江蘇省人民醫院位于江蘇省南京市廣州路，始建于1936年，是江蘇省屬三級甲等綜合性醫院，擔負著醫療、教學、科研、公益四項中心任務。醫院占地面積245畝，現有建筑面積41萬平方米，實際開放床位4200張，職工6800余人。醫院是國家重大疫情救治基地，承擔國家疑難病癥診治能力提升工程建設項目；也是南京醫科大學較大的臨床教學基地，現有6個學系、43個教研室，是國家住院醫師規范化培訓示范基地。

江蘇省腫瘤醫院前身系1960年建院的江蘇醫院，為三級甲等腫瘤專科醫院，是江蘇省腫瘤防、治、研、教、技術指導中心。連續5年入圍復旦大學醫院管理研究所公布的“年度全國最佳腫瘤學專科聲譽排行榜”，2015年首次躋身“中國最佳醫院排行榜”第97位。醫院秉承“以人為本，回報社會”的服務宗旨，正在加快建設步伐。作為省政府重點民生工程的改擴建工程即將全面啟動建設，江蘇省質子重離子治療中心正在積極籌建中。全院上下聚力創新，聚焦發展，努力將醫院建成與江蘇經濟文化大省地位相適應的、全國一流的腫瘤防治中心。

南京醫科大學第二附屬醫院，是江蘇省衛生計生委直屬的三級甲等綜合醫院，是國家衛生計生委全科醫師培訓基地、消化內鏡診療培訓基地、婦科四級腔鏡診療培訓基地、臨床藥師培訓基地、住院醫師規范化培訓基地以及國家藥物臨床試驗機構。醫院曾獲得中華總工會全國模范職工之家、中國紅十字優秀冠名醫療機構及江蘇省優秀紅十字醫院稱號、全國總工會科教文衛工會“工人先鋒號”稱號、省總工會“五一”勞動獎狀、省總工會模范職工之家、省級青年文明號等榮譽。

南京市第二醫院，又名東南大學附屬第二醫院，同時掛牌江蘇省傳染病醫院、南京市腫瘤醫院、南京市老年病醫院。其前身是國民黨國立傳染病醫院，由宋美齡基金會創建于1933年，至今已有84年歷史，是集醫療、教學、科研為一體的江蘇省規模最大的三級甲等傳染病專科醫院。醫院是南京市“園林式醫院”，連續多年保持江蘇省文明單位、南京市文明單位稱號。先后榮獲衛生部“全國抗非先進集體”、中組部“全國抗非先進黨組織”、全國抗“非典”工作先進基層黨組織、中國醫院協會“第二屆全國醫院藥事管理優秀獎”。

東南大學附屬中大醫院始建于1935年，其前身為中央大學醫學院附設醫院，歷經第五軍醫大學附屬醫院，解放軍84醫院及南京鐵道醫學院附屬醫院等幾個重要歷史階段。歷史上名家輩出，戚壽南、姜泗長、張滌生、牟善初、陰毓璋、王士雯、賀林、楊煥明等眾多院士和專家學者曾在此校園求學或執教，奠定了豐厚的文化底蘊和篤學重研的傳統。經過82年的發展，現已成為集醫療、教學、科研為一體的大型綜合性教學醫院，也是江蘇省首批通過衛生部評審的綜合性三級甲等醫院。

南京醫科大學附屬口腔醫院暨江蘇省口腔醫院、江蘇省紅十字口腔醫院，是江蘇省三級甲等口腔專科醫院、江蘇省口腔衛生指導中心單位，現為中華口腔醫學會副會長單位，江蘇省口腔醫學會會長、江蘇省醫師協會口腔醫師分會主任委員單位，江蘇省整形美容協會口腔頜面整形分會主任委員單位，江蘇省中西醫結合學會口腔疾病專委會主任委員單位。醫院是"國家醫師資格考試實踐技能考試與考官培訓基地"和口腔全科醫生培養省級示范臨床基地。

南京腦科醫院，又名南京醫科大學附屬腦科醫院，江蘇省精神衛生中心，始建于1947年，是我國最早的國立神經精神病專科醫院，承擔著南京市、江蘇省乃至全國神經、精神疾病的醫療、康復、預防、教學、科研、司法鑒定等任務，還承擔著相關政府指令性工作及突發應急事件的心理救援等處置任務，在國家重大城市任務和突發公共衛生事件處置中，發揮社會維穩作用。連續多年獲得江蘇省人民政府、南京市人民政府“先進單位”、“文明單位”等榮譽。

南京市第一醫院（南京醫科大學附屬南京醫院、中國藥科大學南京市第一醫院），是三級甲等綜合性醫院。醫院創建于1936年2月，現有1個主院區和2個分院區（南院和河西院區），建筑面積20.68萬㎡。2005年起聯合南京市、蘇北及安徽地區17家二級醫院成立“南京市第一醫院集團”；在江蘇、安徽、湖北等省各大中型醫院建立心臟病、糖尿病、骨科、普外科、康復科、眼科、介入和婦產科等診療分中心136個，輸出優勢醫療技術。

南京市婦幼保健院創建于1936年，前身為國立中央高級助產職業學校附屬產院，現為南京醫科大學附屬婦產醫院、國家級愛嬰醫院、省內首家三級甲等婦幼保健院，集保健、醫療、教學、科研為一體，常年為南京及周邊地區婦女兒童提供多層次、全方位健康保健和疾病預防診療服務，是中國醫院協會婦產醫院管理分會會員單位、中國婦幼保健協會常務理事單位、江蘇省醫院協會婦幼保健院分會主委單位。2017年是全面深化醫藥衛生體制改革的攻堅之年，也是加快推進健康江蘇建設的重要一年。

南京市兒童醫院，暨南京醫科大學附屬南京兒童醫院、江蘇省紅十字兒童醫院，是一所集醫療、科研、教學、康復、保健為一體的三級甲等兒童醫院。1990年成為南京大學醫學院教學醫院，1997年被評為江蘇省三級甲等兒童醫院， 1999年成為南京醫科大學附屬醫院，是一所集醫療、科研、教學、預防、康復于一體的綜合性兒科醫學基地。小兒消化科為國家級臨床重點專科，小兒心胸外科為江蘇省"科教興衛工程"醫學重點學科。