臺(tai)灣(wan)自(zi)古(gu)以(yi)來(lai)就與(yu)大(da)陸的(de)關系密不可分(fen)，所以(yi)統(tong)一是必然的(de)規律和(he)趨(qu)勢，特別是自(zi)元朝以(yi)來(lai)，臺(tai)灣(wan)直接(jie)歸(gui)于中央(yang)政(zheng)府管轄。天(tian)啟四年（1624年）荷(he)蘭(lan)東印度公司部(bu)隊登(deng)陸大(da)員，開始占領臺(tai)灣(wan)。清兵入關后，勢力逐(zhu)漸(jian)進入福建。順(shun)治十(shi)六年（1659年）鄭(zheng)成功率領十(shi)萬大(da)軍(jun)攻(gong)打南京，慘敗而回(hui)。鄭(zheng)軍(jun)元氣(qi)大(da)傷(shang)，鄭(zheng)成功感到清朝統(tong)治逐(zhu)漸(jian)穩(wen)固，而鄭(zheng)軍(jun)困(kun)守(shou)思(si)明(ming)（廈(sha)門）孤(gu)島糧草匱乏(fa)，難以(yi)提供數萬大(da)軍(jun)給養，開始思(si)考(kao)取得(de)另(ling)外的(de)根據地以(yi)為整補。
順(shun)治十(shi)八(ba)年(nian)（1661年(nian)）三月，鄭成(cheng)功親率2.5萬名兵將，分乘百艘戰(zhan)船(chuan)，從金門出發。他們冒著(zhu)風浪(lang)，越過(guo)臺(tai)(tai)灣海峽，在澎(peng)湖休整幾天(tian)準備直(zhi)取(qu)臺(tai)(tai)灣。荷蘭(lan)侵(qin)略軍(jun)(jun)聽說鄭成(cheng)功要進(jin)攻(gong)臺(tai)(tai)灣，十(shi)分驚(jing)恐。他們把(ba)軍(jun)(jun)隊集中(zhong)在臺(tai)(tai)灣（今臺(tai)(tai)灣東平地區）、赤(chi)(chi)嵌(qian)（今臺(tai)(tai)南）兩(liang)座(zuo)城(cheng)堡，還在港(gang)口沉破船(chuan)阻(zu)止鄭成(cheng)功船(chuan)隊登(deng)岸。鄭軍(jun)(jun)乘海水漲潮將船(chuan)隊駛進(jin)鹿耳(er)門內海，主(zhu)力從禾寮港(gang)登(deng)陸，從側背(bei)進(jin)攻(gong)赤(chi)(chi)嵌(qian)城(cheng)，并(bing)切(qie)斷了(le)(le)(le)與臺(tai)(tai)灣城(cheng)的聯(lian)系。戰(zhan)斗中(zhong)，侵(qin)略軍(jun)(jun)以“赫克(ke)托(tuo)”號(hao)戰(zhan)艦攻(gong)擊，鄭成(cheng)功一聲令下，把(ba)敵軍(jun)(jun)緊緊圍(wei)住，60多只(zhi)戰(zhan)船(chuan)一齊(qi)發炮，把(ba)“赫克(ke)托(tuo)”號(hao)擊沉。與此同(tong)時，又擊潰了(le)(le)(le)臺(tai)(tai)灣城(cheng)的援軍(jun)(jun)。赤(chi)(chi)嵌(qian)的荷蘭(lan)軍(jun)(jun)在水源被切(qie)斷，外(wai)援無(wu)望的情況下，向鄭軍(jun)(jun)投降(jiang)。盤(pan)踞臺(tai)(tai)灣城(cheng)的侵(qin)略軍(jun)(jun)企(qi)圖(tu)負隅頑(wan)抗，鄭成(cheng)功在城(cheng)周圍(wei)修筑(zhu)土臺(tai)(tai)，圍(wei)困敵軍(jun)(jun)8個月后，下令向臺(tai)(tai)灣城(cheng)發起強攻(gong)。至(zhi)此，鄭成(cheng)功從荷蘭(lan)侵(qin)略者手里收復了(le)(le)(le)淪(lun)陷(xian)38年(nian)的中(zhong)國領土臺(tai)(tai)灣。這場(chang)戰(zhan)爭結束了(le)(le)(le)荷蘭(lan)東印度公司在中(zhong)國臺(tai)(tai)灣的經營，開啟了(le)(le)(le)明鄭政權(quan)對臺(tai)(tai)灣的統(tong)治。
清(qing)朝(chao)入關之(zhi)(zhi)初，因(yin)忙于(yu)統一戰(zhan)爭，無(wu)暇顧及臺(tai)灣(wan)(wan)。自從康(kang)(kang)熙(xi)以來(lai)，清(qing)朝(chao)內地的(de)(de)(de)反(fan)抗逐漸平息，政局趨于(yu)穩固，而(er)在(zai)臺(tai)灣(wan)(wan)的(de)(de)(de)鄭(zheng)(zheng)氏(shi)(shi)則(ze)時刻想侵(qin)擾清(qing)政權(quan)。鄭(zheng)(zheng)成功收臺(tai)的(de)(de)(de)次(ci)年(nian)(nian)(nian)即(ji)病(bing)逝，繼位的(de)(de)(de)鄭(zheng)(zheng)經利(li)用(yong)康(kang)(kang)熙(xi)初年(nian)(nian)(nian)三藩(fan)之(zhi)(zhi)亂的(de)(de)(de)機會，渡海(hai)(hai)(hai)西(xi)攻清(qing)朝(chao)福建(jian)、廣(guang)東沿(yan)海(hai)(hai)(hai)。康(kang)(kang)熙(xi)十(shi)(shi)三年(nian)(nian)(nian)（1674年(nian)(nian)(nian)）耿精忠(zhong)響應吳(wu)三桂(gui)發起的(de)(de)(de)叛(pan)亂，以提(ti)供戰(zhan)船(chuan)給鄭(zheng)(zheng)經，換取出兵(bing)，鄭(zheng)(zheng)經應允(yun)此(ci)事。泉州(zhou)、漳州(zhou)、潮州(zhou)陸續投靠鄭(zheng)(zheng)經。康(kang)(kang)熙(xi)十(shi)(shi)五(wu)年(nian)(nian)(nian)（1676年(nian)(nian)(nian)），廣(guang)東尚之(zhi)(zhi)信再次(ci)遭鄭(zheng)(zheng)軍擊(ji)敗，只得加入三藩(fan)反(fan)清(qing)陣營，并將惠州(zhou)割(ge)讓(rang)給鄭(zheng)(zheng)經。三藩(fan)之(zhi)(zhi)亂后期，清(qing)軍逐漸占據(ju)優勢，鄭(zheng)(zheng)氏(shi)(shi)在(zai)閩粵沿(yan)海(hai)(hai)(hai)的(de)(de)(de)勢力(li)開(kai)始被驅逐出去(qu)。一方(fang)面(mian)，鄭(zheng)(zheng)氏(shi)(shi)不斷對(dui)東南沿(yan)海(hai)(hai)(hai)的(de)(de)(de)侵(qin)襲影響到(dao)清(qing)朝(chao)東南賦稅之(zhi)(zhi)地的(de)(de)(de)穩定，同時也(ye)不利(li)南方(fang)民心的(de)(de)(de)穩定；另一方(fang)面(mian)，臺(tai)灣(wan)(wan)的(de)(de)(de)鄭(zheng)(zheng)氏(shi)(shi)也(ye)被認(ren)為是明朝(chao)正(zheng)統，成為反(fan)清(qing)復明的(de)(de)(de)最后基地。臺(tai)灣(wan)(wan)繼續孤(gu)懸海(hai)(hai)(hai)外，不利(li)多(duo)民族封建(jian)專(zhuan)制主義中央集權(quan)國(guo)家的(de)(de)(de)鞏固和統一。因(yin)此(ci)，清(qing)朝(chao)收取臺(tai)灣(wan)(wan)勢在(zai)必行。
早在康(kang)熙(xi)(xi)(xi)(xi)初年(nian)(nian)(nian)，清(qing)(qing)朝就與(yu)(yu)臺(tai)灣鄭(zheng)(zheng)氏當局(ju)有了交流(liu)。在康(kang)熙(xi)(xi)(xi)(xi)元年(nian)(nian)(nian)（1662年(nian)(nian)(nian)）鄭(zheng)(zheng)成(cheng)功病逝(shi)后(hou)不(bu)久(jiu)，清(qing)(qing)廷(ting)即(ji)派(pai)人前往廈(sha)門(men)招(zhao)(zhao)撫鄭(zheng)(zheng)經(jing)。其時，鄭(zheng)(zheng)經(jing)與(yu)(yu)其叔父鄭(zheng)(zheng)世襲火并(bing)正烈(lie)，鄭(zheng)(zheng)經(jing)害怕清(qing)(qing)廷(ting)“指日加(jia)兵(bing)，內外受困”，因(yin)(yin)此(ci)，陽奉陰違，虛與(yu)(yu)應付(fu)，以(yi)“茍延歲月(yue)(yue)”。第二(er)年(nian)(nian)(nian)，鄭(zheng)(zheng)經(jing)得勢(shi)，則提出(chu)“請如琉球、朝鮮例，不(bu)登岸，不(bu)剔發易衣冠”。清(qing)(qing)廷(ting)當然不(bu)會答(da)應，雙方仍成(cheng)對峙局(ju)面。當年(nian)(nian)(nian)十月(yue)(yue)，清(qing)(qing)軍分三(san)路攻廈(sha)門(men)等地(di)，清(qing)(qing)軍擊敗鄭(zheng)(zheng)軍，攻占(zhan)了廈(sha)門(men)。鄭(zheng)(zheng)經(jing)退守銅山。后(hou)鄭(zheng)(zheng)軍軍官眼看大(da)勢(shi)已(yi)去(qu)，紛(fen)紛(fen)率兵(bing)降清(qing)(qing)，致(zhi)使鄭(zheng)(zheng)軍在大(da)陸沿海據點紛(fen)紛(fen)失守。康(kang)熙(xi)(xi)(xi)(xi)三(san)年(nian)(nian)(nian)（1664年(nian)(nian)(nian)）清(qing)(qing)廷(ting)授福建提督水師(shi)(shi)總(zong)兵(bing)官施(shi)瑯(lang)(lang)為靖海將軍，令其統(tong)帥水師(shi)(shi)，前往征剿鄭(zheng)(zheng)經(jing)。施(shi)瑯(lang)(lang)率水師(shi)(shi)先(xian)后(hou)三(san)次(ci)渡海，均因(yin)(yin)臺(tai)風襲擊而未成(cheng)功。康(kang)熙(xi)(xi)(xi)(xi)六年(nian)(nian)(nian)（1667年(nian)(nian)(nian)），清(qing)(qing)廷(ting)又派(pai)福建招(zhao)(zhao)撫總(zong)兵(bing)官孔元章先(xian)后(hou)兩次(ci)渡海招(zhao)(zhao)撫鄭(zheng)(zheng)經(jing)，但(dan)(dan)鄭(zheng)(zheng)經(jing)仍頑固(gu)地(di)堅持(chi)所謂(wei)“朝鮮例”，招(zhao)(zhao)撫未成(cheng)。康(kang)熙(xi)(xi)(xi)(xi)七年(nian)(nian)(nian)（1668年(nian)(nian)(nian)）初令施(shi)瑯(lang)(lang)來京師(shi)(shi)，商討進(jin)兵(bing)臺(tai)灣的大(da)計。施(shi)瑯(lang)(lang)到京師(shi)(shi)后(hou)，詳陳(chen)武力統(tong)一臺(tai)灣的意(yi)見(jian)，但(dan)(dan)因(yin)(yin)當時天下初定，沿海地(di)區(qu)人心未穩，施(shi)瑯(lang)(lang)的意(yi)見(jian)未被采(cai)納。不(bu)過(guo)，康(kang)熙(xi)(xi)(xi)(xi)帝意(yi)識到武力統(tong)一臺(tai)灣只是時間問題，因(yin)(yin)此(ci)盡管(guan)未采(cai)納施(shi)瑯(lang)(lang)的意(yi)見(jian)，但(dan)(dan)命他為內大(da)臣，留在京師(shi)(shi)，以(yi)備應急之用。
三藩之亂結束后，清朝的(de)統治(zhi)更加穩固，收復臺灣(wan)事(shi)宜就被提上了日(ri)程(cheng)。康(kang)熙帝玄燁對收取臺灣(wan)的(de)事(shi)務十(shi)分熱心，康(kang)熙十(shi)六年(nian)(nian)(nian)（1677年(nian)(nian)(nian)），康(kang)熙帝恢(hui)復福(fu)(fu)建水(shui)(shui)師(shi)(shi)體制；康(kang)熙十(shi)八年(nian)(nian)(nian)（1679年(nian)(nian)(nian)），康(kang)熙帝任命湖南岳州水(shui)(shui)師(shi)(shi)總兵官萬正(zheng)色(se)為(wei)福(fu)(fu)建水(shui)(shui)師(shi)(shi)提督(du)。至是(shi)年(nian)(nian)(nian)年(nian)(nian)(nian)底(di)，福(fu)(fu)建水(shui)(shui)師(shi)(shi)有戰(zhan)船(chuan)240艘，官兵28580名(ming)。康(kang)熙十(shi)九年(nian)(nian)(nian)（1680年(nian)(nian)(nian)），鄭經(jing)和清朝的(de)戰(zhan)爭失利，放棄廈門(men)(men)、金門(men)(men)，退往(wang)臺灣(wan)。福(fu)(fu)建總督(du)姚啟(qi)圣打(da)算趁勢進攻(gong)臺灣(wan)，但遭福(fu)(fu)建水(shui)(shui)師(shi)(shi)提督(du)萬正(zheng)色(se)反對，加上一些大臣支持萬正(zheng)色(se)的(de)看法，康(kang)熙帝也顧慮在西南的(de)吳世璠未解決，決定暫(zan)緩進攻(gong)。
康(kang)熙(xi)(xi)二十年（1681年），鄭經中風而死，鄭氏臺(tai)(tai)灣內(nei)部(bu)發生政變，年僅12歲(sui)的鄭克(ke)塽繼任延平(ping)王，大(da)權(quan)實際上(shang)為(wei)(wei)馮錫范、劉國軒掌握，鄭氏官員向心力開始動(dong)搖，負責與清朝(chao)談(tan)和的傅為(wei)(wei)霖甚至愿當內(nei)應(ying)。姚(yao)(yao)啟(qi)圣(sheng)認為(wei)(wei)是進(jin)攻臺(tai)(tai)灣的好時機，但萬正色仍反對(dui)出(chu)兵。姚(yao)(yao)啟(qi)圣(sheng)知道施瑯仇(chou)視鄭氏王朝(chao)，必(bi)能幫助他擊敗鄭軍，便向康(kang)熙(xi)(xi)帝推薦施瑯。康(kang)熙(xi)(xi)帝也不(bu)滿萬正色反戰的態(tai)度，便同意施瑯擔任水師(shi)提督，萬正色調任陸師(shi)提督。
按照康熙(xi)帝規劃，應由姚(yao)啟圣(sheng)、萬正(zheng)色(se)、巡撫吳興(xing)祚(zuo)一起商討作戰，施瑯(lang)(lang)卻打算(suan)排除姚(yao)啟圣(sheng)等人(ren)的節制(zhi)，以便能全權進(jin)攻臺灣，不(bu)過康熙(xi)帝只同(tong)意吳興(xing)祚(zuo)負責(ze)后(hou)勤，仍然命(ming)令姚(yao)啟圣(sheng)和(he)施瑯(lang)(lang)共(gong)同(tong)出兵(bing)。
康(kang)熙二十一年五月(yue)初五（1682年6月(yue)10日(ri)），清軍抵達銅山島，姚(yao)啟圣和(he)施瑯(lang)(lang)卻(que)在爭(zheng)執(zhi)出兵時機(ji)，姚(yao)啟圣主(zhu)張利用冬天的(de)北風，施瑯(lang)(lang)主(zhu)張利用夏(xia)天的(de)南風，導致清軍無法順利出兵。最后康(kang)熙帝于十月(yue)初六(liu)（11月(yue)15日(ri)）裁定施瑯(lang)(lang)負責前線作(zuo)戰(zhan)，姚(yao)啟圣改任(ren)后勤(qin)作(zuo)業，才(cai)讓施瑯(lang)(lang)如愿取得(de)統帥權。十一月(yue)初三（12月(yue)1日(ri)）施瑯(lang)(lang)率領約21000人，軍艦238艘(sou)前往興化平海衛訓練軍隊。
姚啟圣(sheng)軍權(quan)旁(pang)落后，為(wei)避免施瑯獨得戰功，轉而(er)和鄭氏王朝談(tan)判(pan)。但是施瑯主戰意志堅決，且負責談(tan)判(pan)的劉國軒不接受(shou)剃發易服，談(tan)判(pan)因(yin)此破裂。康熙(xi)二十二年五月(yue)廿三(san)日（1683年6月(yue)17日）康熙(xi)帝下令施瑯盡速(su)進攻，因(yin)此爆發六月(yue)（陽歷(li)7月(yue)）的澎湖(hu)海戰。
康熙十八年（1679年）起(qi)，清(qing)朝實施遷(qian)界令，嚴重打擊鄭氏(shi)王(wang)(wang)朝的貿易，糧食補給(gei)也出現問(wen)題，鄭經(jing)下令每(mei)戶(hu)人(ren)家(jia)每(mei)個(ge)月必須多繳一斗米，將領也必須用自己的俸祿充(chong)軍，仍沒辦(ban)法(fa)解除危機。當時英國商館就如此看待鄭氏(shi)王(wang)(wang)朝：“臺灣王(wang)(wang)之(zhi)境況甚不安定，不易抵抗滿清(qing)人(ren)，滿清(qing)人(ren)常(chang)施恫(dong)赫，國王(wang)(wang)因其財富被消耗，故每(mei)日向人(ren)民(min)橫(heng)征暴斂(lian)，亦(yi)不能使軍隊滿意。是以我(wo)國不惟受敵(di)人(ren)（清(qing)軍）之(zhi)威脅，亦(yi)恐(kong)軍隊（鄭軍）因缺餉而叛變(bian)。”
康熙(xi)十九年（1680年），鄭經(jing)退守臺(tai)灣后，澎湖成(cheng)為前(qian)線要地(di)，防守卻(que)很薄(bo)弱。直到(dao)十月，施瑯抵(di)達(da)(da)廈門以(yi)及(ji)傅(fu)為霖為清軍(jun)內(nei)(nei)應事情(qing)爆發(fa)，劉(liu)國(guo)軒才(cai)前(qian)往澎湖強化守備(bei)。劉(liu)國(guo)軒抵(di)達(da)(da)澎湖后，在(zai)娘媽宮、風柜尾、四(si)角嶼、雞(ji)籠嶼筑城；東蒔(shi)、西(xi)蒔(shi)、內(nei)(nei)塹、外塹、西(xi)嶼頭、牛心山設置炮臺(tai)。同時在(zai)海邊(bian)建造矮墻并配置火銃，阻止清軍(jun)登陸。
康熙二十二年（1683年），劉國軒得知施瑯準備(bei)進攻，便(bian)從臺灣本島調度鄉兵到澎湖(hu)，并將商船以及私(si)人用船都改為軍艦（大(da)小炮船、鳥船、趕(gan)繒船、洋船、雙帆等各(ge)式戰(zhan)船約200艘(sou)），準備(bei)決戰(zhan)。
康(kang)熙(xi)二十(shi)二年六月十(shi)四(si)日（1683年7月8日），施(shi)瑯從銅山島出(chu)發，姚啟圣也撥(bo)3000人(ren)同施(shi)瑯出(chu)征（清軍24000人(ren)，大鳥船(chuan)70艘、趕繒船(chuan)103艘、雙帆居船(chuan)65艘）。十(shi)五日（9日）鄭軍哨船(chuan)發現清軍已(yi)到(dao)花嶼、貓嶼一帶，趕緊(jin)回報劉國軒，當晚(wan)清軍在八(ba)罩島過夜。
十六日（10日）施瑯進攻(gong)娘媽宮，以(yi)速度快的鳥船當(dang)作先鋒。劉國軒讓林升、江勝指(zhi)揮水軍；邱輝為先鋒，自己(ji)在娘媽宮港口督戰(zhan)。當(dang)時受風勢阻(zu)擾，清軍不敢前進，只有以(yi)藍(lan)理為首的7只艦隊(dui)突入鄭軍。
施(shi)(shi)瑯(lang)再派出(chu)第二波(bo)鳥船部(bu)隊，交(jiao)戰(zhan)(zhan)不久(jiu)后開始漲潮，一些清(qing)(qing)軍(jun)(jun)船只(zhi)被(bei)海水(shui)沖向岸邊，鄭軍(jun)(jun)趁勢將艦隊分成(cheng)兩翼包圍(wei)清(qing)(qing)軍(jun)(jun)。施(shi)(shi)瑯(lang)見狀趕(gan)緊突入鄭軍(jun)(jun)，想解救(jiu)被(bei)圍(wei)困的船只(zhi)，卻被(bei)林(lin)升率(lv)軍(jun)(jun)包圍(wei)。施(shi)(shi)瑯(lang)在交(jiao)戰(zhan)(zhan)中被(bei)火銃射傷右(you)眼，不過(guo)沒有失明；林(lin)升也(ye)被(bei)大炮打斷左腿。林(lin)升負傷讓鄭軍(jun)(jun)失去指揮，施(shi)(shi)瑯(lang)借機撤離戰(zhan)(zhan)場(chang)，到西嶼附(fu)近的海上(shang)休(xiu)息。
施(shi)瑯(lang)(lang)在十七日(ri)（11日(ri)）返回八罩(zhao)(zhao)島(dao)，八罩(zhao)(zhao)島(dao)地形險惡，船只遇暴風很容易撞上島(dao)邊的暗礁，農歷六月又(you)是容易發生臺風的時節，施(shi)瑯(lang)(lang)卻(que)很幸運沒碰到(dao)臺風。劉國軒得知(zhi)清軍在八罩(zhao)(zhao)島(dao)休息，親自進攻(gong)卻(que)被施(shi)瑯(lang)(lang)擊(ji)退。施(shi)瑯(lang)(lang)趁勢(shi)在十八日(ri)（12日(ri)）先派戰船攻(gong)取澎湖港(gang)外虎井嶼(yu)、桶盤(pan)嶼(yu)。
二(er)十(shi)二(er)日（16日）早七時，施(shi)瑯(lang)決定發動總攻(gong)擊，將艦隊分成三路(lu)進攻(gong)，剩下約80艘當后援部隊：
中路：共有56艘船，分成(cheng)8隊，每(mei)隊有7艘船。由施(shi)瑯親(qin)自指揮，作(zuo)為(wei)主力進(jin)攻娘媽宮。
右路：共有(you)50艘(sou)船，由(you)總兵陳蠎等從(cong)澎湖(hu)港口東側東蒔攻入(ru)雞籠嶼、四角嶼，后會合中央部隊夾攻鄭軍。
左(zuo)路(lu)：共有50艘船(chuan)，由(you)總(zong)兵董義等從澎(peng)湖港(gang)口西側(ce)內塹攻(gong)入(ru)牛心灣，讓鄭軍誤判清軍要在此地登陸。
天(tian)亮前，開始刮(gua)起臺(tai)風(feng)。辰(chen)時（7時—9時）受臺(tai)風(feng)影(ying)響(xiang)，海(hai)上吹(chui)起西北風(feng)，鄭(zheng)軍(jun)順著(zhu)風(feng)勢進攻(gong)，一時處于優勢，清(qing)將(jiang)朱天(tian)貴被炮擊而死。到了中午，臺(tai)風(feng)受到赤(chi)道鋒面(mian)帶(dai)的(de)影(ying)響(xiang)，海(hai)上開始吹(chui)南風(feng)，風(feng)向轉變成(cheng)對清(qing)軍(jun)有利(li)。施瑯(lang)命(ming)令全軍(jun)反攻(gong)，順著(zhu)風(feng)勢發射各種(zhong)火(huo)器，并且以數船圍攻(gong)鄭(zheng)軍(jun)一船，鄭(zheng)軍(jun)全面(mian)崩潰，江勝戰死、邱輝(hui)自焚。共(gong)斃傷(shang)鄭(zheng)軍(jun)12000人，俘5000余(yu)人。擊毀、繳獲戰船190余(yu)艘。劉國軒眼(yan)見大勢已(yi)去，率領(ling)殘余(yu)部隊從(cong)北面(mian)吼(hou)門退(tui)往臺(tai)灣，澎湖(hu)各島鄭(zheng)軍(jun)都向施瑯(lang)投(tou)降。清(qing)軍(jun)陣亡329人，傷(shang)1800余(yu)人，船只無(wu)一損失。
施瑯(lang)戰(zhan)勝后，考慮臺(tai)灣水道非常險(xian)惡，進軍困難。施瑯(lang)決定暫緩(huan)進攻，采(cai)取攻心(xin)戰(zhan)術，讓鄭(zheng)氏(shi)王朝(chao)從內部崩潰。施瑯(lang)在澎湖禁止殺(sha)戮，張榜安民；發布《安撫輸誠示》。派(pai)(pai)原劉國軒副將(jiang)曾(ceng)蜚赴臺(tai)。派(pai)(pai)人醫治受傷戰(zhan)俘(fu)，并配給他們衣服、糧(liang)食，再將(jiang)士兵送回臺(tai)灣。還拉攏鄭(zheng)軍將(jiang)領為內應(ying)，防(fang)守淡水的何佑首先私通施瑯(lang)，其他將(jiang)領也跟進。
鄭軍(jun)戰(zhan)敗消(xiao)息(xi)傳到臺灣，人心開始不安。為了延續(xu)政權的生存，有將領提出(chu)進攻菲律賓，得到馮錫范同意。卻(que)傳出(chu)遠征軍(jun)只(zhi)想搶(qiang)劫，還打(da)算逃(tao)往海外，因此劉(liu)國軒阻止此計劃。七月十(shi)三日(ri)（9月3日(ri)），施(shi)瑯率軍(jun)在臺灣登陸。后來在劉(liu)國軒大力主張(zhang)下，鄭克塽于(yu)七月十(shi)五日(ri)（9月5日(ri)）向施(shi)瑯投降(jiang)，并于(yu)八月十(shi)八日(ri)（10月8日(ri)）剃發易(yi)服，鄭氏王朝正式滅亡(wang)。
鄭克塽投降后(hou)，清廷為了是(shi)否把臺灣(wan)并(bing)入版(ban)圖產生爭論，不(bu)少大(da)臣認為臺灣(wan)孤(gu)懸(xuan)海上(shang)，治理以及防守(shou)花費不(bu)小，主張棄(qi)守(shou)。最后(hou)施瑯以臺灣(wan)戰略地位重要，說(shuo)服清廷將臺灣(wan)并(bing)入版(ban)圖。
施(shi)瑯(lang)軍(jun)(jun)(jun)(jun)隊到(dao)達臺(tai)灣(wan)(wan)后，鄭(zheng)氏無(wu)力(li)抵抗清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)，只(zhi)得投(tou)降，結束在臺(tai)灣(wan)(wan)歷經22年(nian)的(de)統治(zhi)(zhi)，臺(tai)灣(wan)(wan)也因(yin)此成為(wei)清(qing)(qing)朝的(de)領(ling)土。康熙二十(shi)二年(nian)（1683年(nian)）六(liu)月十(shi)四日(ri)，施(shi)瑯(lang)率(lv)領(ling)戰船(chuan)300余艘(sou)，水師2萬余人，仍自銅山出(chu)洋，第二天(tian)上午，戰船(chuan)即(ji)陸續(xu)到(dao)達澎湖海外。十(shi)六(liu)日(ri)曾發生小(xiao)規模海戰，雙(shuang)方(fang)各有損傷。二十(shi)二日(ri)清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)分三(san)路(lu)出(chu)擊(ji)(ji)，與(yu)鄭(zheng)軍(jun)(jun)(jun)(jun)決戰，施(shi)瑯(lang)親率(lv)主(zhu)力(li)擔(dan)任中(zhong)路(lu)主(zhu)攻。清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)利用“風利舟快(kuai)，瞬(shun)息飛駛，居上風上流之勢(shi)(shi)，壓攻擠(ji)擊(ji)(ji)”，一鼓(gu)作氣，經過七八(ba)個(ge)小(xiao)時激(ji)戰，大敗(bai)鄭(zheng)軍(jun)(jun)(jun)(jun)。劉國(guo)軒率(lv)所剩幾只(zhi)小(xiao)舟逃回臺(tai)灣(wan)(wan)。澎湖為(wei)臺(tai)灣(wan)(wan)門戶(hu)，一旦失(shi)(shi)守，臺(tai)灣(wan)(wan)即(ji)失(shi)(shi)去(qu)了屏障(zhang)。由于鄭(zheng)氏集團(tuan)政治(zhi)(zhi)腐敗(bai)，所以清(qing)(qing)廷統一臺(tai)灣(wan)(wan)得到(dao)臺(tai)灣(wan)(wan)各族(zu)人民的(de)支持和擁護，清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)至(zhi)臺(tai)灣(wan)(wan)時“百(bai)姓壺漿相繼于路(lu)，海兵皆預制清(qing)(qing)朝旗(qi)號以迎王師”。施(shi)瑯(lang)派(pai)員(yuan)到(dao)臺(tai)灣(wan)(wan)勸降，聯絡劉國(guo)軒。劉國(guo)軒見大勢(shi)(shi)已去(qu)，于是派(pai)兵監(jian)視鄭(zheng)氏統治(zhi)(zhi)集團(tuan)，鄭(zheng)克塽、馮(feng)錫范只(zhi)得上表求降。八(ba)月，清(qing)(qing)軍(jun)(jun)(jun)(jun)勝利進駐臺(tai)灣(wan)(wan)。
交戰(zhan)雙(shuang)方的兵力(li)大體相當，鄭軍(jun)(jun)經(jing)營澎(peng)湖多(duo)年，設防據(ju)守，以逸待(dai)勞；清(qing)軍(jun)(jun)渡(du)海作戰(zhan)，遠來疲憊。鄭軍(jun)(jun)處(chu)于有利態勢，而結果卻一(yi)(yi)敗(bai)涂地，全(quan)軍(jun)(jun)覆沒。除政治(zhi)腐(fu)敗(bai)，士氣不(bu)高以外，指揮(hui)上的失著應(ying)是一(yi)(yi)個重要原因(yin)。
首(shou)先(xian)是防御部署上的(de)(de)錯誤。鄭軍(jun)只(zhi)注意(yi)防守八罩水(shui)道以北(bei)的(de)(de)北(bei)大(da)山(shan)、西嶼、北(bei)山(shan)等(deng)大(da)島(dao)，而忽視了在八罩水(shui)道以南(nan)的(de)(de)八罩、虎(hu)井、桶盤、花嶼、貓(mao)嶼等(deng)諸小嶼設防，這就使南(nan)來的(de)(de)清(qing)軍(jun)水(shui)師得以乘虛入據，成了清(qing)軍(jun)駐泊、休整和出擊的(de)(de)前進(jin)基地(di)。
其(qi)次是消極防御，貽誤戰機。當清軍(jun)(jun)水師經過30多小時的航行，抵近澎(peng)湖時，鄭軍(jun)(jun)宣毅左鎮邱(qiu)輝(hui)對(dui)劉國(guo)軒(xuan)說(shuo)：“乘(cheng)彼(bi)船(chuan)初(chu)到，安澳未(wei)(wei)定(ding)，兵(bing)心(xin)尚搖，輝(hui)愿領煩船(chuan)十只(zhi)，同左虎衛(wei)江勝(sheng)貫陣卻之。”建(jian)(jian)威(wei)中鎮黃良(liang)驥也(ye)說(shuo)：“先發(fa)制(zhi)人，半渡(du)而(er)擊(ji)，正(zheng)合兵(bing)法。”劉國(guo)軒(xuan)卻說(shuo)：“炮臺(tai)處(chu)處(chu)謹守，彼(bi)何(he)處(chu)灣泊(bo)？當此(ci)六(liu)月時候，一旦(dan)風(feng)(feng)起，則(ze)彼(bi)何(he)所容身？此(ci)乃以逸待勞，不戰可收全功(gong)也(ye)。”遂按(an)兵(bing)不動，使清軍(jun)(jun)水師得以順利到達澎(peng)湖，環泊(bo)花(hua)、貓二嶼。邱(qiu)輝(hui)又建(jian)(jian)議：“乘(cheng)夜潮落，沖舟宗擊(ji)之”，又遭拒絕。十六(liu)日，清軍(jun)(jun)出戰不利，千帥受傷。邱(qiu)輝(hui)建(jian)(jian)議乘(cheng)勝(sheng)夜襲，劉國(guo)軒(xuan)仍以等待颶風(feng)(feng)使彼(bi)自覆為由未(wei)(wei)予采納(na)。邱(qiu)輝(hui)說(shuo)：“兵(bing)法有(you)云：半渡(du)可擊(ji)，立營未(wei)(wei)定(ding)可擊(ji)，乘(cheng)虛可擊(ji)；今敵患(huan)三(san)者(zhe)，而(er)不乘(cheng)其(qi)勢(shi)，若早(zao)晚無風(feng)(feng)，合萬人為一心(xin)而(er)死戰，將奈何(he)？”劉國(guo)軒(xuan)不聽(ting)部屬的合理建(jian)(jian)議，三(san)次放(fang)棄(qi)殲敵的有(you)利戰機，把取(qu)勝(sheng)的希望完(wan)全寄托在可期而(er)不可必的風(feng)(feng)暴上，結果是風(feng)(feng)未(wei)(wei)至而(er)兵(bing)已敗。
第三是(shi)冒險決(jue)戰(zhan)，全(quan)軍(jun)(jun)覆沒。戰(zhan)史上因主帥胸無(wu)全(quan)局(ju)，遷就眼前(qian)事(shi)(shi)變(bian)，由消極防(fang)(fang)御變(bian)為冒險決(jue)戰(zhan)的事(shi)(shi)例(li)時有(you)(you)發生。鄭軍(jun)(jun)的作戰(zhan)方針本來是(shi)以(yi)澎(peng)湖為重點設防(fang)(fang)固守，劉國軒本人也不(bu)(bu)愿主動出擊(ji)，而是(shi)指望海上風暴會使(shi)清軍(jun)(jun)不(bu)(bu)戰(zhan)而敗。既然如此，就應該充分利用防(fang)(fang)御工(gong)事(shi)(shi)，保存有(you)(you)生力量，避免(mian)與清軍(jun)(jun)決(jue)戰(zhan)。劉國軒見不(bu)(bu)及此，當施瑯(lang)發起總攻時，亦率全(quan)部海上兵力迎(ying)戰(zhan)，終(zhong)于全(quan)軍(jun)(jun)覆沒。
在(zai)澎(peng)湖(hu)海(hai)戰(zhan)(zhan)中(zhong)，清軍(jun)之(zhi)所以取勝，除戰(zhan)(zhan)船裝(zhuang)備精良，將士(shi)作(zuo)戰(zhan)(zhan)勇敢之(zhi)外，也是(shi)與作(zuo)戰(zhan)(zhan)指揮的正確分不開的。清軍(jun)水(shui)師統帥施瑯“治軍(jun)嚴(yan)整(zheng)，通陣法(fa)，尤(you)善水(shui)戰(zhan)(zhan)，諳(an)海(hai)中(zhong)風(feng)候”，因此在(zai)指揮上有(you)許多獨到之(zhi)處。在(zai)渡海(hai)時間上，他一反在(zai)東北(bei)風(feng)季(ji)節渡海(hai)的傳統，選在(zai)西南風(feng)始(shi)發的六月中(zhong)旬。有(you)人(ren)間這是(shi)什么原故，施瑯說：“北(bei)風(feng)日夜猛，今攻澎(peng)湖(hu)，未能一戰(zhan)(zhan)克，風(feng)起(qi)舟散，將何以戰(zhan)(zhan)？夏至前后二十余日，風(feng)微(wei)，夜尤(you)靜，可聚泊大洋，觀釁而功(gong)，不過七日，舉(ju)之(zhi)必矣。”
這(zhe)(zhe)種(zhong)選(xuan)(xuan)擇(ze)曾經(jing)遭(zao)到(dao)姚啟圣等人的(de)(de)(de)強烈反(fan)(fan)對(dui)，但施(shi)瑯(lang)始終不為(wei)所動。實戰(zhan)證明(ming)，這(zhe)(zhe)一(yi)(yi)選(xuan)(xuan)擇(ze)是正(zheng)確的(de)(de)(de)，它保障了清(qing)軍(jun)水(shui)師在發起總(zong)攻(gong)前的(de)(de)(de)安全錨泊。在渡海(hai)航(hang)路上，以(yi)(yi)往從(cong)大陸(lu)到(dao)臺灣，都從(cong)金、廈出(chu)航(hang)，而(er)施(shi)瑯(lang)又(you)一(yi)(yi)反(fan)(fan)慣(guan)例(li)，把出(chu)航(hang)點選(xuan)(xuan)在靠(kao)南的(de)(de)(de)銅山島。因(yin)為(wei)水(shui)師從(cong)銅山出(chu)航(hang)后(hou)可(ke)利用西(xi)南風，直(zhi)取澎湖(hu)以(yi)(yi)南鄭軍(jun)未設防的(de)(de)(de)諸(zhu)島嶼(yu)，以(yi)(yi)作為(wei)前進基地，然后(hou)向北轉入澎湖(hu)海(hai)域(yu)，這(zhe)(zhe)樣便始終處于順(shun)(shun)風順(shun)(shun)流的(de)(de)(de)有利陣位。實戰(zhan)證明(ming)，這(zhe)(zhe)種(zhong)選(xuan)(xuan)擇(ze)是正(zheng)確的(de)(de)(de)，取得了預期的(de)(de)(de)效果。在戰(zhan)術(shu)上，集(ji)中兵力，速戰(zhan)速決。澎湖(hu)海(hai)域(yu)六月(yue)多風，深(shen)諳海(hai)情的(de)(de)(de)施(shi)瑯(lang)是知道(dao)的(de)(de)(de)，在初戰(zhan)小挫之后(hou)，便立即抓緊再戰(zhan)準備，并不失(shi)時機(ji)地發起總(zong)攻(gong)。施(shi)瑯(lang)除分兵二路，從(cong)東(dong)、西(xi)兩個方向進行佯動和箝制以(yi)(yi)外，在主攻(gong)方向上集(ji)中了56艘(sou)主力戰(zhan)船(chuan)，并以(yi)(yi)五船(chuan)合攻(gong)一(yi)(yi)船(chuan)，逐次殲滅了鄭軍(jun)主力，而(er)清(qing)軍(jun)水(shui)師卻無一(yi)(yi)船(chuan)損(sun)失(shi)。一(yi)(yi)場(chang)大規模海(hai)戰(zhan)，損(sun)傷如此懸殊，這(zhe)(zhe)在海(hai)戰(zhan)史(shi)上也屬鮮見(jian)。
清朝(chao)統一臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)后，施瑯懇切陳辭，闡述(shu)利害(hai)，得到大學士李蔚、工(gong)部侍郎蘇拜、都察院左御史(shi)趙麟等人的贊同和支持(chi)，于(yu)是康(kang)熙帝始決定堅守臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)，在臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)設臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)府，下轄臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)、諸(zhu)羅、鳳山三縣(xian)，隸(li)屬福建省。臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)、廈門(men)合派一道官管轄。并(bing)派兵(bing)8000人駐防，設總(zong)兵(bing)一員，副(fu)將(jiang)(jiang)二員，澎湖亦派副(fu)將(jiang)(jiang)一員統兵(bing)2000人駐防。這樣，臺(tai)(tai)(tai)灣(wan)(wan)重新統一于(yu)清王(wang)朝(chao)中(zhong)央(yang)政府的管轄。
施瑯：夫(fu)炎(yan)徼僻壤，職方不載；天威遐播，遂入版圖。推恩陶俗，銷兵氣以光(guang)文治，端有(you)望于(yu)官斯土者。
楊文魁：從茲不(bu)特各省沿(yan)邊獲享(xiang)敉寧，而(er)化外來依赤(chi)子，快睹帡幪；土著蚩(chi)番(fan)，漸濡聲教。誠盛(sheng)化無遠不(bu)屆，廓(kuo)千古未有(you)之弘模、啟千古未辟之遐陬(zou)也。
劉良璧：大(da)業疏天派(pai)，膚功列上班。龍旗(qi)開(kai)敵(di)壘，虎竹賁仙關。浪靜平甌越，烽晴靖海蠻(man)。朱(zhu)甍輝玉(yu)鑰，碧甃(zhou)燦金(jin)環。謨烈青編著(zhu)，賢良紫誥頒。勛(xun)名(ming)縈(ying)兩浙，世(shi)澤衍三山。頌溢(yi)鰲峰上，謳興鹿島間。東南槎(cha)萬里，長此奉王顏。
高拱干：臺以海(hai)外地(di)，明(ming)季通商(shang)，始有漢人(ren)。迨鄭氏(shi)遁踞，舊家世族或從(cong)而東，生(sheng)聚有年(nian)，而弦誦猶未廣(guang)也。越至于今，輸誠納土，島(dao)民得睹天日；分設郡縣(xian)，招徠(lai)愈眾。十余(yu)年(nian)間，聲教大通，人(ren)文骎骎蔚(yu)起；即深山邃谷文身黑齒之番(fan)，皆知向風慕學。有識之士，咸謂治以道(dao)隆、道(dao)隨治廣(guang)；從(cong)此(ci)海(hai)波不揚，內外如鄒魯矣(yi)。
吳昌祚：維郡伯倡牧令(ling)，以靖地寧人(ren)，厥任綦重(zhong)；而(er)(er)臺(tai)灣獨加難，孤懸海東，番黎雜(za)處，縱長幾三千里，實為閩、粵、江(jiang)、浙之(zhi)籬(li)垣(yuan)，非果卓循(xun)，豈易理此！辛丑夏(xia)，高(gao)君(jun)天木，特奉簡調而(er)(er)來。當其時(shi)匪(fei)變(bian)初(chu)平，大(da)(da)師云集，糗糧(liang)蒭茭立待騰飽，君(jun)乃咄嗟(jie)辦之(zhi)。捕黨(dang)孽、寬脅從，全臺(tai)底定，襄(xiang)力居多。已而(er)(er)秋颶為災，酷逾兵燹(xian)；請(qing)蠲、議賑，心曲殫焉。由是集哀鴻、銷偑犢，務簡靜以息耕，廣教(jiao)化(hua)以培士(shi)。比及(ji)三載，民用大(da)(da)和；則君(jun)之(zhi)大(da)(da)有造于(yu)斯(si)臺(tai)，而(er)(er)膏澤良已深矣。
夏之(zhi)芳：臺(tai)灣僻處海(hai)隅，自入版圖歷今，垂五十載(zai)。舊制：郡(jun)邑守(shou)令外，以觀察使(shi)領之(zhi)。康熙六(liu)十年，始以臺(tai)臣出司巡視(shi)，滿、漢各一員，歲一更(geng)替；蓋重海(hai)疆(jiang)也。我皇上御極以來，文德覃敷、聲教暨訖，休風(feng)雅化(hua)，已(yi)遍遐陬；猶于臨(lin)軒遣(qian)策，如意遴選(xuan)，再(zai)三訓誡(jie)，俾奉命(ming)諸臣得所遵循，以為(wei)觀風(feng)訓俗之(zhi)軌(gui)，則圣(sheng)明洵周且至矣。
張湄：臺灣者，萬川環(huan)流、一島中屹(yi)，與世殊(shu)絕；六(liu)十年來，沐浴圣教，暗沕躍乎(hu)光明。海邦人士，璘璘然、紛紛然質有其文矣。
白壽彝：清(qing)朝統(tong)一(yi)(yi)臺(tai)灣，使(shi)臺(tai)灣重新回到祖國統(tong)一(yi)(yi)的(de)多民族大家(jia)庭中(zhong)，這(zhe)不僅(jin)對(dui)國家(jia)統(tong)一(yi)(yi)具有重要(yao)(yao)意義，對(dui)臺(tai)灣的(de)經(jing)(jing)濟、文化(hua)的(de)進一(yi)(yi)步發展也(ye)具有重要(yao)(yao)意義。后(hou)來事實證明，臺(tai)灣經(jing)(jing)濟、文化(hua)的(de)進一(yi)(yi)步振(zhen)興，正是在臺(tai)灣重新統(tong)一(yi)(yi)于清(qing)朝中(zhong)央(yang)政權管轄之后(hou)。
丁紹儀：至是臺(tai)灣(wan)蕩平，民再(zai)康(kang)矣。臺(tai)灣(wan)滅而天下無事，詔息(xi)天下兵。
依據《天(tian)妃顯圣錄(lu)》記載：施(shi)瑯進攻澎湖(hu)時(shi)，抵達八罩(zhao)島，島上(shang)缺乏淡(dan)水。清(qing)軍(jun)挖開退潮后的沙地，發現有淡(dan)水可供飲用。媽祖還告訴清(qing)軍(jun)“二(er)十一(yi)日必(bi)得澎湖(hu)，七月可得臺灣(wan)。”和(he)鄭軍(jun)決(jue)戰的日期(qi)，清(qing)軍(jun)將(jiang)士還看(kan)到媽祖現身。施(shi)瑯認為是媽祖庇佑清(qing)軍(jun)戰勝(sheng)，因此于康熙(xi)二(er)十三年(nian)（1684年(nian)），康熙(xi)帝加封媽祖為護國(guo)庇民妙(miao)靈昭應仁慈(ci)天(tian)后。
