鹿(lu)目圓原本(ben)是(shi)一名(ming)普通的(de)(de)(de)初中(zhong)學生，過著平(ping)(ping)凡的(de)(de)(de)日(ri)子，在仿佛完美(mei)超人的(de)(de)(de)母親的(de)(de)(de)反(fan)襯(chen)下，圓認為(wei)(wei)自己什(shen)(shen)么(me)(me)優點也沒有(you)而(er)感(gan)到(dao)極度(du)自卑。因為(wei)(wei)擁有(you)破天(tian)荒強大的(de)(de)(de)魔(mo)法少女(nv)(nv)資(zi)質而(er)被丘(qiu)比選中(zhong)，在陷入一連串的(de)(de)(de)事件后，丘(qiu)比不斷(duan)引誘其簽下契(qi)約。在見到(dao)身為(wei)(wei)魔(mo)法少女(nv)(nv)的(de)(de)(de)巴(ba)麻美(mei)為(wei)(wei)了(le)城(cheng)市(shi)的(de)(de)(de)居民而(er)消滅魔(mo)女(nv)(nv)的(de)(de)(de)英姿后，圓開始渴望成為(wei)(wei)魔(mo)法少女(nv)(nv)后能夠改變平(ping)(ping)庸的(de)(de)(de)自己，但一直猶豫于應該許下什(shen)(shen)么(me)(me)愿望。
鹿目圓(yuan)和美樹(shu)沙耶香跟(gen)著巴麻(ma)美前去討伐魔女時(shi)，再(zai)次受(shou)到麻(ma)美的(de)邀(yao)請。她想(xiang)要(yao)圓(yuan)成為自己的(de)伙伴，讓(rang)自己不再(zai)孤獨。受(shou)到前輩的(de)鼓舞(wu)，渴望改變自己的(de)圓(yuan)越來越期(qi)待成為魔法少女。
但是(shi)隨后(hou)麻美遭到(dao)魔(mo)女殘忍殺害，巨(ju)大的(de)(de)打擊(ji)下(xia)，她很(hen)快失去(qu)了(le)訂(ding)下(xia)契約(yue)的(de)(de)勇氣(qi)。同樣為(wei)(wei)魔(mo)法少女的(de)(de)黑(hei)發轉學生曉美焰也(ye)對圓直(zhi)言，一(yi)再警告她不要簽(qian)訂(ding)契約(yue)，否則會(hui)失去(qu)一(yi)切。此后(hou)，無(wu)論丘比如何(he)誘惑圓跟其(qi)簽(qian)約(yue)，每當想起(qi)巴麻美的(de)(de)慘死以(yi)及曉美焰的(de)(de)警告，她都沒(mei)有(you)答應簽(qian)訂(ding)契約(yue)。雖然她沒(mei)有(you)魔(mo)法少女的(de)(de)力量而是(shi)作為(wei)(wei)「旁(pang)觀者(zhe)」的(de)(de)角(jiao)色，但也(ye)絕對不會(hui)放任自(zi)己(ji)的(de)(de)朋友于危險境地而無(wu)動于衷。圓時常會(hui)以(yi)「當事(shi)人」的(de)(de)立場(chang)努(nu)力幫助成(cheng)為(wei)(wei)魔(mo)法少女的(de)(de)沙(sha)耶香(xiang)，但有(you)時候也(ye)會(hui)因(yin)此將自(zi)己(ji)置(zhi)身于危險之中。
當她(ta)們得(de)知(zhi)成為(wei)魔法少女(nv)后就意味著付出了(le)靈魂的(de)代(dai)價，生(sheng)命不再屬于自己(ji)而是(shi)取決于靈魂寶石的(de)狀(zhuang)態，沙耶(ye)(ye)(ye)香(xiang)崩(beng)潰了(le)。渴望幫助(zhu)沙耶(ye)(ye)(ye)香(xiang)的(de)圓屢(lv)次想要和丘(qiu)比簽訂契約，均被曉美焰(yan)強行阻止。在(zai)這一來一往的(de)過程中(zhong)，鹿目(mu)圓悲痛地目(mu)睹了(le)沙耶(ye)(ye)(ye)香(xiang)和佐(zuo)倉杏子(zi)的(de)死(si)去，也從丘(qiu)比那里得(de)知(zhi)了(le)人類作為(wei)魔法少女(nv)與丘(qiu)比一同走過的(de)歷史。
以曉美(mei)(mei)(mei)焰視角(jiao)展開(kai)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)最初(chu)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)時間(jian)線(xian)(xian)，鹿(lu)目圓(yuan)一(yi)開(kai)始就成為(wei)了魔(mo)(mo)法(fa)少(shao)女(nv)，她的(de)(de)(de)(de)(de)(de)性(xing)格也變得開(kai)朗、勇敢、自信，是最初(chu)懦(nuo)弱膽(dan)小的(de)(de)(de)(de)(de)(de)曉美(mei)(mei)(mei)焰最依(yi)賴的(de)(de)(de)(de)(de)(de)人。然(ran)而，最終圓(yuan)和(he)麻美(mei)(mei)(mei)遠遠不(bu)敵強大(da)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)魔(mo)(mo)女(nv)之夜。麻美(mei)(mei)(mei)死(si)后，曉美(mei)(mei)(mei)焰希望(wang)和(he)圓(yuan)一(yi)起逃走，離開(kai)這個恐怖的(de)(de)(de)(de)(de)(de)地方(fang)。但對(dui)圓(yuan)來(lai)說，作為(wei)魔(mo)(mo)法(fa)少(shao)女(nv)代表了「正(zheng)義」，比(bi)起碌碌無為(wei)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)人生、平庸(yong)無用的(de)(de)(de)(de)(de)(de)以前的(de)(de)(de)(de)(de)(de)自己，為(wei)了保護(hu)眾人的(de)(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)線(xian)(xian)希望(wang)而戰死(si)是榮耀的(de)(de)(de)(de)(de)(de)、絕不(bu)會后悔的(de)(de)(de)(de)(de)(de)。圓(yuan)戰死(si)后，焰許(xu)下(xia)拯救圓(yuan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)愿望(wang)而成為(wei)了魔(mo)(mo)法(fa)少(shao)女(nv)，獲(huo)得了在某個特定時間(jian)段內控(kong)制時間(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)能力(li)。
第二周目(mu)(mu)的(de)(de)輪回(hui)中(zhong)，圓(yuan)、焰、麻(ma)美組成(cheng)(cheng)(cheng)三人小(xiao)隊，但(dan)最終仍然不敵魔(mo)女(nv)之夜(ye)，圓(yuan)戰死后靈魂寶石突然破裂，變身成(cheng)(cheng)(cheng)為(wei)了最強大的(de)(de)「救濟魔(mo)女(nv)」。第三周目(mu)(mu)的(de)(de)輪回(hui)中(zhong)，沙耶香(xiang)和杏(xing)子也(ye)成(cheng)(cheng)(cheng)為(wei)了魔(mo)法少(shao)女(nv)，眾人組成(cheng)(cheng)(cheng)五人小(xiao)隊和魔(mo)女(nv)展開(kai)戰斗。沙耶香(xiang)絕(jue)望(wang)而魔(mo)女(nv)化后，內心脆弱(ruo)的(de)(de)巴麻(ma)美精神崩潰，主動(dong)攻擊殺死了杏(xing)子，在要殺死曉美焰之前，鹿目(mu)(mu)圓(yuan)搶先擊殺了巴麻(ma)美，而后崩潰大哭。對圓(yuan)而言，魔(mo)法少(shao)女(nv)代表著(zhu)「正義(yi)」，但(dan)魔(mo)法少(shao)女(nv)們卻紛紛絕(jue)望(wang)得自相殘殺，這(zhe)令圓(yuan)對魔(mo)法少(shao)女(nv)的(de)(de)悲哀(ai)命(ming)運感到了由衷的(de)(de)痛(tong)恨。
后來圓(yuan)和焰(yan)(yan)兩人(ren)共同面對魔(mo)(mo)女(nv)之(zhi)夜(ye)，沒有任何(he)意外的(de)雙雙倒地，近乎死亡。焰(yan)(yan)已放(fang)棄希望(wang)，她只等(deng)待(dai)和圓(yuan)一起(qi)成為魔(mo)(mo)女(nv)并(bing)肆虐(nve)這個世(shi)界(jie)。但圓(yuan)仍然(ran)沒有放(fang)棄，她用僅存的(de)悲(bei)嘆之(zhi)種凈化(hua)了焰(yan)(yan)的(de)靈(ling)魂寶石，對焰(yan)(yan)哭著(zhu)說出「你能去救救那個還沒被丘比欺騙(pian)的(de)笨蛋的(de)我(wo)嗎」，并(bing)請求曉美焰(yan)(yan)殺死自己而(er)避免(mian)魔(mo)(mo)女(nv)化(hua)。直到最后一刻，圓(yuan)仍然(ran)在尋(xun)找著(zhu)一絲勝利的(de)希望(wang)，并(bing)將之(zhi)寄托于可(ke)以時空旅行的(de)焰(yan)(yan)的(de)身上。
因(yin)(yin)親手殺死圓(yuan)(yuan)而悲痛欲絕(jue)的(de)(de)(de)焰多次（接近100次）前往平行世界中(zhong)，雖(sui)然因(yin)(yin)為(wei)多次的(de)(de)(de)輪回而使(shi)(shi)得(de)圓(yuan)(yuan)和焰之間有(you)(you)著千(qian)絲萬縷的(de)(de)(de)因(yin)(yin)緣，但(dan)鹿目(mu)圓(yuan)(yuan)本身(shen)對此(ci)沒有(you)(you)絲毫(hao)的(de)(de)(de)記憶，只在(zai)夢(meng)中(zhong)見過某幾(ji)次輪回的(de)(de)(de)片段。由(you)于魔(mo)法少女的(de)(de)(de)魔(mo)力(li)資質(zhi)是(shi)由(you)其牽涉的(de)(de)(de)因(yin)(yin)果(guo)所決定，這使(shi)(shi)得(de)因(yin)(yin)為(wei)曉美(mei)焰不(bu)斷進行時(shi)空(kong)旅(lv)(lv)行，而牽涉大(da)量(liang)因(yin)(yin)果(guo)的(de)(de)(de)圓(yuan)(yuan)在(zai)魔(mo)力(li)資質(zhi)上(shang)(shang)越來(lai)越突出。這其中(zhong)一部(bu)分原因(yin)(yin)在(zai)于焰「進行時(shi)空(kong)旅(lv)(lv)行以拯救圓(yuan)(yuan)」的(de)(de)(de)行動(dong)，使(shi)(shi)得(de)在(zai)其出院(yuan)后一個月內(nei)所有(you)(you)因(yin)(yin)果(guo)都集中(zhong)在(zai)圓(yuan)(yuan)身(shen)上(shang)(shang)，最后反而演(yan)變(bian)成為(wei)「這個事件是(shi)因(yin)(yin)為(wei)圓(yuan)(yuan)而存在(zai)」的(de)(de)(de)因(yin)(yin)果(guo)關(guan)系。強裝冷漠的(de)(de)(de)曉美(mei)焰終(zhong)于隱藏不(bu)住內(nei)心的(de)(de)(de)感情，抱著圓(yuan)(yuan)痛哭(ku)起來(lai)。
據丘比所言，圓(yuan)是(shi)不合理且最強的(de)存(cun)在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)，在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)訂(ding)下(xia)契(qi)約之(zhi)后(hou)(hou)無論許下(xia)什么愿望都能夠實現。但被丘比刻意(yi)隱(yin)瞞不提的(de)是(shi)，在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)墮落成(cheng)魔(mo)(mo)女(nv)后(hou)(hou)也會因這(zhe)股(gu)力量成(cheng)為毀滅世(shi)界的(de)存(cun)在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)。在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)焰最初(chu)的(de)某次輪(lun)回中，盡管圓(yuan)在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)成(cheng)為魔(mo)(mo)法(fa)少(shao)(shao)女(nv)后(hou)(hou)能強大(da)到(dao)(dao)一擊消(xiao)滅魔(mo)(mo)女(nv)之(zhi)夜(ye)，但是(shi)在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)墮落成(cheng)為「救(jiu)濟魔(mo)(mo)女(nv)」后(hou)(hou)僅需10天就(jiu)可以毀滅整個地球，這(zhe)股(gu)毀滅性力量會隨著輪(lun)回次數(shu)疊(die)加而成(cheng)倍增長(chang)。得知魔(mo)(mo)法(fa)少(shao)(shao)女(nv)真相后(hou)(hou)的(de)圓(yuan)，一方(fang)面(mian)了(le)解到(dao)(dao)焰在(zai)(zai)(zai)(zai)(zai)過去曾(ceng)無數(shu)次地試圖拯救(jiu)她，另一方(fang)面(mian)看到(dao)(dao)了(le)歷史上許多魔(mo)(mo)法(fa)少(shao)(shao)女(nv)的(de)痛苦經歷，終于找(zhao)到(dao)(dao)了(le)自己真正的(de)愿望。
曉美焰準備充裕后與魔(mo)女(nv)之夜(ye)做出殊死一(yi)搏，卻(que)仍然遠(yuan)遠(yuan)不敵。絕望(wang)的(de)焰為了不再增加圓(yuan)身(shen)(shen)上的(de)因果而(er)即將放棄時，圓(yuan)和(he)丘比出現在她面前(qian)。抱持著(zhu)「懷抱希望(wang)本身(shen)(shen)絕不會(hui)是個錯誤」的(de)想法，圓(yuan)向錯愕的(de)丘比許(xu)下了「所(suo)有的(de)宇宙、過去和(he)未來、所(suo)有的(de)魔(mo)女(nv)，在誕生前(qian)由我親手消滅」的(de)偉大愿望(wang)，這改變了魔(mo)法少女(nv)必定變成魔(mo)女(nv)的(de)絕望(wang)命運(yun)。
盡管(guan)一度變身成(cheng)為(wei)(wei)魔(mo)法(fa)(fa)少(shao)(shao)女的(de)(de)樣貌，一擊消(xiao)滅了(le)魔(mo)女之夜(ye)，并且回收了(le)無(wu)數(shu)平行世界、時間線中即將變成(cheng)魔(mo)女的(de)(de)魔(mo)法(fa)(fa)少(shao)(shao)女們的(de)(de)靈魂寶石。但因為(wei)(wei)超越(yue)現有秩序的(de)(de)愿望所造成(cheng)的(de)(de)宇宙重組(zu)，使得圓自(zi)身的(de)(de)存在(zai)消(xiao)失(shi)，進而成(cheng)為(wei)(wei)了(le)一種無(wu)所不在(zai)卻(que)也(ye)無(wu)法(fa)(fa)被人(ren)感(gan)知(zhi)或記住的(de)(de)宇宙法(fa)(fa)則。在(zai)重組(zu)后(hou)的(de)(de)世界中，圓神會在(zai)魔(mo)法(fa)(fa)少(shao)(shao)女們的(de)(de)靈魂寶石遭(zao)到污染(ran)而即將變成(cheng)魔(mo)女前將她們接走(zou)，這種魔(mo)法(fa)(fa)少(shao)(shao)女最終必(bi)定(ding)會憑空(kong)消(xiao)失(shi)的(de)(de)「法(fa)(fa)則」被魔(mo)法(fa)(fa)少(shao)(shao)女們稱為(wei)(wei)「圓環之理」。
找回(hui)所有(you)(you)輪回(hui)記憶的(de)(de)圓神將自己的(de)(de)紅色發帶送給焰后消失。之(zhi)后再新的(de)(de)世界，在(zai)其他人的(de)(de)意識中鹿(lu)目(mu)圓這(zhe)個人物從未存在(zai)過(guo)，她(ta)被所有(you)(you)人遺(yi)忘。唯獨曾(ceng)經具(ju)有(you)(you)時空(kong)旅(lv)行(xing)能力(li)并且見(jian)證整(zheng)個宇宙改造過(guo)程的(de)(de)曉(xiao)美焰奇跡(ji)似地(di)保(bao)留(liu)著關(guan)于圓的(de)(de)記憶和發帶，另(ling)外圓的(de)(de)母(mu)親鹿(lu)目(mu)詢(xun)子以及弟(di)弟(di)鹿(lu)目(mu)達也(ye)仿佛(fo)對這(zhe)個名字有(you)(you)著似有(you)(you)似無的(de)(de)印象。
故事從圓的(de)早(zao)晨開始(shi)，作為轉(zhuan)學(xue)生(sheng)的(de)焰來到(dao)了學(xue)校，并(bing)與見瀧(long)原(yuan)的(de)魔(mo)法少(shao)女(nv)(nv)們組(zu)成(cheng)了新(xin)生(sheng)魔(mo)法少(shao)女(nv)(nv)組(zu)合(he)，開始(shi)了消滅夢魘的(de)職(zhi)責。
一(yi)個月后(hou)，焰(yan)(yan)發現了見瀧原的(de)(de)(de)(de)不(bu)正常(chang)之處。除了個別人(ren)外，所(suo)(suo)(suo)有人(ren)的(de)(de)(de)(de)面(mian)孔都(dou)是(shi)(shi)模(mo)糊不(bu)清的(de)(de)(de)(de)。焰(yan)(yan)開(kai)(kai)始懷疑自己記(ji)憶(yi)的(de)(de)(de)(de)真實性，并聯系杏子(zi)前往她(ta)以前所(suo)(suo)(suo)生活(huo)的(de)(de)(de)(de)城市(shi)，卻(que)發現無論(lun)如何都(dou)離(li)不(bu)開(kai)(kai)見瀧原。杏子(zi)離(li)開(kai)(kai)后(hou)，焰(yan)(yan)回想起(qi)魔女和圓神的(de)(de)(de)(de)事情。花海中，焰(yan)(yan)從(cong)圓的(de)(de)(de)(de)口中得知她(ta)是(shi)(shi)希望和大家永遠在一(yi)起(qi)的(de)(de)(de)(de)。雖然疑惑(huo)于(yu)圓神為什么(me)會以人(ren)類形態出現在這個世界，并且沒(mei)有任何過(guo)去的(de)(de)(de)(de)記(ji)憶(yi)，但焰(yan)(yan)卻(que)堅信她(ta)是(shi)(shi)真實的(de)(de)(de)(de)圓。圓成為神而被(bei)(bei)所(suo)(suo)(suo)有人(ren)遺忘的(de)(de)(de)(de)結果，被(bei)(bei)焰(yan)(yan)認(ren)定(ding)是(shi)(shi)自己未能(neng)及時(shi)阻止的(de)(de)(de)(de)責任。
離(li)開圓(yuan)后(hou)(hou)，焰(yan)(yan)從丘(qiu)比的(de)(de)(de)(de)口(kou)中得(de)知了(le)一(yi)(yi)切(qie)，原來自(zi)從圓(yuan)消失后(hou)(hou)，焰(yan)(yan)一(yi)(yi)直懷抱著(zhu)對圓(yuan)的(de)(de)(de)(de)思(si)念而(er)持續戰斗著(zhu)，最終導致靈魂寶(bao)石的(de)(de)(de)(de)污濁而(er)即將魔女化，丘(qiu)比為(wei)了(le)某(mou)種目(mu)的(de)(de)(de)(de)布下結界阻擋「圓(yuan)環之(zhi)理(li)」的(de)(de)(de)(de)干涉(she)。圓(yuan)神為(wei)了(le)拯救焰(yan)(yan)，先將自(zi)己(ji)的(de)(de)(de)(de)「記(ji)憶」和「神格」交付(fu)給沙耶香和百江渚保管(guan)，自(zi)己(ji)僅保留「人格」進入了(le)焰(yan)(yan)的(de)(de)(de)(de)世界，試圖尋找恰當的(de)(de)(de)(de)時機恢(hui)復記(ji)憶和力量后(hou)(hou)接走焰(yan)(yan)。另(ling)一(yi)(yi)方面，焰(yan)(yan)也猜出了(le)丘(qiu)比的(de)(de)(de)(de)最終目(mu)的(de)(de)(de)(de)其實是為(wei)了(le)控制「圓(yuan)環之(zhi)理(li)」，暴怒的(de)(de)(de)(de)焰(yan)(yan)下決心要(yao)(yao)保護已經(jing)成為(wei)神的(de)(de)(de)(de)圓(yuan)，徹底魔女化并緩(huan)緩(huan)走向(xiang)自(zi)毀的(de)(de)(de)(de)盡頭(tou)，待她隕落，「圓(yuan)環之(zhi)理(li)」將會由(you)于感受不到需要(yao)(yao)凈化的(de)(de)(de)(de)目(mu)標而(er)離(li)去。
圓(yuan)(yuan)與(yu)眾人(ren)一(yi)起(qi)打破了(le)(le)丘比(bi)的(de)(de)(de)結界，并發現了(le)(le)已(yi)經魔(mo)女化的(de)(de)(de)絕(jue)望(wang)的(de)(de)(de)焰(yan)。圓(yuan)(yuan)喚醒了(le)(le)焰(yan)，與(yu)她一(yi)起(qi)合擊消滅(mie)了(le)(le)大(da)量丘比(bi)。回到了(le)(le)現實中，圓(yuan)(yuan)、沙耶香、百(bai)江渚都已(yi)消失(shi)，焰(yan)捧著自己即將毀滅(mie)的(de)(de)(de)靈魂寶石躺(tang)在(zai)(zai)葬(zang)臺上，在(zai)(zai)此時天國門(men)打開，圓(yuan)(yuan)神(shen)(shen)帶著身為(wei)(wei)圓(yuan)(yuan)環(huan)(huan)(huan)之理使者(zhe)的(de)(de)(de)沙耶香和渚一(yi)起(qi)前來迎接焰(yan)。但是焰(yan)卻(que)在(zai)(zai)圓(yuan)(yuan)神(shen)(shen)接近(jin)的(de)(de)(de)那一(yi)刻抓住了(le)(le)她，把圓(yuan)(yuan)環(huan)(huan)(huan)之理的(de)(de)(de)一(yi)部分——「圓(yuan)(yuan)的(de)(de)(de)人(ren)格(ge)(ge)」奪了(le)(le)出來。因為(wei)(wei)反(fan)叛(pan)了(le)(le)神(shen)(shen)，焰(yan)成為(wei)(wei)了(le)(le)類似(si)于「惡魔(mo)」的(de)(de)(de)概念存在(zai)(zai)，重組了(le)(le)宇宙。「圓(yuan)(yuan)環(huan)(huan)(huan)之理」作為(wei)(wei)規則的(de)(de)(de)一(yi)部分——「圓(yuan)(yuan)的(de)(de)(de)神(shen)(shen)格(ge)(ge)」仍然在(zai)(zai)運作，但失(shi)去了(le)(le)「圓(yuan)(yuan)的(de)(de)(de)人(ren)格(ge)(ge)」而不(bu)穩定。
丘比對焰的(de)行為(wei)和感(gan)情表(biao)示不(bu)理解(jie)，焰回答說(shuo)「這(zhe)是人類情感(gan)的(de)極致，比希望更炙熱 、比絕望更深邃——愛(ai)喲」。
焰魔的(de)(de)(de)(de)(de)新世(shi)界，所有人的(de)(de)(de)(de)(de)記憶都被重(zhong)置，圓(yuan)被焰設定為歸國子女的(de)(de)(de)(de)(de)身份轉學(xue)到學(xue)校。在(zai)焰帶著圓(yuan)參觀校園時(shi)，本應遺忘一(yi)切(qie)的(de)(de)(de)(de)(de)圓(yuan)感應到「圓(yuan)環之理」規(gui)則的(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)部分后(hou)出現了(le)神化現象，被焰及時(shi)壓(ya)制住(zhu)。焰問圓(yuan)「私欲」和「秩序」哪個更重(zhong)要時(shi)，圓(yuan)下意識地(di)回答是「秩序」。焰悲傷地(di)說「那么我們終將(jiang)是敵人呢。但是沒關系(xi)，因為我期盼的(de)(de)(de)(de)(de)是能(neng)夠讓你幸福的(de)(de)(de)(de)(de)世(shi)界」，之后(hou)焰將(jiang)一(yi)直綁在(zai)頭發(fa)上(shang)的(de)(de)(de)(de)(de)紅色發(fa)帶還(huan)(huan)給了(le)圓(yuan)，并流著淚說「果然還(huan)(huan)是比較適合你呢」。
最終，在這個(ge)世界中沙耶香與杏(xing)子(zi)成(cheng)為了好朋友，渚與麻美再一次相遇，圓也(ye)得(de)以重(zhong)新和家人生活在一起(qi)。唯有焰孤獨(du)地坐(zuo)在黑暗中，遠遠地看著(zhu)圓。
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NHK動(dong)畫(hua)紀念人(ren)氣角色(se)評選(xuan) NHK電視臺 第一屆 2013 第7名
《劇場版 魔法少女小圓》上映紀念·角色名言票選（鹿目圓）
第5名：「要跟班上的同學們保(bao)密喔。」（TV第10話(hua)）
第9名：「我也再也沒(mei)有(you)必要絕望了(le)！」（TV第12話）
第(di)(di)12名：「如果有人說(shuo)懷抱希望(wang)是種(zhong)錯誤，我會反駁這種(zhong)說(shuo)法是錯的……無(wu)論幾(ji)次我都(dou)會如此回答。」（TV第(di)(di)12話）
第(di)15名：「你(ni)是我最好的(de)朋友……」（TV第(di)12話(hua)）
2013年2月，美國人安德魯(lu)·賈(jia)卡(Andrew Jaqua)在(zai)公益(yi)請愿(yuan)網站發(fa)起全(quan)球請愿(yuan)連署活動，要求國際天文聯會將十分(fen)貌似「鹿(lu)目圓(yuan)·神化」的(de)此星(xing)云的(de)其中一部(bu)分(fen)從NGC 6527分(fen)離并更名(ming)(ming)為「圓(yuan)神星(xing)云（Madokami Nebula）」。預擬的(de)連署信(xin)指出，希(xi)望透過(guo)星(xing)云更名(ming)(ming)「將圓(yuan)神自我犧牲(sheng)的(de)精神發(fa)揚光大」 。
14歲，就讀于(yu)市立見瀧原中學(xue)二年級，普通的(de)初(chu)中生(sheng)，擔(dan)任班上的(de)保健委員(yuan)。家境富裕，有一個年僅3歲的(de)弟弟，從小(xiao)(xiao)母親在(zai)外擔(dan)任要職、父親持家。與美(mei)樹沙耶(ye)香(xiang)是從小(xiao)(xiao)一起長大的(de)青梅竹馬(ma)，和志(zhi)筑仁美(mei)是初(chu)中以來的(de)好友(you)。喜歡用湯匙(chi)吃意大利面而被吐(tu)槽(cao)小(xiao)(xiao)孩(hai)子(zi)氣。成(cheng)為魔法少女后苦惱于(yu)必殺技(ji)的(de)名(ming)稱而無法兼顧學(xue)習(xi)，因此在(zai)英文考(kao)(kao)試中曾考(kao)(kao)過(guo)37分不(bu)及格(ge)的(de)成(cheng)績，與考(kao)(kao)了(le)28分的(de)沙耶(ye)香(xiang)同病相憐（40分為及格(ge)線(xian)）。
性格溫柔善良，人格卻極度自(zi)卑，自(zi)認為(wei)沒有(you)特長和突出(chu)的才能，從內(nei)心深處極度渴望成為(wei)有(you)用的人。思想(xiang)沒有(you)黑暗(an)面，對任何人都生不(bu)出(chu)惡(e)意。可一旦堅持了某項原則，會置生死于度外，決不(bu)放棄。
人類
鹿目(mu)圓(yuan)個頭小巧可愛，粉紅(hong)(hong)色(se)(se)的(de)頭發上(shang)用兩條(tiao)紅(hong)(hong)色(se)(se)緞(duan)帶綁(bang)成雙馬尾，將頭發放下后(hou)長及肩部，有(you)一(yi)(yi)雙酒紅(hong)(hong)色(se)(se)眼睛。圓(yuan)的(de)校服(fu)由一(yi)(yi)件淺(qian)褐色(se)(se)的(de)襯衫(shan)、黑色(se)(se)格子短(duan)裙、白色(se)(se)絲(si)襪以及一(yi)(yi)雙棕(zong)色(se)(se)皮(pi)鞋(xie)組成。
變身(shen)成為(wei)(wei)魔(mo)法少女后，身(shen)著(zhu)粉(fen)紅(hong)色(se)(se)的連衣裙(qun)(qun)(qun)，軀干(gan)中部為(wei)(wei)淡黃色(se)(se)并配有(you)白色(se)(se)條紋和紅(hong)色(se)(se)紐扣，裙(qun)(qun)(qun)擺(bai)處鑲滿大量荷葉邊(bian)與蕾(lei)絲帶，裙(qun)(qun)(qun)子下擺(bai)后方是一個心形(xing)鏤空，腰部有(you)花粉(fen)狀圖案，底層(ceng)為(wei)(wei)雪白色(se)(se)的飾裙(qun)(qun)(qun)以及同色(se)(se)的襯裙(qun)(qun)(qun)。她戴著(zhu)白色(se)(se)手套，配以粉(fen)紅(hong)色(se)(se)飾邊(bian)。下身(shen)穿著(zhu)白色(se)(se)高膝(xi)襪和酒紅(hong)色(se)(se)高跟皮鞋。鹿(lu)目圓(yuan)將(jiang)她的粉(fen)紅(hong)色(se)(se)的淚狀靈魂寶石懸掛在胸前。
神化
圓(yuan)神(shen)的(de)(de)粉(fen)(fen)紅(hong)色(se)(se)(se)頭(tou)發延(yan)長至無限(xian)遠，兩側的(de)(de)頭(tou)發由一對(dui)雪白(bai)(bai)(bai)色(se)(se)(se)蝴(hu)蝶(die)結束(shu)縛著(zhu)，女神(shen)化后瞳孔(kong)泛出金色(se)(se)(se)的(de)(de)光(guang)輝。其衣(yi)飾為(wei)純白(bai)(bai)(bai)的(de)(de)魔法(fa)長裙，背(bei)部(bu)(bu)及鞋(xie)后跟均有(you)白(bai)(bai)(bai)色(se)(se)(se)的(de)(de)天(tian)使羽(yu)翼(yi)。她的(de)(de)衣(yi)領處(chu)有(you)一道波浪狀的(de)(de)切口，胸口處(chu)有(you)一鉆石(shi)狀鏤空(kong)，頂(ding)端鑲著(zhu)紅(hong)色(se)(se)(se)寶(bao)石(shi)。袖子(zi)短而寬(kuan)暢，頂(ding)部(bu)(bu)為(wei)白(bai)(bai)(bai)色(se)(se)(se)，底部(bu)(bu)為(wei)粉(fen)(fen)色(se)(se)(se)。與魔法(fa)少女時(shi)期(qi)相同的(de)(de)是，她仍然戴著(zhu)白(bai)(bai)(bai)色(se)(se)(se)手套，但腿上改(gai)穿(chuan)粉(fen)(fen)紅(hong)色(se)(se)(se)長筒過膝襪。裙子(zi)內(nei)有(you)三(san)層，底層是粉(fen)(fen)紅(hong)色(se)(se)(se)，每層下均包(bao)羅萬象(xiang)，蘊藏著(zhu)無限(xian)宇宙(zhou)。同時(shi)這個(ge)狀態(tai)也是「無限(xian)時(shi)空(kong)戰斗之(zhi)超進化所產生的(de)(de)究極(ji)型(xing)態(tai)」，在原(yuan)本劇本之(zhi)中(zhong)將此時(shi)的(de)(de)圓(yuan)稱為(wei)「超級最終型(xing)態(tai)鹿(lu)目(mu)圓(yuan)」 。
魔女
「救濟魔(mo)女Kriemhild Gretchen」。原型是鹿目圓，救濟的(de)魔(mo)女，性質為慈悲，是本質為「無助」的(de)魔(mo)女之(zhi)夜的(de)背(bei)面。最強大的(de)超級(ji)魔(mo)女，魔(mo)法質量位居魔(mo)女之(zhi)夜頂點。
沒有(you)具體(ti)的大小(xiao)，也沒有(you)具體(ti)的容貌(mao)，以一副懇求著希(xi)望的吶(na)喊模(mo)樣登場(chang)。上半(ban)身是揮(hui)舞著希(xi)望的吶(na)喊魔女；下半(ban)身是呈放射狀的裙擺(bai)。
在其(qi)他(ta)曉美焰所經歷的(de)時間軸中，圓往往會因為靈魂(hun)寶(bao)石(shi)受到污(wu)染而魔(mo)女(nv)化，成(cheng)為具有強大毀滅(mie)力的(de)「救濟魔(mo)女(nv)」 。
不管(guan)是(shi)(shi)魔(mo)女化(hua)(hua)(hua)形(xing)(xing)(xing)態(tai)，還是(shi)(shi)神(shen)(shen)化(hua)(hua)(hua)形(xing)(xing)(xing)態(tai)，都(dou)是(shi)(shi)她(ta)(ta)的(de)(de)博愛精神(shen)(shen)的(de)(de)極(ji)致(zhi)升(sheng)華。與她(ta)(ta)的(de)(de)同(tong)伴們不同(tong)，她(ta)(ta)的(de)(de)內心(xin)沒有(you)黑暗，所許的(de)(de)愿(yuan)望也總是(shi)(shi)純粹，甚(shen)至從潛意識說(shuo)都(dou)無私(si)心(xin)，魔(mo)女化(hua)(hua)(hua)的(de)(de)條件也只有(you)「靈(ling)核沒有(you)及(ji)時(shi)凈化(hua)(hua)(hua)」一個。身上擁有(you)一種無與倫(lun)比的(de)(de)感(gan)染力(li)，也完全(quan)看不到作為人(ren)類所應有(you)的(de)(de)適度自私(si)。無論(lun)何(he)時(shi)，她(ta)(ta)都(dou)是(shi)(shi)個無私(si)的(de)(de)自我犧(xi)牲者形(xing)(xing)(xing)象。但是(shi)(shi)這并(bing)不因為她(ta)(ta)比同(tong)伴們更成熟。比起(qi)「圣人(ren)」，圓更接近于一種理(li)想化(hua)(hua)(hua)的(de)(de)「無瑕(xia)人(ren)」，是(shi)(shi)本作所歌頌的(de)(de)少女精神(shen)(shen)的(de)(de)最高境(jing)界的(de)(de)代表人(ren)物。（監督虛淵玄談）
魔法(fa)少女在其他時間軸中許(xu)下(xia)了許(xu)多不同的愿望，但是這(zhe)些愿望的內容(rong)皆是為了別人的幸(xing)福所(suo)(suo)許(xu)下(xia)的，從來(lai)沒有將自己的利益作為第(di)一(yi)位考慮過。根據廣播劇《Memories of You》的演出內容(rong)，在第(di)一(yi)個時間軸中之所(suo)(suo)以選擇成為魔法(fa)少女是因為要讓(rang)被車撞死的黑貓艾米復活才訂下(xia)契約。
其他時間(jian)軸(zhou)(zhou)中所(suo)許下的愿(yuan)望(wang)(wang)，還包括希(xi)望(wang)(wang)家里所(suo)有人感到幸福、幫助苦戰中的焰擊敗魔女之夜、讓沙耶香變(bian)回普通人等要求。受到愿(yuan)望(wang)(wang)影響(xiang)，鹿(lu)目圓在各(ge)個時間(jian)軸(zhou)(zhou)中擁(yong)有不同的魔法(fa)(fa)能力(li)(li)，除了弓箭魔法(fa)(fa)，還包括身(shen)體魔力(li)(li)上升、治療(liao)傷(shang)勢、甚(shen)至(zhi)是(shi)消除部分靈魂(hun)寶(bao)石污染等魔法(fa)(fa)。
救濟魔女
鹿目(mu)圓的靈魂寶石破裂后變(bian)身而成。魔(mo)法質(zhi)(zhi)量超(chao)過物質(zhi)(zhi)界，因此(ci)是魔(mo)女中最強大的一(yi)位。雖然為(wei)救濟魔(mo)女，但破壞力十分強大，可輕易毀滅地球。想要打敗(bai)她的話，需要消除這(zhe)(zhe)個世界上的一(yi)切絕望，這(zhe)(zhe)樣會讓她誤(wu)以為(wei)身在天堂。
圓環之理
鹿目圓成神后，最強(qiang)的魔力來(lai)源，擁有(you)著(zhu)能夠改變宇宙(zhou)秩序(xu)的超(chao)強(qiang)魔力，可干(gan)涉所有(you)宇宙(zhou)以及所有(you)時間線。
歲月靜好
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