)的(de)局(ju)限(xian)，這些局(ju)限(xian)在(zai)辛亥革(ge)(ge)命(ming)(ming)及民國(guo)初年表現得很(hen)明顯。章太炎(yan)的(de)一些主張與孫中(zhong)山不同，但他(ta)仍(reng)是一位有(you)功于辛亥革(ge)(ge)命(ming)(ming)的(de)民主革(ge)(ge)命(ming)(ming)宣傳家(jia)。
胡適則(ze)在《五(wu)十年(nian)(nian)來中國之文學》（1922年(nian)(nian)）中說：“章(zhang)炳麟的(de)(de)(de)古(gu)文學是五(wu)十年(nian)(nian)來的(de)(de)(de)第一(yi)作家(jia)，這是無可(ke)疑的(de)(de)(de)。但他的(de)(de)(de)成績只夠替古(gu)文學做一(yi)個(ge)很光榮的(de)(de)(de)下場(chang)，仍舊(jiu)不能(neng)救古(gu)文學的(de)(de)(de)必(bi)死(si)之癥，仍舊(jiu)不能(neng)做到那‘取千(qian)年(nian)(nian)朽蠹(du)之馀，反之正則(ze)’的(de)(de)(de)盛業。”
梁啟(qi)超《清代(dai)學術概論》（1922年(nian)）稱(cheng)章太炎為清學正統派的“殿(dian)軍(jun)”。
魯迅在1936年臨終時回憶(yi)其師(shi)章太炎(yan)：“考其生(sheng)平(ping)，以大勛(xun)章作扇墜(zhui)，臨總統(tong)府(fu)之門，大詬袁世(shi)凱包藏禍心(xin)者，并(bing)世(shi)無(wu)第(di)(di)二(er)人(ren)；七被(bei)追(zhui)捕，三入牢獄(yu)，而革命之志終不屈撓者，并(bing)世(shi)亦無(wu)第(di)(di)二(er)人(ren)。這(zhe)才是(shi)先哲的(de)精神，后生(sheng)的(de)楷(kai)模。”
汪(wang)炳評價他是一位“有革命業績(ji)的學問(wen)家”。
薛慧山(shan)說他是“權威性(xing)的國學(xue)大師，推翻滿(man)清的革命先進”。
謝俊美認為他應該(gai)是一位“有革(ge)命(ming)業(ye)績的大學問家”。
