清涼峰自然保護區位于安徽東南部績溪縣和歙縣交界處，東與浙江清涼峰國家級自然保護區接壤,屬我國皖南—浙西丘陵、山地生物多樣性優先保護區域。這里山高坡陡，怪石嶙峋，蒼松挺拔，自然景色壯觀秀麗。國務院辦公廳2011年下發通知，發布安徽清涼峰等16處新建國家級自然保護區名單。這里山高坡陡，怪石嶙峋，蒼松挺拔，自然景色壯觀秀麗。由于交通閉塞，人為活動少，山體中上部的森林植被基本保持了自然原貌。

金寨天馬國家級自然保護區地處安徽省金寨縣，面積為28914公頃，為中國東部亞熱帶北緣向暖溫帶過渡地區，地處大別山腹地，主要保護對象為北亞熱帶常綠落葉闊葉林及珍稀動植物安徽麝、白冠長尾雉、金錢松、香果樹。類型為自然資源保護區。屬北亞熱帶濕潤區。類型為森林生態系統保護區。主要保護對象為北亞熱帶落葉—常綠闊葉混交林及珍稀野生動植物，其類型為森林生態系統類型自然保護區。金寨天馬國家級自然保護區總面積28913.7公頃，其中核心區5745.3公頃，緩沖區8118.6公頃，實驗區15049.8公頃。

鷂落坪自然保護區位于安徽省岳西縣境內，面積12300公頃，1991年建立省級自然保護區，1994年晉升為國家級，主要保護對象為亞熱帶常綠落葉闊葉混交林。地處大別山區，屬北亞熱帶季風氣候區，動植物分布呈南北過渡特征，植被垂直分布明顯，森林覆蓋率達90%，為大別山區森林保護較好的區域，區內高等植物有1200多種，其中國家重點保護植物有大別山五針松、金錢松、連香樹等20多種。國家重點保護動物有金錢豹、原鹿、大鯢等十余種。

升金湖保護區是中國主要的鶴類越冬地之一，也是世界上種群數量最多的白頭鶴天然越冬地，因此升金湖亦有“中國鶴湖”之稱。1986年安徽省政府批準建立升金湖省級自然保護區，面積為33333公頃。1997年經國務院批準為國家級自然保護區，國家AAAA級景區。2000年東至縣政府成立升金湖國家級自然保護區管理局，為副縣級事業單位。2015年12月25日升金湖入編《國際重要濕地名錄》，是安徽省首個榮獲國際級稱號的自然保護區。

牯牛降風景區位于石臺縣與祁門縣交界處，是安徽南部三大高山（黃山、清涼峰、牯牛降）之一，距石臺縣城22公里，主峰海拔1727.6米，總面積為6700公頃。牯牛降共分五大景區:主峰景區、靈山景區、雙龍谷景區、龍門景區、觀音堂景區。其中前四個皆位于石臺縣境內，觀音堂景區位于祁門縣境內。牯牛降以雄、奇、險著稱，是黃山山脈向西延伸的主體，古稱“西黃山”，山岳風光秀美綺麗。境內有36大峰，72小峰，36大岔，72小岔。因其山形酷似一頭牯牛從天而降，故名牯牛降。

古井園國家級自然保護區位于安徽省岳西縣大別山的東南部，行政區劃屬于岳西縣主簿鎮、姚河鄉以及巍嶺鄉境內。保護區面積7904.3公頃，全區森林覆蓋率高達93%。涵蓋了當地大部分具有保護價值的植物原生地和野生動物棲息地，已形成一個相對獨立的、典型的生態系統自然綜合體。保護區是以保護北亞熱帶常綠落葉闊葉混交林、落葉闊葉林，珍稀瀕危野生動植物為主要保護對象的野生動植物類型的自然保護區，2016年5月2日，保護區被國務院列為國家級自然保護區。

銅陵淡水豚自然保護區位于安徽省銅陵市郊區，為國家級自然保護區，是世界上首座利用半自然條件對白鰭豚、江豚等進行易地養護的場所。銅陵淡水豚自然保護區涉及安徽池州市、安慶市和巢湖市的部分江段，上始樅陽縣老州，下至銅陵縣金牛渡，全長58公里，總面積315．18平方公里。保護區內湖泊、河流較多，水道曲折迂回，是白鰭豚和長江江豚的主要棲息地之一。保護區內旅游資源極為豐富，項目繁多，主要有安徽省首座水族館、標本館、珍稀水生野生動物、和悅老街、九華山頭天門—大士閣、潛洲沙灘、2.67平方公里生態蔬菜基地等。

揚子鱷國家級自然保護區，始建于1979年，位于安徽省宣城市宣州區。保護區分為核心區、緩沖區和實驗區三個功能區，總面積18565平方公里，其中核心區面積為5188平方公里，占保護區總面積的27.94%；緩沖區面積為2506平方公里，占保護區總面積的13.50%；實驗區面積為10871平方公里，占保護區總面積的58.56%。

安徽揚子鱷自然保護區位于中國安徽省宣城地區廣德、宣州、南陵、郎溪、涇縣五個縣市，面積44300公頃，1975年建立省級自然保護區，1986年晉升為國家級，主要保護對象為中國特有的爬行動物揚子鱷及其生存環境。安徽揚子鱷國家級自然保護區分布有我國特有的，也是現存最古老的爬行動物---有“活化石”之稱的揚子鱷。揚子鱷與美洲密西西比河鱷為目前世界上僅存的兩種淡水鱷，數量極其稀少，使揚子鱷的種群得到較大幅度的增長，初步解除了該種瀕臨滅絕的危險。

牯牛降風景區，位于安徽省池州市石臺縣與祁門縣交界處，距石臺縣城22公里，是國家4A級景區，也是安徽南部三大高山之一，因其山形酷似一頭牯牛從天而降，故名牯牛降。牯牛降以雄、奇、險著稱，是黃山山脈向西延伸的主體，古稱“西黃山”。景區總面積為6700公頃，共分為主峰景區、靈山景區、雙龍谷景區、龍門景區、觀音堂景區五大景區。