洪武三年(nian)（1370年(nian)）四月(yue)，明太祖朱元璋為確保明王(wang)朝(chao)的長(chang)治(zhi)久安，想方(fang)設法加強皇室(shi)(shi)本身的力量，其(qi)具體的辦(ban)法就是分(fen)(fen)封諸子(zi)為王(wang)。他(ta)把宗室(shi)(shi)二十五(wu)人（24個(ge)兒子(zi)和(he)1個(ge)從(cong)孫）封為藩(fan)王(wang)，分(fen)(fen)駐北部邊境和(he)全(quan)國各(ge)戰略要地，想通過他(ta)們來屏藩(fan)皇室(shi)(shi)。朱元璋曾說(shuo)的：“天下(xia)之大，必建(jian)藩(fan)屏，上衛國家，下(xia)安生民(min)，今諸子(zi)既長(chang)，宜(yi)各(ge)有(you)爵封，分(fen)(fen)鎮諸國。”從(cong)全(quan)國來看，這(zhe)些封藩(fan)主(zhu)要有(you)兩類(lei)：一(yi)是腹里(li)，二是邊塞要地。受封諸王(wang)在自己的封地建(jian)立(li)王(wang)府(fu)，設置官屬，地位相當高，公侯(hou)大臣(chen)進見親王(wang)都得伏而拜(bai)謁。
明(ming)朝(chao)(chao)初年，每一個藩(fan)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)除食(shi)糧萬石以(yi)(yi)外(wai)，還有(you)軍(jun)事指揮(hui)權(quan)。藩(fan)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)于王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)府設親王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)護(hu)衛指揮(hui)使司，轄軍(jun)三護(hu)衛。護(hu)衛甲士少者3000人，多(duo)者1.9萬人。九位塞(sai)(sai)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)（遼、寧(ning)、燕(yan)、谷、代、晉(jin)、秦、慶、肅）因有(you)防御蒙(meng)(meng)古貴族侵擾的(de)重(zhong)任(ren)，所以(yi)(yi)護(hu)衛甲士尤(you)多(duo)。北平的(de)皇四子(zi)燕(yan)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)朱棣(di)擁兵10萬，大(da)寧(ning)的(de)皇十七子(zi)寧(ning)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)朱權(quan)“帶甲八(ba)萬，革車六千”。他們在邊(bian)(bian)塞(sai)(sai)負責筑(zhu)城(cheng)屯田、訓將練(lian)兵、巡視要害、督造軍(jun)器。晉(jin)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)、燕(yan)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)多(duo)次出塞(sai)(sai)征戰(zhan)，打敗(bai)蒙(meng)(meng)元殘余勢力的(de)軍(jun)隊，尤(you)被(bei)明(ming)太祖重(zhong)視，軍(jun)中大(da)將皆(jie)受其(qi)節(jie)制。甚至特詔二王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)軍(jun)中小事自斷，大(da)事才向(xiang)朝(chao)(chao)廷報告。尤(you)其(qi)是燕(yan)王(wang)(wang)(wang)(wang)(wang)朱棣(di)，由于功績卓著，朱元璋令(ling)其(qi)“節(jie)制沿邊(bian)(bian)士馬”，地位獨(du)尊。
藩王勢(shi)力(li)的(de)膨脹，勢(shi)必對中央政(zheng)權構成(cheng)威脅。在(zai)朱元璋(zhang)大(da)封諸王的(de)時候，時任平遙(yao)縣訓(xun)導的(de)葉伯巨(ju)就指出(chu)，藩王勢(shi)力(li)過(guo)重，數代(dai)之后尾大(da)不(bu)掉，到(dao)那時再削奪諸藩，恐怕會釀成(cheng)漢(han)代(dai)“七國之亂”、西晉(jin)“八王之亂”的(de)悲劇(ju)。提醒(xing)朱元璋(zhang)“節其都(dou)邑之制，減其衛兵，限其疆土”。朱元璋(zhang)不(bu)但聽不(bu)進勸告，反而將其下獄囚死。
在(zai)分封(feng)之中，朱元璋曾規定凡受(shou)封(feng)諸王(wang)必須(xu)離(li)(li)開京城，到(dao)封(feng)地就(jiu)藩(fan)。不(bu)允(yun)許各親王(wang)之間相互(hu)往(wang)來，即使(shi)入朝，也不(bu)能同時前來，必須(xu)一(yi)王(wang)離(li)(li)京，另一(yi)王(wang)才可啟程。朱元璋此舉的目的在(zai)于避免諸王(wang)相互(hu)串聯，與中央相對抗。所以(yi)，諸王(wang)就(jiu)藩(fan)，可以(yi)說是“生離(li)(li)死別”。但朱元璋的用心(xin)良苦，卻未能收(shou)到(dao)預期的后(hou)果(guo)。
明太祖朱(zhu)元璋(zhang)不(bu)僅分封諸子為藩王，而(er)且在(zai)其成法中(zhong)有一條(tiao)是關于“靖(jing)難”的(de)。朱(zhu)元璋(zhang)當國時，恐權(quan)臣篡權(quan)，規定藩王有移文中(zhong)央(yang)索取奸臣和舉兵(bing)清(qing)君側的(de)權(quan)利(li)，他在(zai)《皇明祖訓(xun)》中(zhong)說：“朝(chao)無正臣，內有奸逆，必舉兵(bing)誅討，以清(qing)君側。”后來的(de)朱(zhu)棣即以此為理由(you)，指齊(qi)泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，并稱自己的(de)舉動為“靖(jing)難”，即靖(jing)禍難之意。故(gu)而(er)靖(jing)難之役中(zhong)朱(zhu)棣的(de)口號是“清(qing)君側，靖(jing)國難”。
這(zhe)其中，“靖難”的意(yi)思(si)：“靖”指平(ping)(ping)息(xi)，掃平(ping)(ping)，清除。“靖難”代表平(ping)(ping)定禍亂，平(ping)(ping)息(xi)戰(zhan)亂，掃平(ping)(ping)奸(jian)臣的意(yi)思(si)。不過太祖(zu)的成法里面還有(you)一條就(jiu)是(shi)皇帝先召喚藩王(wang)，藩王(wang)才能起兵，且(qie)成功鏟除奸(jian)臣后要五日之(zhi)內離京。所以這(zhe)不過是(shi)朱(zhu)棣想(xiang)要奪(duo)取(qu)皇位的一個借口而(er)已。
洪(hong)武二十(shi)五年（1392年），皇(huang)太(tai)(tai)子朱(zhu)(zhu)標(biao)病(bing)死(si)，明太(tai)(tai)祖立(li)朱(zhu)(zhu)標(biao)次子朱(zhu)(zhu)允炆(wen)為皇(huang)太(tai)(tai)孫。朱(zhu)(zhu)允炆(wen)因(yin)生性(xing)“穎慧好學，性(xing)至孝”，而深(shen)得朱(zhu)(zhu)元(yuan)璋(zhang)的(de)喜愛(ai)，朱(zhu)(zhu)元(yuan)璋(zhang)稱贊他(ta)“而誠(cheng)純孝，顧不忘我乎。”不過，對(dui)于這(zhe)位(wei)“仁柔少斷(duan)”的(de)皇(huang)太(tai)(tai)孫將來(lai)繼任帝位(wei)，朱(zhu)(zhu)元(yuan)璋(zhang)并不十(shi)分滿意，曾一度打算(suan)更換太(tai)(tai)子，后因(yin)翰林學士劉(liu)三吾的(de)勸(quan)諫，才沒有這(zhe)樣做。
盡管如(ru)此，朱(zhu)元璋(zhang)(zhang)(zhang)對朱(zhu)允炆的繼位仍放心(xin)不下。洪武三(san)十(shi)一年（1398年）閏五(wu)月，朱(zhu)元璋(zhang)(zhang)(zhang)病故，廟號太祖(zu)，皇太孫(sun)朱(zhu)允炆即位為帝(di)。臨終(zhong)前，朱(zhu)元璋(zhang)(zhang)(zhang)立下遺詔，“皇太孫(sun)允炆仁明(ming)孝(xiao)友，天下歸心(xin)，宜登大位。內外文武臣僚同心(xin)輔政，以安吾民”、“諸(zhu)王臨國中，毋至京師”。
朱(zhu)(zhu)允炆(wen)即位，是(shi)為(wei)明(ming)惠帝(di)，改元建文。盡管有(you)朱(zhu)(zhu)元璋的遺詔，不(bu)許(xu)諸王(wang)“入臨、會葬”，但燕(yan)王(wang)朱(zhu)(zhu)棣(di)仍直(zhi)奔(ben)京師（今南京）。朱(zhu)(zhu)允炆(wen)聞訊后，立刻(ke)派人(ren)持敕，令朱(zhu)(zhu)棣(di)返回北(bei)平（今北(bei)京），對此朱(zhu)(zhu)棣(di)十(shi)分不(bu)悅。
建(jian)(jian)文帝即(ji)位時，鎮守北(bei)部(bu)(bu)邊疆的(de)(de)諸(zhu)王已(yi)有很大的(de)(de)權勢，寧王朱(zhu)權“帶甲八(ba)萬(wan)，革車六千”。燕(yan)王朱(zhu)棣(di)更握有“節制沿邊士馬”的(de)(de)重權。朱(zhu)允炆對(dui)(dui)這些(xie)皇(huang)(huang)叔(shu)們憂心(xin)忡忡。建(jian)(jian)文元年（1399年）正(zheng)月，朱(zhu)允炆即(ji)位不(bu)久，燕(yan)王朱(zhu)棣(di)即(ji)遣長史(shi)葛(ge)誠(cheng)(cheng)入(ru)朝(chao)奏事(shi)。朱(zhu)允炆遂向(xiang)葛(ge)誠(cheng)(cheng)密問燕(yan)王府(fu)(fu)之事(shi)，葛(ge)誠(cheng)(cheng)如實稟告，乃派(pai)他(ta)返(fan)回(hui)燕(yan)王府(fu)(fu)，作(zuo)為內應。葛(ge)誠(cheng)(cheng)回(hui)到燕(yan)王府(fu)(fu)，朱(zhu)棣(di)見他(ta)神色不(bu)對(dui)(dui)，心(xin)中不(bu)免作(zuo)疑。隨即(ji)朱(zhu)棣(di)親自入(ru)朝(chao)，他(ta)自恃(shi)皇(huang)(huang)叔(shu)身份，徑(jing)直走皇(huang)(huang)道(dao)入(ru)宮，登(deng)陛不(bu)拜。監察御史(shi)曾鳳韶彈劾(he)其不(bu)敬(jing)，戶部(bu)(bu)侍郎卓敬(jing)也密奏，以(yi)(yi)燕(yan)王“智慮絕(jue)人(ren)”，建(jian)(jian)議將(jiang)他(ta)徙封至南昌(chang)，但(dan)都被朱(zhu)允炆以(yi)(yi)“骨(gu)肉至親”，婉言拒絕(jue)。朱(zhu)棣(di)察覺到朝(chao)廷對(dui)(dui)自己懷有貳心(xin)，回(hui)燕(yan)王府(fu)(fu)后，便(bian)托辭患病(bing)，以(yi)(yi)觀事(shi)態的(de)(de)變化。
藩王(wang)勢力(li)如此做大，建文(wen)(wen)帝與(yu)兵部尚書齊泰(tai)、太常卿黃(huang)(huang)子澄商量削藩之事。齊泰(tai)、黃(huang)(huang)子澄以諸王(wang)權勢過大，恐(kong)難(nan)駕(jia)馭為(wei)(wei)由，力(li)主削藩。在(zai)削藩順序(xu)上，齊泰(tai)認為(wei)(wei)應先(xian)削實力(li)最(zui)強的燕(yan)王(wang)。但(dan)黃(huang)(huang)子澄反對，認為(wei)(wei)燕(yan)王(wang)有(you)功(gong)無過，為(wei)(wei)了爭(zheng)取輿(yu)論支(zhi)持，應該先(xian)找有(you)問(wen)題的親(qin)王(wang)下手。建文(wen)(wen)帝支(zhi)持黃(huang)(huang)子澄，遂先(xian)后(hou)廢除五(wu)位親(qin)王(wang)。
洪武三十一年(nian)（1398年(nian)）七月，建文(wen)帝(di)削周(zhou)王(wang)(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)橚(su)。因周(zhou)王(wang)(wang)(wang)朱(zhu)(zhu)橚(su)是燕(yan)王(wang)(wang)(wang)同母兄(xiong)弟(di)，而朱(zhu)(zhu)允炆怕他與燕(yan)王(wang)(wang)(wang)沆瀣一氣，于(yu)是決定先廢周(zhou)王(wang)(wang)(wang)。時周(zhou)王(wang)(wang)(wang)次子朱(zhu)(zhu)有(you)爋告發父親謀反，于(yu)是派曹國公李景隆以備邊之名經過開(kai)封，將周(zhou)王(wang)(wang)(wang)全家押回南京，廢為庶(shu)人，遷往(wang)云南蒙(meng)化（今(jin)昆明(ming)以西、大理以南）。
建(jian)文(wen)元年（1399年）四(si)月，朝(chao)廷削齊、湘(xiang)、代三位親(qin)王(wang)，廢為(wei)庶人。湘(xiang)王(wang)朱(zhu)柏不堪受(shou)辱，為(wei)保名節舉家自焚(fen)；齊王(wang)朱(zhu)榑被軟禁(jin)在(zai)南京；代王(wang)朱(zhu)桂被軟禁(jin)在(zai)封(feng)地大(da)同。兩個(ge)月后，明廷削岷(min)王(wang)朱(zhu)楩(pian)，廢為(wei)庶人，徙(xi)漳州。
由于朝廷削藩激(ji)化矛(mao)盾，藩王與朝廷開始決裂，此時(shi)實(shi)力最強的(de)燕王就成了真正的(de)眾(zhong)藩之首。而朱(zhu)允炆與朱(zhu)棣之間的(de)博(bo)弈亦逐(zhu)漸激(ji)化。
洪武三(san)十(shi)一年(nian)（1398年(nian)）十(shi)二月(yue)，為(wei)(wei)了提防燕(yan)王(wang)(wang)謀(mou)反(fan)，朱(zhu)允(yun)炆派(pai)工部侍郎(lang)張(zhang)(zhang)昺為(wei)(wei)北(bei)平(ping)布政使，都(dou)指揮(hui)使謝貴、張(zhang)(zhang)信為(wei)(wei)北(bei)平(ping)都(dou)指揮(hui)使。隨后又命都(dou)督(du)宋忠屯(tun)兵(bing)駐開平(ping)，并(bing)調走北(bei)平(ping)原(yuan)屬(shu)燕(yan)王(wang)(wang)管(guan)轄的(de)軍隊。燕(yan)王(wang)(wang)朱(zhu)棣(di)見到(dao)幾位(wei)藩王(wang)(wang)先(xian)后被削，明白如(ru)此(ci)下(xia)去必無法逃過此(ci)劫，遂(sui)一邊爭(zheng)取時(shi)間一邊做戰爭(zheng)準備。為(wei)(wei)了爭(zheng)取時(shi)間，建(jian)文元年(nian)（1399年(nian)），朱(zhu)棣(di)先(xian)裝(zhuang)(zhuang)病，使惠帝放三(san)子(zi)(zi)回北(bei)平(ping)；之后由于(yu)屬(shu)下(xia)被朝廷處死，遂(sui)裝(zhuang)(zhuang)瘋。但由于(yu)王(wang)(wang)府長史葛誠叛(pan)變，密奏(zou)朝廷“燕(yan)王(wang)(wang)裝(zhuang)(zhuang)病”。朱(zhu)棣(di)裝(zhuang)(zhuang)瘋被發覺。而心中(zhong)早已對父皇冊立自己的(de)侄子(zi)(zi)為(wei)(wei)太(tai)孫而繼位(wei)有所(suo)不(bu)滿，便立即誘殺了前(qian)來(lai)執行監視逮捕任(ren)務(wu)的(de)將臣，于(yu)建(jian)文元年(nian)（1399年(nian)）七月(yue)起兵(bing)反(fan)抗明朝中(zhong)央(yang)政府。
燕王遣使入京師(shi)金陵奏事(shi)，使者(zhe)被齊泰等審訊，被迫供出燕王的(de)(de)異狀，于(yu)(yu)是朝廷下密(mi)旨，令張(zhang)(zhang)昺、謝貴逮捕(bu)燕王府(fu)的(de)(de)官屬(shu)，張(zhang)(zhang)信逮捕(bu)燕王本(ben)人。但張(zhang)(zhang)信與其母親討論之后(hou)，將(jiang)此事(shi)告知朱(zhu)棣(di)。于(yu)(yu)是朱(zhu)棣(di)和姚廣孝等進行舉兵的(de)(de)謀劃(hua)，令張(zhang)(zhang)玉(yu)、朱(zhu)能(neng)將(jiang)八(ba)百勇士帶入燕王府(fu)中(zhong)潛(qian)伏，以待變故。張(zhang)(zhang)昺、謝貴得到朱(zhu)允炆密(mi)詔后(hou)，于(yu)(yu)建文元年（1399年）七月初四帶兵包(bao)圍了燕王府(fu)。朱(zhu)棣(di)假意將(jiang)官屬(shu)全部(bu)捆縛，請二人進府(fu)查驗。二人進府(fu)后(hou)，朱(zhu)棣(di)派出府(fu)內(nei)死士將(jiang)其擒獲，并連同(tong)府(fu)內(nei)叛(pan)變的(de)(de)葛誠(cheng)、盧振一同(tong)處決(jue)。當(dang)日夜里，朱(zhu)棣(di)攻(gong)下北平九門，遂控(kong)制北平城。
燕軍(jun)(jun)控制北平(ping)后(hou)，建文元年（1399年）七月(yue)(yue)初(chu)六，通州(zhou)主(zhu)動歸附(fu)(fu)；七月(yue)(yue)初(chu)八(ba)，攻破(po)薊州(zhou)，遵化(hua)、密(mi)云(yun)歸附(fu)(fu)；七月(yue)(yue)十一(yi)，攻破(po)居庸關(guan)；七月(yue)(yue)十六，攻破(po)懷來，擒殺(sha)宋(song)忠等；七月(yue)(yue)十八(ba)，永(yong)平(ping)府（今(jin)河北盧龍縣，屬秦(qin)皇(huang)島市）歸附(fu)(fu)。七月(yue)(yue)二十七，為防止(zhi)大寧軍(jun)(jun)隊從松亭(ting)關(guan)偷襲北平(ping)，用反間計使松亭(ting)關(guan)內訌，守將卜萬下獄。至此，北平(ping)周(zhou)圍全部掃清(qing)。燕軍(jun)(jun)兵力增至數(shu)萬。
燕(yan)軍(jun)攻(gong)破懷來后(hou)，由于領(ling)地(di)相距太近，七月二十(shi)四日，谷王(wang)朱橞(hui)逃(tao)離封地(di)宣府（今屬張(zhang)家口，距北(bei)京約150公(gong)里，距懷來約60公(gong)里），奔金陵。八月，齊泰等顧慮遼(liao)王(wang)、寧(ning)(ning)王(wang)幫助燕(yan)王(wang)，建議召還京師；遼(liao)王(wang)從(cong)海(hai)路返京，而寧(ning)(ning)王(wang)不從(cong)，遂(sui)削寧(ning)(ning)王(wang)護衛。宋(song)忠失敗(bai)后(hou)，部將陳質退(tui)守大同。代王(wang)本欲起兵呼應(ying)朱棣，被(bei)陳質所控(kong)制，未果。
建文元年（1399年）七月，朱棣(di)反書至南京，朱允炆祭(ji)告太廟，削(xue)朱棣(di)宗室屬籍，廢為(wei)庶人。決定起(qi)兵討(tao)燕。在真定（今河北正定）設(she)置平燕布(bu)政(zheng)司。
朱(zhu)(zhu)棣初起兵(bing)時，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)只(zhi)據(ju)北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)一隅之(zhi)(zhi)地，勢小力弱(ruo)，朝廷(ting)則在各方(fang)面都占壓倒(dao)性(xing)優勢。所以戰爭初期，朝廷(ting)擬(ni)以優勢兵(bing)力，分(fen)進合(he)擊，將(jiang)(jiang)燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)圍(wei)殲(jian)于(yu)北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)。朱(zhu)(zhu)棣采取內(nei)線作戰，以部(bu)將(jiang)(jiang)郭資戍(shu)守北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)（今(jin)北(bei)(bei)(bei)京），迅速即攻取了(le)北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)以北(bei)(bei)(bei)的居庸(yong)關(guan)、懷來(lai)、密(mi)云和以東(dong)的薊州(zhou)、遵化、永(yong)平(ping)(ping)（今(jin)河北(bei)(bei)(bei)盧龍(long)）等州(zhou)縣，掃平(ping)(ping)了(le)北(bei)(bei)(bei)平(ping)(ping)的外圍(wei)，排除了(le)后(hou)(hou)顧之(zhi)(zhi)憂，便于(yu)從容對付朝廷(ting)的問罪之(zhi)(zhi)師(shi)。經(jing)過朱(zhu)(zhu)元璋大肆殺戮(lu)功(gong)臣宿將(jiang)(jiang)之(zhi)(zhi)后(hou)(hou)，朝廷(ting)也無將(jiang)(jiang)可用(yong)，朱(zhu)(zhu)允炆只(zhi)好(hao)起用(yong)年近古(gu)稀的幸(xing)存老(lao)將(jiang)(jiang)長興侯耿(geng)(geng)炳(bing)文(wen)為(wei)大將(jiang)(jiang)軍(jun)(jun)(jun)(jun)，駙馬都尉(wei)李堅為(wei)左副(fu)將(jiang)(jiang)軍(jun)(jun)(jun)(jun)，都督寧忠為(wei)右副(fu)將(jiang)(jiang)軍(jun)(jun)(jun)(jun)，率(lv)軍(jun)(jun)(jun)(jun)13萬(wan)(wan)伐燕(yan)，數路并進，號稱百萬(wan)(wan)大軍(jun)(jun)(jun)(jun)，同時傳檄山東(dong)、河南、山西三(san)省供給軍(jun)(jun)(jun)(jun)餉。耿(geng)(geng)炳(bing)文(wen)率(lv)軍(jun)(jun)(jun)(jun)在八月十三(san)日到達(da)真定，并分(fen)兵(bing)于(yu)河間、鄚州(zhou)（河北(bei)(bei)(bei)任丘北(bei)(bei)(bei)約30里(li)）、雄(xiong)縣，為(wei)犄(ji)角之(zhi)(zhi)勢。在經(jing)過觀察后(hou)(hou)，八月十五日，燕(yan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)趁中(zhong)秋夜敵軍(jun)(jun)(jun)(jun)不備，偷襲(xi)雄(xiong)縣；成功(gong)后(hou)(hou)又利(li)用(yong)伏擊擊敗(bai)了(le)鄚州(zhou)的援兵(bing)，遂攻克鄚州(zhou)，收(shou)編剩(sheng)余的部(bu)隊(dui)。
耿(geng)(geng)炳文(wen)部將張保(bao)來降，告知朱(zhu)棣耿(geng)(geng)炳文(wen)的部隊分駐滹沱河(he)兩岸，于(yu)是朱(zhu)棣讓(rang)他回去告訴耿(geng)(geng)炳文(wen)“雄縣、鄚州(zhou)大敗，燕兵將至”，以打(da)擊其士氣，并(bing)使耿(geng)(geng)炳文(wen)合兵一處，便于(yu)一舉(ju)擊潰。耿(geng)(geng)炳文(wen)果(guo)然將南岸的兵調過河(he)。八月二(er)十四日，燕軍(jun)到(dao)達無(wu)極縣。從(cong)樵(qiao)夫和南軍(jun)被(bei)俘士兵處得知敵情，于(yu)是燕軍(jun)發(fa)動決(jue)戰。
建文(wen)元年（1399年）八(ba)月(yue)，南(nan)(nan)軍師至河北(bei)滹沱河地區。燕(yan)王在(zai)中秋(qiu)夜乘南(nan)(nan)軍飲(yin)酒(jiu)作樂之機，突破(po)雄縣(xian)，盡克南(nan)(nan)軍的(de)先頭部(bu)隊(dui)。繼而又于滹沱河北(bei)岸大(da)敗南(nan)(nan)軍的(de)主力(li)部(bu)隊(dui)。耿(geng)炳(bing)文(wen)逃入真(zhen)定城中，閉門固(gu)守。燕(yan)軍攻城三日不克，還師北(bei)平。耿(geng)炳(bing)文(wen)率殘部(bu)不到十萬人在(zai)真(zhen)定堅(jian)守不出，燕(yan)軍攻城三天不克。八(ba)月(yue)二十九日，燕(yan)軍返回北(bei)平。顧成降燕(yan)之后，留在(zai)北(bei)平協助燕(yan)世(shi)子(zi)朱(zhu)高(gao)熾守城。
建文(wen)(wen)帝(di)聽到耿炳文(wen)(wen)軍敗，根據黃(huang)子澄的推薦(jian)，任(ren)曹國公(gong)李(li)文(wen)(wen)忠之子李(li)景隆為大將軍，代替耿炳文(wen)(wen)對燕軍作戰。又(you)令遼東江陰(yin)侯吳高(gao)等領兵圍(wei)攻永平(ping)（今(jin)河北(bei)昌黎西(xi)北(bei)）。朱(zhu)棣留下(xia)少量(liang)兵將堅(jian)守北(bei)平(ping)，自己(ji)親(qin)統大軍救援(yuan)永平(ping)。
本是紈绔(ku)子弟(di)，素不知兵(bing)(bing)，“寡謀而驕，色厲而餒”。建(jian)文元年（1399年）九月，李景(jing)(jing)(jing)隆(long)至山(shan)東德州，收(shou)集耿炳文的(de)潰散兵(bing)(bing)將，并(bing)調各(ge)路軍(jun)(jun)馬(ma)，共計50萬，進(jin)抵河間駐(zhu)扎。當朱棣(di)(di)(di)偵知李景(jing)(jing)(jing)隆(long)軍(jun)(jun)中的(de)部署(shu)后(hou)，笑(xiao)著說，兵(bing)(bing)法(fa)有(you)五(wu)敗(bai)，李景(jing)(jing)(jing)隆(long)全犯了，其兵(bing)(bing)必敗(bai)無疑(yi)，這就是政令不修(xiu)，上下離(li)心；兵(bing)(bing)將不適北(bei)平(ping)霜(shuang)雪氣候，糧草不足；不計險易(yi)，深入趨利；求(qiu)勝心切，剛愎自用(yong)，但智信不足，仁(ren)勇(yong)俱無；所部盡是烏合之(zhi)眾，且不團結。為了引誘(you)南軍(jun)(jun)深入，朱棣(di)(di)(di)決計姚廣(guang)孝(xiao)協(xie)助世子朱高熾留(liu)守(shou)北(bei)平(ping)，自己親率(lv)大(da)軍(jun)(jun)去(qu)援救(jiu)被遼東軍(jun)(jun)進(jin)攻的(de)永平(ping)，并(bing)告誡朱高熾說：“李景(jing)(jing)(jing)隆(long)來(lai)，只宜堅守(shou)，不能出戰。”朱棣(di)(di)(di)還撤去(qu)了盧(lu)溝橋的(de)守(shou)兵(bing)(bing)。
朱(zhu)(zhu)棣(di)這(zhe)一招(zhao)果然靈驗，李(li)景(jing)隆(long)聽說朱(zhu)(zhu)棣(di)率軍赴援永平(ping)(ping)，就(jiu)率師于建(jian)文元年（1399年）十月直趨(qu)(qu)北平(ping)(ping)城(cheng)(cheng)下(xia)。經過(guo)盧溝橋時(shi)見無(wu)守(shou)(shou)兵，禁不(bu)(bu)住歡喜，說：“不(bu)(bu)守(shou)(shou)此橋，我看朱(zhu)(zhu)棣(di)是(shi)無(wu)能為(wei)力了(le)(le)。”這(zhe)時(shi)朱(zhu)(zhu)高熾在北平(ping)(ping)城(cheng)(cheng)內(nei)嚴密部(bu)署，拼死守(shou)(shou)衛。李(li)景(jing)隆(long)則號令不(bu)(bu)嚴，指揮失當，幾次攻(gong)城(cheng)(cheng)，皆被擊退。南軍都(dou)督瞿能曾(ceng)率千余(yu)精騎，殺入張掖門(men)，但后(hou)援不(bu)(bu)至，只好停止進(jin)攻(gong)。又因(yin)李(li)景(jing)隆(long)貪功(gong)，要瞿能等待(dai)大部(bu)隊一起進(jin)攻(gong)，錯過(guo)了(le)(le)時(shi)機。燕(yan)軍則因(yin)此得(de)到(dao)喘息，連夜往城(cheng)(cheng) 墻上潑水，天(tian)冷結冰，待(dai)到(dao)次日，南軍也無(wu)法攀城(cheng)(cheng)進(jin)攻(gong)了(le)(le)。吳高怯懦，不(bu)(bu)敢應戰，退保山海關。朱(zhu)(zhu)棣(di)解救永平(ping)(ping)之(zhi)后(hou)，率師直趨(qu)(qu)大寧（今(jin)內(nei)蒙古寧城(cheng)(cheng)西）。
建文(wen)元年（1399年）九月(yue)初一(yi)，江(jiang)陰(yin)侯吳高率遼東(dong)兵攻打(da)永平郡(jun)，故朱(zhu)(zhu)棣趁李景隆躊躇不決之(zhi)際，九月(yue)十九日前往救援。九月(yue)二十五日，朱(zhu)(zhu)棣擊敗吳高，并決定趁勢偷襲十七弟寧王朱(zhu)(zhu)權(quan)的藩地大寧（今內蒙古(gu)寧城）以(yi)獲(huo)得其(qi)精(jing)銳部隊朵顏三衛；另(ling)一(yi)方面利(li)而誘之(zhi)，將(jiang)南(nan)軍引至“空城”北平下。九月(yue)二十八日，朱(zhu)(zhu)棣率眾出師。傳信給燕世子朱(zhu)(zhu)高熾，令其(qi)堅(jian)守北平城。
十(shi)月初六日(ri)，燕軍經小路到(dao)達大(da)寧(ning)(ning)(ning)城(cheng)下。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)單騎(qi)入城(cheng)（一說(shuo)擊(ji)敗(bai)守將房(fang)寬后(hou)入城(cheng)），見寧(ning)(ning)(ning)王(wang)朱(zhu)(zhu)(zhu)權，哭(ku)訴自(zi)己無路可走，向(xiang)朱(zhu)(zhu)(zhu)權求救，希望(wang)能向(xiang)朝廷上書，謝罪免(mian)死(si)。朱(zhu)(zhu)(zhu)權相信并(bing)收留了他。在(zai)居大(da)寧(ning)(ning)(ning)期間(jian)，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)令手下吏士入城(cheng)結交并(bing)賄賂大(da)寧(ning)(ning)(ning)的軍官等。十(shi)月十(shi)三日(ri)，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)提出告(gao)辭，朱(zhu)(zhu)(zhu)權在(zai)郊(jiao)外送行；但朱(zhu)(zhu)(zhu)權來(lai)到(dao)郊(jiao)外后(hou)，伏兵(bing)(bing)盡(jin)起，大(da)寧(ning)(ning)(ning)軍紛紛叛變，歸附朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)。于是朱(zhu)(zhu)(zhu)權與寧(ning)(ning)(ning)王(wang)妃、寧(ning)(ning)(ning)王(wang)世子等一同隨朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)前往北平，而大(da)寧(ning)(ning)(ning)的全部(bu)軍隊（包(bao)括其騎(qi)兵(bing)(bing)精銳(rui)朵(duo)顏三衛）都被朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)收編。大(da)寧(ning)(ning)(ning)成為空城(cheng)，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)(di)實力大(da)增。
聽說燕王(wang)朱棣率(lv)精銳征大(da)寧，李景隆引軍(jun)攻北(bei)平。南軍(jun)在鄭村(cun)壩（今大(da)興以東二十里）扎營，筑壘同攻北(bei)平九門。燕王(wang)世(shi)子朱高熾(chi)堅守。朱高熾(chi)遣(qian)人(ren)夜間偷(tou)襲南軍(jun)大(da)營，獲得了一(yi)定的喘(chuan)息時間；南軍(jun)攻城(cheng)急時，城(cheng)中婦女也(ye)上城(cheng)頭向(xiang)下投擲瓦石。
南軍(jun)唯(wei)一一次(ci)獲勝的機會是都督瞿能攻張掖門（一說彰義門，據(ju)《方輿紀要》，彰義門即西(xi)直門；存(cun)疑），幾(ji)乎要攻下時，因被李景隆所忌，只得停(ting)止。功敗垂成。農歷十月(yue)北平甚是寒冷，于(yu)(yu)是燕軍(jun)守城部隊夜(ye)里(li)汲水(shui)澆于(yu)(yu)城墻上，次(ci)日城墻結冰，南軍(jun)無(wu)法攀登。南軍(jun)因天寒地凍，戰斗力驟降(jiang)，攻勢自此受阻。
建文元年（1399年）十(shi)月(yue)十(shi)九(jiu)日，燕(yan)(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)在會州（今河(he)北(bei)省平(ping)泉(quan)縣）整編(bian)，分立五軍(jun)(jun)(jun)（中、前、左、右(you)(you)、后）。十(shi)月(yue)二十(shi)一(yi)日，燕(yan)(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)入松亭(ting)關（今河(he)北(bei)寬城(cheng)縣西南）。十(shi)一(yi)月(yue)初五日，燕(yan)(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)渡(du)白河(he)（時已結冰，渡(du)河(he)處(chu)在今北(bei)京(jing)順義區東），并(bing)打敗(bai)李(li)(li)景(jing)(jing)(jing)隆的(de)哨探(tan)陳暉部(bu)(bu)隊萬余人(ren)。當(dang)天(tian)，與李(li)(li)景(jing)(jing)(jing)隆大軍(jun)(jun)(jun)在鄭(zheng)(zheng)(zheng)村壩會戰(zhan)。燕(yan)(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)左右(you)(you)沖擊，連破南軍(jun)(jun)(jun)七營，李(li)(li)景(jing)(jing)(jing)隆大敗(bai)。當(dang)夜，李(li)(li)景(jing)(jing)(jing)隆見戰(zhan)事不(bu)利，令鄭(zheng)(zheng)(zheng)村壩所有(you)軍(jun)(jun)(jun)隊輕裝(zhuang)撤退。數(shu)十(shi)萬人(ren)的(de)輜重全部(bu)(bu)留(liu)給了燕(yan)(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)。但李(li)(li)景(jing)(jing)(jing)隆走得匆忙，沒有(you)通(tong)知(zhi)圍攻北(bei)平(ping)城(cheng)的(de)南軍(jun)(jun)(jun)軍(jun)(jun)(jun)隊，于是(shi)燕(yan)(yan)(yan)軍(jun)(jun)(jun)輕易擊潰北(bei)平(ping)城(cheng)下的(de)南軍(jun)(jun)(jun)，獲得其(qi)物資。李(li)(li)景(jing)(jing)(jing)隆率(lv)軍(jun)(jun)(jun)撤回(hui)德州，鄭(zheng)(zheng)(zheng)村壩之戰(zhan)結束。此戰(zhan)南軍(jun)(jun)(jun)喪師(shi)十(shi)余萬人(ren)。
建(jian)文(wen)元(yuan)年（1399年）十(shi)一(yi)月(yue)初九日，朱棣回到北(bei)平城，因為之(zhi)前（七月(yue)）上書沒有回信，再次(ci)上書朝(chao)廷(ting)，陳述齊(qi)泰、黃子澄構陷宗藩的(de)罪過。建(jian)文(wen)帝沒有回應。十(shi)二月(yue)，朱棣用反間(jian)計令遼東守將吳高被削爵貶黜，消(xiao)除東北(bei)方向的(de)后(hou)顧之(zhi)憂(you)。
由于(yu)李(li)景隆(long)準備(bei)等來年(nian)（1400年(nian)）開春再北上攻燕，朱棣決(jue)定攻打山西大(da)(da)同(tong)，以使南軍(jun)(jun)(jun)疲于(yu)奔命(ming)。十二(er)月十九日，朱棣出(chu)師攻大(da)(da)同(tong)。十二(er)月二(er)十四(si)日，燕軍(jun)(jun)(jun)抵達廣昌，守將(jiang)楊宗(zong)投(tou)(tou)降(jiang)。建文二(er)年(nian)（1400年(nian)）正月初一，燕軍(jun)(jun)(jun)抵達蔚州，明軍(jun)(jun)(jun)守將(jiang)王(wang)忠(zhong)、李(li)遠投(tou)(tou)降(jiang)燕軍(jun)(jun)(jun)。二(er)月初二(er)日，燕軍(jun)(jun)(jun)攻打大(da)(da)同(tong)。由于(yu)大(da)(da)同(tong)是代王(wang)的封(feng)地且軍(jun)(jun)(jun)事地位極重(zhong)要，李(li)景隆(long)不(bu)得不(bu)救援。待李(li)景隆(long)走出(chu)紫荊關后，燕軍(jun)(jun)(jun)從居庸關返回北平。南軍(jun)(jun)(jun)在(zai)冰天雪地中(zhong)白跑一趟，兵力、裝備(bei)大(da)(da)量損失，士氣受到(dao)重(zhong)創(chuang)。
建文(wen)二(er)年(nian)（1400年(nian)）二(er)月(yue)(yue)(yue)二(er)十八日，李景隆給(gei)朱棣寫信，請求暫時(shi)停戰。燕(yan)王(wang)回信索(suo)要齊(qi)泰、黃子澄等。一說李景隆自此有(you)二(er)心(xin)。除了使南軍(jun)白(bai)跑(pao)了一個月(yue)(yue)(yue)外(wai)，燕(yan)軍(jun)在本次伐大同時(shi)意外(wai)遇到(dao)了從蒙(meng)古來降的軍(jun)隊，收編之。此外(wai)，保定府于建文(wen)二(er)年(nian)（1400年(nian)）二(er)月(yue)(yue)(yue)降燕(yan)。
李景隆(long)在幾(ji)個月的(de)時間內一(yi)敗(bai)再敗(bai)，建(jian)文帝(di)撤免了他的(de)大將軍(jun)職務(wu)，建(jian)文帝(di)采黃子澄之謀，遣使議和以求緩(huan)攻(gong)，又任命盛(sheng)庸為平燕(yan)將軍(jun)，代李景隆(long)統(tong)兵。盛(sheng)庸屯(tun)兵德州，以遏燕(yan)軍(jun)南下(xia)。
李(li)景隆敗退后，燕軍圍濟南。右參政鐵(tie)鉉(xuan)(xuan)、盛庸堅守。朱棣射信入城招降，未果。建文(wen)二(er)年(nian)（1400年(nian)）五月十七(qi)日，燕軍掘開河堤(di)，放(fang)水(shui)灌城。鐵(tie)鉉(xuan)(xuan)見(jian)勢不妙，決(jue)定派千人(ren)詐降，誘朱棣進城。次日，朱棣前(qian)往濟南，走到城門口時，城門預設的鐵(tie)板落下，但(dan)略快了些，只打中(zhong)了其(qi)(qi)所乘馬(ma)的頭。朱棣大驚，換馬(ma)跑回(hui)(hui)。由(you)于事出(chu)意外(wai)，斷其(qi)(qi)后路等工(gong)作沒能成功。朱棣逃回(hui)(hui)，大怒，圍城攻打三(san)個月。
由于(yu)濟南(nan)的軍(jun)事地位極重要(yao)，若取得(de)濟南(nan)，進可(ke)(ke)南(nan)下(xia)攻(gong)打，退可(ke)(ke)畫疆自守，故燕軍(jun)乘新勝之(zhi)銳氣，志在(zai)必得(de)。不(bu)(bu)料攻(gong)城(cheng)(cheng)不(bu)(bu)利，朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)憤怒(nu)之(zhi)下(xia)決定(ding)使用大炮(pao)攻(gong)城(cheng)(cheng)，城(cheng)(cheng)中(zhong)不(bu)(bu)支。鐵(tie)鉉(xuan)(xuan)見(jian)狀(zhuang)，在(zai)一些木牌上(shang)寫了“高皇(huang)帝神牌”幾個字并掛在(zai)城(cheng)(cheng)頭，燕軍(jun)只得(de)停止炮(pao)擊(ji)。六月(yue)，惠(hui)帝見(jian)濟南(nan)危(wei)急，遣使求(qiu)和。朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)不(bu)(bu)聽(ting)。七月(yue)，平安進軍(jun)河間，擾(rao)亂燕軍(jun)糧道(dao)。朱(zhu)(zhu)棣(di)(di)進退不(bu)(bu)得(de)，八月(yue)十六，撤兵回(hui)北平。盛(sheng)庸、鐵(tie)鉉(xuan)(xuan)追擊(ji)，大敗(bai)燕軍(jun)，收復德(de)州。濟南(nan)之(zhi)戰結束。
九月初十(shi)，朱允炆升鐵鉉(xuan)為(wei)山東布政(zheng)使，參贊(zan)軍(jun)務，不久(jiu)后升兵部(bu)尚書；封(feng)盛(sheng)庸為(wei)歷城(cheng)侯，平(ping)燕(yan)將軍(jun)，撤(che)換李(li)景隆。都督(du)陳(chen)暉、平(ping)安(an)為(wei)副職。南軍(jun)重新進到德州、定(ding)州（今保定(ding)與石(shi)家莊之間）、滄(cang)州（今河(he)北滄(cang)州）。
東昌(chang)之敗之后，朱棣以(yi)此(ci)為(wei)恥，與道(dao)(dao)衍和尚姚廣孝商議對(dui)策。道(dao)(dao)衍強烈支(zhi)持朱棣再次(ci)出兵。于(yu)是于(yu)建文三年（1401年）二月初九日，朱棣祭陣亡將士(shi)，并脫(tuo)下袍(pao)子燒掉(diao)，激勵軍士(shi)。二月十(shi)六日，朱棣再次(ci)出師。當時盛庸(yong)(yong)駐兵二十(shi)萬于(yu)山(shan)東德州，吳杰、平安駐扎(zha)在(zai)真定。朱棣決定趁南(nan)軍兩軍分隔，先(xian)破盛庸(yong)(yong)一(yi)部。三月二十(shi)日，燕軍探(tan)知(zhi)盛庸(yong)(yong)在(zai)夾河（今河北省(sheng)衡水市武邑縣附近，漳河支(zhi)流）駐扎(zha)，于(yu)是駐扎(zha)在(zai)距對(dui)方四十(shi)里的(de)地(di)方。
三月二十二日，燕(yan)軍(jun)進(jin)兵夾河(he)。盛(sheng)(sheng)(sheng)庸仍(reng)結下堅陣，備(bei)大量火(huo)槍強弩。朱(zhu)棣利用建(jian)文(wen)帝(di)嚴(yan)禁傷(shang)害燕(yan)王(wang)之(zhi)旨，親自率幾個輕騎兵掠過南(nan)軍(jun)陣地偵(zhen)查。盛(sheng)(sheng)(sheng)庸不(bu)敢開(kai)(kai)槍，只得(de)派(pai)出自己的騎兵追趕朱(zhu)棣，不(bu)了(le)了(le)之(zhi)。偵(zhen)查后(hou)，朱(zhu)棣率領一萬騎兵和(he)五千步(bu)兵攻(gong)擊(ji)盛(sheng)(sheng)(sheng)庸軍(jun)左翼，不(bu)能入(ru)。此(ci)時燕(yan)將(jiang)譚(tan)淵(yuan)(yuan)望見(jian)已經(jing)開(kai)(kai)戰，于是(shi)主動出兵攻(gong)打。盛(sheng)(sheng)(sheng)庸部(bu)將(jiang)莊得(de)死戰，會合盛(sheng)(sheng)(sheng)庸軍(jun)，斬殺譚(tan)淵(yuan)(yuan)。朱(zhu)棣、朱(zhu)能等則(ze)趁(chen)(chen)南(nan)軍(jun)調動產生的混亂(luan)，趁(chen)(chen)暮色向南(nan)軍(jun)后(hou)方(fang)猛攻(gong)，斬殺莊得(de)。盛(sheng)(sheng)(sheng)庸穩(wen)住了(le)陣腳(jiao)，天色已晚(wan)，雙方(fang)罷兵。此(ci)戰殺傷(shang)相當，但燕(yan)軍(jun)損失了(le)大將(jiang)譚(tan)淵(yuan)(yuan)。
當夜，朱棣(di)(di)率領十(shi)余人在盛(sheng)庸(yong)(yong)營(ying)地附(fu)近露宿；三(san)(san)(san)月二十(shi)三(san)(san)(san)日清晨(chen)，朱棣(di)(di)發現被南(nan)軍(jun)(jun)包(bao)圍。朱棣(di)(di)再次利用禁殺(sha)之(zhi)旨，引馬鳴角，穿過敵軍(jun)(jun)，揚長而(er)去。南(nan)軍(jun)(jun)愕然，不敢射箭。朱棣(di)(di)回(hui)到營(ying)中(zhong)，鼓勵眾(zhong)將“兩軍(jun)(jun)相當，將勇(yong)者勝”，于是燕軍(jun)(jun)在東北方向(xiang)(xiang)，盛(sheng)庸(yong)(yong)軍(jun)(jun)在西南(nan)方向(xiang)(xiang)，再次會戰。燕軍(jun)(jun)左右沖(chong)擊(ji)(ji)，盛(sheng)庸(yong)(yong)堅守，雙方互(hu)有(you)勝負(fu)。戰斗(dou)打了三(san)(san)(san)四個時(shi)辰(chen)后(hou)，突然刮起了強烈的東北風，塵(chen)埃蔽天。南(nan)軍(jun)(jun)頂著風沙，根本(ben)沒法作(zuo)戰；燕軍(jun)(jun)則乘風大(da)呼，縱左右翼橫(heng)擊(ji)(ji)之(zhi)，盛(sheng)庸(yong)(yong)大(da)敗(bai)，損失了數萬人后(hou)，退(tui)回(hui)德州。吳(wu)杰(jie)、平安引兵準備會合盛(sheng)庸(yong)(yong)，聞庸(yong)(yong)已敗(bai)，退(tui)回(hui)真(zhen)定。夾(jia)河(he)之(zhi)戰結束。夾(jia)河(he)之(zhi)戰重新確立了燕軍(jun)(jun)的優勢。閏三(san)(san)(san)月初四，建文(wen)帝因夾(jia)河(he)之(zhi)敗(bai)，再次罷免齊泰、黃(huang)子澄，謫出京城，暗中(zhong)令(ling)其(qi)募兵。
擊(ji)敗(bai)盛庸(yong)后，朱棣(di)(di)進(jin)軍(jun)真定。考慮到(dao)攻(gong)城(cheng)(cheng)較(jiao)困難，決(jue)定誘敵出(chu)戰。于(yu)(yu)是下(xia)令軍(jun)中四出(chu)取糧，而用間諜向吳(wu)杰(jie)等透(tou)露此事(shi)(shi)。吳(wu)杰(jie)等見(jian)狀，決(jue)定襲擊(ji)燕軍(jun)。閏三月(yue)初九，兩軍(jun)會于(yu)(yu)藳(gao)城(cheng)(cheng)，遂交戰。南(nan)軍(jun)列(lie)方陣，朱棣(di)(di)則(ze)率精銳(rui)攻(gong)其東(dong)北角(jiao)以破陣。燕將薛祿由于(yu)(yu)馬失足被擒(qin)，但(dan)奪敵刀斬(zhan)數人后，奪馬逃走(zou)。此戰大量燕軍(jun)被南(nan)軍(jun)的(de)火槍和弓弩所傷(shang)，朱棣(di)(di)的(de)帥旗被射得像刺猬一樣；但(dan)是，由于(yu)(yu)朱允炆的(de)禁殺(sha)之旨，朱棣(di)(di)本(ben)人反而沒(mei)事(shi)(shi)。
次(ci)(ci)(ci)日，兩軍再次(ci)(ci)(ci)交戰(zhan)。在戰(zhan)斗中(zhong)突然又刮起了猛烈的大(da)風(feng)，南軍不能支，大(da)敗而(er)去。燕軍四面圍(wei)攻，斬(zhan)首六萬余級。吳杰、平安等逃回真(zhen)定，堅(jian)守不出。朱棣(di)將射成刺猬(wei)的軍旗送回北平，令世子(zi)朱高熾(chi)妥善保(bao)存，以警示后人。從白溝河、夾河到藳(gao)城，燕軍三(san)次(ci)(ci)(ci)得大(da)風(feng)相助而(er)勝，朱棣(di)認為(wei)這是(shi)天命(ming)所在，非人力所能為(wei)。
夾(jia)河、藳城(cheng)之戰(zhan)再次使南(nan)軍損失(shi)慘重，正面戰(zhan)場戰(zhan)事(shi)稍緩和。南(nan)軍改為通(tong)過談判、反間(jian)(jian)、襲(xi)擊(ji)后方(fang)等方(fang)式(shi)間(jian)(jian)接作戰(zhan)。擊(ji)敗(bai)平(ping)安(an)后，燕軍南(nan)下(xia)，先后經過順(shun)德(de)、廣平(ping)、大(da)名，并駐扎于大(da)名。諸郡(jun)縣望風(feng)而降。
朱(zhu)(zhu)棣(di)聽(ting)說(shuo)齊泰和黃子(zi)澄被貶，上書(shu)和談，表(biao)示(shi)“奸臣(chen)竄逐而其(qi)(qi)(qi)計(ji)實行，不(bu)敢撤兵”。朱(zhu)(zhu)允炆得書(shu)，與(yu)方孝(xiao)孺(ru)討論，方孝(xiao)孺(ru)表(biao)示(shi)可以(yi)借此機會遣使回報，拖延時間，并懈怠其(qi)(qi)(qi)軍(jun)(jun)心；同(tong)時令遼東(dong)等(deng)軍(jun)(jun)隊攻其(qi)(qi)(qi)后方，以(yi)備(bei)夾攻。于是(shi)（四月(yue)）建(jian)文(wen)帝令大(da)理寺少(shao)卿薛嵓去見朱(zhu)(zhu)棣(di)，傳(chuan)詔(zhao)并秘(mi)密在軍(jun)(jun)中散布相關(guan)消息。薛嵓見朱(zhu)(zhu)棣(di)，說(shuo)“朝(chao)廷言殿下(xia)旦釋(shi)甲(jia)，暮(mu)即旋師。”朱(zhu)(zhu)棣(di)表(biao)示(shi)這連三尺小兒(er)也騙不(bu)過。薛嵓無(wu)言以(yi)對。五月(yue)初一(yi)，盛(sheng)庸、吳杰、平安等(deng)分兵騷擾燕(yan)軍(jun)(jun)餉(xiang)道(dao)。朱(zhu)(zhu)棣(di)遣使者(zhe)進(jin)京表(biao)示(shi)盛(sheng)庸等(deng)不(bu)肯罷兵，必有主(zhu)使。建(jian)文(wen)帝聽(ting)從(cong)方孝(xiao)孺(ru)的意見，將其(qi)(qi)(qi)下(xia)獄（一(yi)說(shuo)誅殺），和談破(po)裂。朱(zhu)(zhu)棣(di)見和談破(po)裂，決定襲擊南(nan)軍(jun)(jun)餉(xiang)道(dao)，以(yi)使德(de)州南(nan)軍(jun)(jun)陷(xian)入困境，遂(sui)令都指揮(hui)李遠率兵六(liu)千，換穿(chuan)南(nan)軍(jun)(jun)甲(jia)胄，從(cong)濟寧南(nan)下(xia)；六(liu)月(yue)十五日(ri)，燕(yan)軍(jun)(jun)瞞過南(nan)軍(jun)(jun)到達沛(pei)縣(xian)，成功焚燒大(da)量南(nan)軍(jun)(jun)糧(liang)船，河中魚鱉(bie)盡死(si)。南(nan)軍(jun)(jun)損失糧(liang)食數百萬石，京師大(da)震(zhen)，德(de)州陷(xian)入窘境。
七(qi)月，燕軍(jun)(jun)進攻彰(zhang)德，林縣(xian)投降(jiang)。七(qi)月初(chu)十(shi)，平安自(zi)真定(ding)(ding)趁(chen)虛(xu)攻北(bei)平，擾(rao)其(qi)耕牧。朱(zhu)(zhu)(zhu)高熾(chi)固守(shou)。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)分(fen)兵(bing)回援(yuan)(yuan)；九月十(shi)八日，平安與戰(zhan)不(bu)利(li)，退(tui)回真定(ding)(ding)。由于河北(bei)戰(zhan)事(shi)不(bu)利(li)，方孝(xiao)孺想出了(le)反間(jian)計，利(li)用(yong)朱(zhu)(zhu)(zhu)高熾(chi)（長子）和朱(zhu)(zhu)(zhu)高煦(xu)（次子）的(de)(de)矛盾，先寫一(yi)封信給守(shou)北(bei)平的(de)(de)高熾(chi)，令(ling)其(qi)歸順朝(chao)(chao)廷，許以燕王之(zhi)位(wei)；然后(hou)派人告訴朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)和高煦(xu)（隨軍(jun)(jun)）世(shi)子密通朝(chao)(chao)廷，以使(shi)燕軍(jun)(jun)北(bei)還(huan)。但朱(zhu)(zhu)(zhu)高熾(chi)得到信后(hou)，根本沒有(you)拆開，將朝(chao)(chao)廷使(shi)者(zhe)連(lian)人帶信一(yi)起(qi)送往朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)處(chu)。反間(jian)計失(shi)敗。七(qi)月十(shi)五日，盛(sheng)庸(yong)令(ling)大(da)同(tong)守(shou)將房昭(zhao)(zhao)入紫(zi)荊關威脅保定(ding)(ding)，據易州西(xi)水寨以窺北(bei)平。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)見(jian)狀(zhuang)，只(zhi)得回兵(bing)救援(yuan)(yuan)。朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)分(fen)兵(bing)守(shou)保定(ding)(ding)，并包圍房昭(zhao)(zhao)的(de)(de)山(shan)寨。十(shi)月初(chu)二，燕軍(jun)(jun)與真定(ding)(ding)援(yuan)(yuan)兵(bing)和房昭(zhao)(zhao)軍(jun)(jun)決(jue)戰(zhan)，朱(zhu)(zhu)(zhu)棣(di)令(ling)勇士悄(qiao)悄(qiao)登(deng)山(shan)，在敵后(hou)大(da)張旗幟(zhi)。南軍(jun)(jun)山(shan)寨見(jian)狀(zhuang)大(da)亂，與真定(ding)(ding)援(yuan)(yuan)兵(bing)一(yi)齊崩潰。房昭(zhao)(zhao)退(tui)回大(da)同(tong)。十(shi)月二十(shi)四日，燕軍(jun)(jun)回到北(bei)平。之(zhi)后(hou)又擊敗了(le)襲永平的(de)(de)遼東敵軍(jun)(jun)。
至此，燕軍靖難(nan)已有兩年多。雖(sui)然屢戰屢勝，但因兵力不足，無(wu)法鞏固并(bing)擴張(zhang)勝利，往往放棄新取之(zhi)地；僅(jin)能據有北平、保定、永平三個郡。
建(jian)文(wen)三(san)年(nian)（1401年(nian)）冬(dong)，朱棣決(jue)定直接率兵南下(xia)，臨江(jiang)一決(jue)。道衍亦支持不再(zai)(zai)與盛庸、平安等糾纏(chan)，直趨京師。十(shi)(shi)二月(yue)初二日(ri)，燕(yan)師復出。十(shi)(shi)二月(yue)十(shi)(shi)二，到(dao)(dao)達蠡縣（約在保定以南50公里(li)）。建(jian)文(wen)四年(nian)（1402年(nian)）正(zheng)月(yue)，先(xian)后擊敗德州的一支分隊和(he)平安的部隊，于(yu)是(shi)燕(yan)軍南下(xia)（路線大(da)致(zhi)位于(yu)現京九鐵路和(he)京廣鐵路之間）至館陶(tao)渡河（進(jin)山東），并(bing)長(chang)驅直入。正(zheng)月(yue)十(shi)(shi)二日(ri)，燕(yan)軍在館陶(tao)渡河；正(zheng)月(yue)十(shi)(shi)四日(ri)，燕(yan)軍攻(gong)陷(xian)(xian)東阿；正(zheng)月(yue)十(shi)(shi)五日(ri)，再(zai)(zai)攻(gong)陷(xian)(xian)東平；正(zheng)月(yue)十(shi)(shi)七(qi)日(ri)，陷(xian)(xian)汶上；正(zheng)月(yue)二十(shi)(shi)七(qi)日(ri)，陷(xian)(xian)沛(pei)(pei)縣（今江(jiang)蘇沛(pei)(pei)縣）；正(zheng)月(yue)三(san)十(shi)(shi)日(ri)，燕(yan)軍先(xian)頭部隊到(dao)(dao)達徐州。
建文帝(di)(di)見燕軍再次出(chu)動，建文三年(nian)（1401年(nian)）十二月(yue)令駙(fu)馬都尉梅殷（建文帝(di)(di)的姑父，顧(gu)命(ming)(ming)大臣(chen)）任總兵官，鎮守(shou)淮安。建文四年(nian)（1402年(nian)）正月(yue)初(chu)一，建文帝(di)(di)將遷往蒙化的朱橚(su)（廢周王(wang)）召回南京。命(ming)(ming)魏國公徐輝祖(zu)率(lv)兵援山東。
建文四年（1402年）二(er)月初一，南(nan)軍(jun)將領(ling)何福、平安、陳暉進兵(bing)濟(ji)寧(ning)，盛(sheng)庸進兵(bing)淮上。朱棣派兵(bing)襲(xi)擊南(nan)軍(jun)餉道(dao)后，二(er)月二(er)十一日，燕軍(jun)擊敗徐州(zhou)的出戰軍(jun)隊(dui)，徐州(zhou)自此閉城死守。
徐州(zhou)堅守不(bu)出(chu)，朱棣(di)(di)(di)遂不(bu)再理會(hui)，繼(ji)續南(nan)(nan)下。三(san)月初一，燕軍進(jin)逼安(an)徽(hui)宿州(zhou)。三(san)月初九，抵達渦河(he)（今(jin)安(an)徽(hui)蚌埠市懷遠縣以(yi)北）。平(ping)安(an)見到燕軍一路(lu)南(nan)(nan)下，帶兵(bing)來(lai)追(zhui)；但三(san)月十(shi)(shi)四日(ri)在淝河(he)中(zhong)了朱棣(di)(di)(di)所(suo)設的伏兵(bing)，只得退回宿州(zhou)。三(san)月二(er)十(shi)(shi)三(san)日(ri)，朱棣(di)(di)(di)遣將斷徐州(zhou)餉道，鐵鉉等率(lv)兵(bing)圍(wei)攻，互有勝負。四月十(shi)(shi)四日(ri)，燕軍進(jin)達睢水之小(xiao)河(he)，搭浮橋。次日(ri)，平(ping)安(an)、何福(fu)領(ling)軍奪橋，雙(shuang)方(fang)隔河(he)僵持(chi)。數(shu)日(ri)后(hou)，南(nan)(nan)軍糧盡，朱棣(di)(di)(di)決定(ding)偷襲。半夜，渡河(he)繞至(zhi)敵后(hou)；但徐輝祖(zu)援兵(bing)正好趕到，四月二(er)十(shi)(shi)二(er)日(ri)，雙(shuang)方(fang)戰于齊眉山（靈(ling)壁縣西南(nan)(nan)三(san)十(shi)(shi)里），南(nan)(nan)軍大勝，斬燕將李斌。
南(nan)軍(jun)再(zai)(zai)次(ci)獲得勝利(li)，再(zai)(zai)加上(shang)暑熱，燕軍(jun)陷入窘境。四月(yue)(yue)二(er)十三日，燕軍(jun)眾將要求(qiu)北返，擇地休整，朱(zhu)棣不(bu)同意，說“欲(yu)(yu)渡河(he)(he)者左，不(bu)欲(yu)(yu)者右。”大部份人站于左側，朱(zhu)棣怒。朱(zhu)能這時強(qiang)力支(zhi)持朱(zhu)棣，表示“漢(han)高祖十戰九不(bu)勝，卒有(you)天下”，堅定(ding)了燕軍(jun)堅持的決心。這時，朝(chao)廷訛傳燕軍(jun)已兵(bing)敗，京師不(bu)可(ke)無良將，遂召(zhao)回徐輝祖。四月(yue)(yue)二(er)十五(wu)日，考慮到在(zai)河(he)(he)邊不(bu)易(yi)防守，何福(fu)移營，與平(ping)(ping)(ping)安在(zai)靈壁（一作靈璧）深(shen)溝高壘作長遠之計。由于糧(liang)道被燕軍(jun)阻礙，平(ping)(ping)(ping)安親自率兵(bing)六(liu)萬護衛(wei)糧(liang)草。四月(yue)(yue)二(er)十七日，朱(zhu)棣率精(jing)銳襲擊(ji)平(ping)(ping)(ping)安，將其一分為二(er)；何福(fu)全(quan)軍(jun)出(chu)動救援，朱(zhu)高煦也率伏兵(bing)出(chu)現，何福(fu)敗走。
南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)缺糧(liang)，何福與平安決定次(ci)日（二十九日）突圍而(er)出，在(zai)(zai)淮(huai)河取得給養(yang)，號(hao)令為(wei)三(san)聲(sheng)炮響；次(ci)日，燕軍(jun)(jun)(jun)(jun)攻(gong)打靈壁墻(qiang)壘(lei)，進攻(gong)信(xin)號(hao)正巧也(ye)是(shi)三(san)聲(sheng)炮響。于是(shi)南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)以(yi)為(wei)是(shi)己方號(hao)炮，紛紛奪路而(er)逃；燕軍(jun)(jun)(jun)(jun)趁勢(shi)進攻(gong)，南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)全軍(jun)(jun)(jun)(jun)覆沒(mei)(mei)。靈壁之戰(zhan)就此(ci)(ci)意外(wai)結束。此(ci)(ci)戰(zhan)燕軍(jun)(jun)(jun)(jun)生擒了(le)陳暉、平安、馬溥、徐(xu)真、孫成(cheng)等(deng)三(san)十七員(yuan)敵將，四名內官(guan)（宦官(guan)），一百(bai)五十員(yuan)朝廷大臣，獲馬二萬余匹，降者不計其數。只有(you)(you)何福單(dan)騎(qi)逃走。靈壁之戰(zhan)徹(che)底擊潰(kui)了(le)南(nan)(nan)軍(jun)(jun)(jun)(jun)主力，此(ci)(ci)后(hou)燕軍(jun)(jun)(jun)(jun)在(zai)(zai)長江以(yi)北再也(ye)沒(mei)(mei)有(you)(you)遇到像樣的抵抗。一千六(liu)百(bai)年前(qian)決定楚漢之爭勝敗的垓(gai)下(xia)之戰(zhan)就發(fa)生在(zai)(zai)靈壁附(fu)近，可謂(wei)歷史的巧合。
按照(zhao)齊(qi)、黃(huang)的策劃，曾(ceng)令遼東派兵(bing)南(nan)下欲與鐵鉉會師濟南(nan)，但五月初一(yi)在直(zhi)沽被燕軍擊(ji)潰。
靈(ling)璧之戰后(hou)，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)向(xiang)(xiang)東(dong)南方(fang)向(xiang)(xiang)直(zhi)線前進。五(wu)(wu)月(yue)初(chu)七下(xia)泗州，朱(zhu)棣謁祖陵。盛(sheng)庸(yong)在淮河(he)設(she)下(xia)防線阻礙燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)渡河(he)，朱(zhu)棣在嘗(chang)試取道(dao)淮安、鳳陽受阻后(hou)，遣(qian)朱(zhu)能、丘福率士(shi)兵數百人(ren)繞道(dao)上游乘漁船(chuan)渡河(he)，五(wu)(wu)月(yue)初(chu)九從后(hou)方(fang)突襲盛(sheng)庸(yong)，盛(sheng)庸(yong)敗走。燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)遂克盱眙(yi)。五(wu)(wu)月(yue)十一(yi)日，燕(yan)(yan)軍(jun)(jun)向(xiang)(xiang)揚(yang)州方(fang)向(xiang)(xiang)前進，五(wu)(wu)月(yue)十七日，到達天長(chang)（揚(yang)州西(xi)北50公(gong)里）。守揚(yang)州的(de)監察御(yu)史王(wang)彬本想抵抗，但屬(shu)下(xia)反叛(pan)，趁其沐浴時(shi)綁縛之。五(wu)(wu)月(yue)十八(ba)日，揚(yang)州不戰而降(jiang)，隨(sui)后(hou)高郵(you)歸降(jiang)。
五月二(er)十二(er)日(ri)，朱允炆遣慶成郡主（朱元(yuan)璋(zhang)的侄(zhi)女、朱棣的堂姐(jie)）與朱棣談判，表(biao)示(shi)(shi)愿(yuan)意割地。朱棣說“此(ci)(ci)奸臣欲姑緩我，以(yi)俟(si)遠(yuan)方(fang)之兵(bing)耳(er)。”郡主無言以(yi)對，遂(sui)返。六(liu)月初(chu)(chu)一日(ri)，燕軍(jun)準備從浦子口渡(du)江，但(dan)遇到(dao)了盛庸最(zui)后的抵抗。燕軍(jun)戰不(bu)利，朱棣打(da)算議和北還。此(ci)(ci)時朱高(gao)煦引兵(bing)來援，朱棣非常(chang)高(gao)興，說“努(nu)力罷！世子常(chang)常(chang)生病(bing)啊。”暗(an)示(shi)(shi)朱高(gao)煦有(you)機會取(qu)得儲君寶(bao)座，于是朱高(gao)煦大受鼓(gu)舞，率眾殊死戰，擊(ji)(ji)敗(bai)盛庸。隨后中央(yang)軍(jun)的一支(zhi)水軍(jun)部隊降(jiang)(jiang)燕，燕軍(jun)遂(sui)于六(liu)月初(chu)(chu)三日(ri)自瓜(gua)洲(zhou)渡(du)江，并再(zai)次擊(ji)(ji)敗(bai)退守此(ci)(ci)地的盛庸。六(liu)月初(chu)(chu)六(liu)日(ri)，燕軍(jun)至鎮江，守將率城投(tou)降(jiang)(jiang)。
六月初八，燕軍駐扎于(yu)(yu)龍潭（距京(jing)(jing)師(shi)金(jin)陵(ling)東約30公里），朝廷大震。朱(zhu)(zhu)允炆(wen)徘徊殿間，召(zhao)方孝孺(ru)問(wen)計。有(you)人提議逃往內(nei)地以圖興復，方孝孺(ru)表(biao)示城中尚有(you)二(er)十(shi)萬兵，應堅守(shou)待援(yuan)；即使真戰敗，國(guo)君(jun)為(wei)社稷(ji)而死(si)，是(shi)理所(suo)應當的(de)。可以再(zai)派大臣、在(zai)京(jing)(jing)諸王前往談(tan)(tan)判(pan)(pan)以拖延時(shi)間。于(yu)(yu)是(shi)六月初九，派李(li)景隆(long)、茹瑺等見朱(zhu)(zhu)棣(di)，再(zai)次(ci)談(tan)(tan)判(pan)(pan)；朱(zhu)(zhu)棣(di)表(biao)示割(ge)地無(wu)名，只(zhi)(zhi)要奸臣。六月初十(shi)，遣谷王朱(zhu)(zhu)橞（建文元年逃回京(jing)(jing)城）、安王朱(zhu)(zhu)楹等第三次(ci)前往談(tan)(tan)判(pan)(pan)，無(wu)果。六月十(shi)二(er)日(ri)(ri)，外出募兵的(de)大臣們(men)仍未(wei)返回，朱(zhu)(zhu)允炆(wen)只(zhi)(zhi)得派在(zai)京(jing)(jing)諸王和武臣們(men)守(shou)衛各門(men)(men)。時(shi)左(zuo)都督徐增(zeng)壽(shou)(shou)（徐達子，輝(hui)祖弟）謀內(nei)應，被一群(qun)文官圍毆(ou)。次(ci)日(ri)(ri)（1402年7月13日(ri)(ri)），燕軍抵金(jin)陵(ling)。徐增(zeng)壽(shou)(shou)作內(nei)應，事敗，被朱(zhu)(zhu)允炆(wen)親(qin)自誅殺于(yu)(yu)左(zuo)順門(men)(men)。守(shou)衛金(jin)川(chuan)門(men)(men)（位(wei)于(yu)(yu)南京(jing)(jing)城西北(bei)面）的(de)朱(zhu)(zhu)橞和李(li)景隆(long)望見朱(zhu)(zhu)棣(di)麾蓋，開(kai)門(men)(men)迎(ying)降。
燕王進入京城，文(wen)武百官紛(fen)紛(fen)跪迎道旁，在(zai)群臣的擁(yong)戴(dai)下即皇帝位，是為明成(cheng)祖(zu)，年(nian)號(hao)永樂。歷時四年(nian)的“靖難之役(yi)”以燕王朱棣的勝利(li)而告終。
建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文四年（1402年）六月十三，燕軍抵金陵(ling)。徐增壽(shou)作內應，事敗，被朱允炆親(qin)自誅(zhu)殺于(yu)左順門。守衛金川門（位于(yu)南(nan)(nan)京(jing)城西北面）的(de)(de)朱橞和李景(jing)隆望見朱棣麾(hui)蓋(gai)，開門迎(ying)降，是為金川門之變。燕軍攻入(ru)金陵(ling)，江(jiang)山(shan)易主。靖難之役結束。戰爭雖結束，與此相關的(de)(de)歷史卻在發(fa)展。燕王(wang)進(jin)京(jing)后，宮中(zhong)起火，建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文帝下落不明。有的(de)(de)說建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文帝于(yu)宮中(zhong)自焚而(er)死，或云(yun)建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文帝由地道出(chu)亡，落發(fa)為僧(seng)，云(yun)游天(tian)下，傳(chuan)說他于(yu)正(zheng)統朝入(ru)居宮中(zhong)，壽(shou)年而(er)終；又有一說建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文帝逃至東南(nan)(nan)亞(ya)，鄭和下西洋的(de)(de)其中(zhong)一個(ge)目的(de)(de)就是尋找建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文帝。建(jian)(jian)(jian)(jian)(jian)文帝的(de)(de)真正(zheng)下落已(yi)不可確考，成為明史上(shang)的(de)(de)一大(da)懸(xuan)案。
朱(zhu)棣稱帝(di)后(hou)，建文四年（1402年）六月(yue)十八日，恢復了(le)周王(wang)(wang)朱(zhu)橚、齊王(wang)(wang)朱(zhu)榑的爵(jue)位。隨后(hou)恢復代(dai)王(wang)(wang)朱(zhu)桂(gui)、岷王(wang)(wang)朱(zhu)楩的爵(jue)位。永樂元年（1403年）正月(yue)，明成(cheng)祖令周、齊、代(dai)、岷四王(wang)(wang)歸藩。六月(yue)二十六日，成(cheng)祖取消(xiao)建文帝(di)之父朱(zhu)標(biao)的興宗(zong)廟號(hao)，重新稱懿文太子；七月(yue)十二日，成(cheng)祖將(jiang)朱(zhu)允(yun)炆的三個弟弟由親王(wang)(wang)降為郡王(wang)(wang)；十一(yi)月(yue)將(jiang)朱(zhu)標(biao)之子朱(zhu)允(yun)熥、朱(zhu)允(yun)熞廢(fei)為庶人，囚禁在老家鳳陽。
朱棣因為(wei)反對(dui)建文帝削藩而(er)起(qi)兵，為(wei)了爭取諸王擁戴，還改變祖制給予宗室更高的品(pin)(pin)級。如按(an)照(zhao)洪武年(nian)間規定，鎮國(guo)將軍(jun)(jun)（郡(jun)王之(zhi)子(zi)）為(wei)三品(pin)(pin)，輔(fu)(fu)國(guo)將軍(jun)(jun)四品(pin)(pin)，奉(feng)(feng)國(guo)將軍(jun)(jun)五(wu)品(pin)(pin)，鎮國(guo)中(zhong)(zhong)尉六(liu)品(pin)(pin)，輔(fu)(fu)國(guo)中(zhong)(zhong)尉七品(pin)(pin)，奉(feng)(feng)國(guo)中(zhong)(zhong)尉八品(pin)(pin)。而(er)成祖“遂(sui)加(jia)鎮國(guo)將軍(jun)(jun)從一品(pin)(pin)，輔(fu)(fu)國(guo)將軍(jun)(jun)從二品(pin)(pin)，奉(feng)(feng)國(guo)將軍(jun)(jun)從三品(pin)(pin)，鎮國(guo)中(zhong)(zhong)尉從四品(pin)(pin)，輔(fu)(fu)國(guo)中(zhong)(zhong)尉從五(wu)品(pin)(pin)，奉(feng)(feng)國(guo)中(zhong)(zhong)尉從六(liu)品(pin)(pin)”。
然而由于朱棣(di)自己是武裝奪(duo)權(quan)的(de)(de)，為(wei)了保證中(zhong)央(yang)(yang)政權(quan)穩固，他(ta)即(ji)位后先將(jiang)諸(zhu)邊塞王(wang)(wang)改封于內地，然后逐漸解除諸(zhu)王(wang)(wang)的(de)(de)兵權(quan)：永(yong)樂(le)(le)元(yuan)年(nian)（1403年(nian)）削(xue)代王(wang)(wang)護衛(wei)(wei)(wei)(wei)及(ji)官(guan)屬(shu)；永(yong)樂(le)(le)四年(nian)（1406年(nian)）削(xue)齊王(wang)(wang)護衛(wei)(wei)(wei)(wei)及(ji)官(guan)屬(shu)，不(bu)久廢為(wei)庶人(ren)；永(yong)樂(le)(le)六(liu)年(nian)（1408年(nian)）削(xue)岷王(wang)(wang)護衛(wei)(wei)(wei)(wei)及(ji)官(guan)屬(shu)；永(yong)樂(le)(le)十(shi)(shi)年(nian)（1412年(nian)）削(xue)遼王(wang)(wang)護衛(wei)(wei)(wei)(wei)；永(yong)樂(le)(le)十(shi)(shi)五年(nian)（1417年(nian)）廢谷王(wang)(wang)為(wei)庶人(ren)；永(yong)樂(le)(le)十(shi)(shi)九年(nian)（1419年(nian)）周王(wang)(wang)見勢不(bu)妙，主動獻(xian)還(huan)護衛(wei)(wei)(wei)(wei)。洪武朝帶兵的(de)(de)十(shi)(shi)三位親王(wang)(wang)，永(yong)樂(le)(le)朝削(xue)去了六(liu)個護衛(wei)(wei)(wei)(wei)。與此同時，大封靖難功臣(chen)，將(jiang)大批有經(jing)驗的(de)(de)武臣(chen)保留下來，加強中(zhong)央(yang)(yang)政權(quan)，從根本上(shang)改變了中(zhong)央(yang)(yang)和諸(zhu)藩的(de)(de)軍事力量對比。
雖(sui)然(ran)朱(zhu)棣實現了(le)朱(zhu)允炆當年的(de)(de)目的(de)(de)，但(dan)只解決了(le)眼前(qian)的(de)(de)問(wen)題，并沒有(you)改變(bian)祖制；其(qi)子漢王(wang)朱(zhu)高煦(xu)和趙王(wang)朱(zhu)高燧(sui)仍然(ran)設立了(le)三護(hu)衛(wei)。宣德元年（1426年），朱(zhu)高煦(xu)叛亂(luan)，再次證明親王(wang)典(dian)兵不是辦法(fa)。親征平定叛亂(luan)后，明宣宗利用其(qi)威望，迫使絕大部份藩王(wang)交出了(le)護(hu)衛(wei)，并從各個方面對(dui)(dui)宗室(shi)加以控(kong)制。此后，宗室(shi)與中(zhong)央的(de)(de)矛盾(dun)逐漸(jian)由(you)軍事上對(dui)(dui)政權的(de)(de)威脅(xie)轉變(bian)為(wei)大量增加的(de)(de)俸祿對(dui)(dui)中(zhong)央財政的(de)(de)壓力。
為了更有(you)效率(lv)地處理(li)國務(wu)，建文(wen)四(si)年(nian)（1402年(nian)）八(ba)月初一，朱棣令解縉、黃淮入直文(wen)淵閣(ge)，預機(ji)務(wu)。隨后擴充內閣(ge)至七人(ren)。從(cong)此內閣(ge)開始在明朝政治中發揮越(yue)來越(yue)重要的作用，甚至清朝仍沿用此制度。
另(ling)一(yi)(yi)方面，由于朱棣(di)是(shi)造反稱(cheng)帝的，對(dui)大(da)臣有(you)所猜忌，故恢復了洪(hong)武年(nian)間廢(fei)除的錦衣(yi)衛，重新開始實施明朝的特務(wu)統(tong)治(zhi)。隨后，永樂十八年(nian)（1420年(nian)），朱棣(di)又設立了東(dong)廠(chang)，令(ling)親信太監掌權，加強特務(wu)統(tong)治(zhi)的同時(shi)提高(gao)了宦官的地(di)位(wei)。有(you)明一(yi)(yi)代，特務(wu)統(tong)治(zhi)幾乎(hu)貫穿(chuan)始終(zhong)，成為一(yi)(yi)大(da)特點。
由于靖難之(zhi)役(yi)時，京中(zhong)宦(huan)(huan)(huan)官(guan)提供的(de)(de)情報幫助(zhu)成(cheng)祖(zu)擊敗惠帝，成(cheng)祖(zu)即(ji)位后便改變太祖(zu)以來禁止(zhi)宦(huan)(huan)(huan)官(guan)干政的(de)(de)政策，開始重用宦(huan)(huan)(huan)官(guan)。一方面(mian)，明(ming)朝出現(xian)了鄭和(he)等(deng)著名(ming)的(de)(de)優秀(xiu)宦(huan)(huan)(huan)官(guan)，下西(xi)洋宣揚國(guo)(guo)威；另(ling)一方面(mian)，由于司禮監(jian)、東廠(chang)等(deng)宦(huan)(huan)(huan)官(guan)掌權的(de)(de)部門地位提高，且地方鎮守(shou)、監(jian)督(du)采辦等(deng)重要工作皆由宦(huan)(huan)(huan)官(guan)擔任（不全為朱棣設置），埋下了日后宦(huan)(huan)(huan)官(guan)禍國(guo)(guo)的(de)(de)種子(zi)。
由于(yu)洪武年間，北方(fang)的(de)防務(wu)(wu)多(duo)由幾位邊(bian)(bian)王（如朱棣、朱權(quan)）負責，而(er)靖難后朱棣徙諸邊(bian)(bian)王于(yu)內地，導致華北防務(wu)(wu)空虛(xu)；又由于(yu)有唐朝(chao)(chao)之守外(wai)虛(xu)內、宋朝(chao)(chao)之守內虛(xu)外(wai)的(de)教訓(xun)，故在軍事上，定都金陵（南京）、遙控(kong)將領守衛邊(bian)(bian)界的(de)風險很大；“天(tian)子守國門”則(ze)可以解決這一問(wen)題。另(ling)一方(fang)面，由于(yu)南京的(de)建文帝影響較大，在政治上考慮，作為(wei)朱棣大本(ben)營的(de)北平更加適(shi)合作為(wei)帝都。故考慮各種因素后，朱棣決定遷都北京。
永樂元年(nian)(nian)（1403年(nian)(nian)）二月，朱棣(di)改北(bei)(bei)平為北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)，名順天(tian)府（與(yu)元朝(chao)大都(dou)區別）；隨后遷(qian)徙各(ge)地(di)富民于北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)。稱北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)為行(xing)在。永樂年(nian)(nian)間(jian)，遷(qian)都(dou)北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)的(de)準備(bei)一直在進行(xing)，如建(jian)北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)城、建(jian)宮殿、疏通漕運等(deng)；直到永樂十八(ba)年(nian)(nian)（1420年(nian)(nian)），北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)皇(huang)宮（即紫禁城，故(gu)宮）和北(bei)(bei)京(jing)(jing)(jing)城建(jian)成，遂下令(ling)遷(qian)都(dou)，以南京(jing)(jing)(jing)作為留都(dou)。
朱棣在靖難(nan)初始時曾(ceng)將(jiang)大(da)寧的(de)全(quan)部軍力（包括(kuo)朵顏(yan)三(san)衛）納入麾下，朵顏(yan)三(san)衛在后續作戰中起到了重要作用；故朱棣稱帝后，將(jiang)寧王封于南昌，永樂(le)元年(nian)（1403年(nian)）三(san)月把大(da)寧封賞給朵顏(yan)三(san)衛作酬勞(lao)。
大寧(ning)位(wei)于遼(liao)蒙(meng)冀三省(sheng)交(jiao)界處，遼(liao)東(dong)—薊州—宣府弓形(xing)的(de)中心，軍事地(di)(di)位(wei)相當重要；洪武十(shi)三年（1380年）收復，并建立衛所，至此廢除。大寧(ning)可(ke)以作為遼(liao)東(dong)、薊州、宣府等地(di)(di)的(de)防衛前哨，并影響其(qi)防衛效果；失去(qu)大寧(ning)，從關(guan)內到遼(liao)東(dong)就只能走山海(hai)關(guan)過錦州。此后(hou)（尤其(qi)是(shi)土木之(zhi)變(bian)后(hou)），薊遼(liao)的(de)戰事不(bu)斷。割大寧(ning)之(zhi)事，多為后(hou)人(ren)所詬(gou)病。
靖難之役涉(she)及(ji)整個華(hua)北和(he)華(hua)東地區，反復的(de)(de)拉鋸戰(zhan)使得淮河以(yi)北的(de)(de)社會經濟遭到極大的(de)(de)破壞。朱棣登基后，減免了河北、河南、山東等曾(ceng)為(wei)戰(zhan)場(chang)的(de)(de)省份及(ji)其它省份的(de)(de)賦(fu)稅，以(yi)休養生息。
“靖難之役”是(shi)明朝歷史(shi)上第一場皇(huang)帝和藩王(wang)之間(jian)的(de)內(nei)戰(zhan)。這場戰(zhan)爭是(shi)建文帝朱允炆為了鞏固自己的(de)權力、決定削藩而(er)引起的(de)。
“靖難之役”是明(ming)朝(chao)歷史上(shang)影響(xiang)(xiang)深遠的(de)一次政權爭(zheng)奪(duo)戰，不僅(jin)導致了明(ming)朝(chao)皇位歸屬的(de)改變，也極大影響(xiang)(xiang)了此后二(er)百多(duo)年明(ming)朝(chao)政治、思想的(de)走向(xiang)。清代大學者、《〈說文(wen)解字〉注》的(de)作者段玉裁(cai)在《明(ming)史十二(er)論》中將(jiang)“靖難之役”、景泰末年的(de)“奪(duo)門(men)之變”以及(ji)嘉靖初年的(de)“大禮(li)議”稱為影響(xiang)(xiang)明(ming)朝(chao)歷史走向(xiang)的(de)“三(san)大案”。
“靖(jing)難(nan)之役”以后，開國(guo)功(gong)臣集(ji)團——明朝(chao)初年的(de)“太子黨”地位(wei)急劇下(xia)(xia)降(jiang)。南京是開國(guo)功(gong)臣集(ji)團的(de)巢穴(xue)，永樂十九年（1421年），朱(zhu)棣正(zheng)式把明朝(chao)的(de)首都從南京遷(qian)往北京，更加削弱了開國(guo)功(gong)臣的(de)影(ying)響力。伴隨著開國(guo)功(gong)臣集(ji)團地位(wei)的(de)下(xia)(xia)降(jiang)，靖(jing)難(nan)功(gong)臣的(de)影(ying)響力迅速(su)攀(pan)升，英國(guo)公張家成了此后明朝(chao)政壇的(de)不倒翁，長期處(chu)于最高(gao)統治(zhi)集(ji)團之列。
巧笑倩兮 
