武夷山，是中國著名的風景旅游區和避暑勝地，屬典型的丹霞地貌，素有“碧水丹山”、“奇秀甲東南”之美譽。自然景觀與人文景觀的有機結合是武夷山風景區的一大特色，而以天游-桃源洞景區尤為突出，堪稱人與自然完美結合的典范，區內幽靜的環境、秀麗的風光吸引了歷史上文人雅士紛紛在這里游覽、隱居、著述、講學，留下了數十處書院、寺廟遺址和百余方摩崖石刻。

龍棲山國家級自然保護區位于將樂縣西南部，距縣城56公里。這個國家級的自然保護區屬森林生態系統類型自然保護區。總面積6371公頃，全區平均海拔800米，氣候四季分明，夏季涼爽無酷暑，冬有霜雪少嚴寒。龍棲山自然保護區保護區中亞熱帶森林植被生態系統和自然景觀；華南虎、金錢豹、云豹、黃腹角雉、白頸長尾雉等國家重點保護野生動物，及其它具有巨大經濟價值的野生動物及其棲息地；以及南方紅豆杉等珍稀植物資源及保護區內的生物多樣性。

福建君子峰國家級自然保護區位于福建省三明市明溪縣境內，始建于1995年。2003年，經福建省人民政府批準為省級自然保護區，2008年1月經國務院批準晉升為國家級自然保護區。保護區總面積18060.5公頃，其中核心區面積7497.6公頃，緩沖區面積4035.8公頃，實驗區面積6527.1公頃。是以保護中亞熱帶、低緯度、低海拔平緩坡面的常綠闊葉林，木本藥用植物種質資源，名貴用材樹種種質資源，重點保護的野生動物、候鳥遷徙通道等原始森林生態系統為主的自然保護區。

福建虎伯寮自然保護區于2001年6月經國務院批準為國家級自然保護區，是福建省繼武夷山、梅花山、龍棲山之后第四個國家級自然保護區。總面積3001公頃，其中核心區面積1410.62公頃，緩沖區面積819.2公頃，實驗區面積771.2公頃，森林覆蓋率達到87.6%，屬南亞熱帶雨林特征。植物學家譽之為“閩南的西雙版納”。 區內有珍稀植物130多種。其中，屬于國家I級保護植物的有南方紅豆杉、銀杏、伯樂樹3種；國家II級保護植物有香樟、福建柏、刺莎欏等19種；珍稀動物有264種。

茫蕩山位于南平市延平區西北部，離市區約15公里，1991年公布為省級風景名勝區，面積117平方公里（保護區總面積11063.3公頃）。茫蕩山保護區屬森林生態系統與遺傳多樣性類型自然保護區，以重要的杉木原生種群與種質資源、典型的中亞熱帶溝谷森林生態系統和豐富的珍稀瀕危野生動植物資源為主要保護對象。茫蕩山1988年2月被列入省級自然保護區，2004年9月滿票通過第四屆國家級自然保護區評審委員的評審，將正式升格為國家級自然保護區。

福建汀江源國家級自然保護區位于長汀縣境內，地處閩西西部，坐落于武夷山脈南段延伸支脈區域，總面積10379.7公頃，主要保護對象為原生性的中亞熱帶常綠闊葉林生態系統、典型的中亞熱帶溪流生態系統、豐富的大型真菌資源、汀江源頭重要水源涵養林，屬森林生態系統類型自然保護區。本次批準新建的21處國家級自然保護區涉及15個省（自治區），總面積約為6202平方公里，保護了東北虎、大熊貓、金絲猴等35種國家一級重點保護動物以及海南蘇鐵、水杉、光葉珙桐、獨葉草等12種國家一級重點保護植物。

梅花山自然保護區于1985年4月經福建省人民政府批準建立，1988年5月經國務院批準列為國家級森林和野生動物類型自然保護區，保護區地處福建西南部，是武夷山脈南段與博平嶺之間的玳瑁山的主體部分，為上杭、連城、龍巖三縣（市）交界地帶，俗稱“梅花十八洞”。保護區是閩西玳瑁山的主體部分，地貌以中山為主，地勢中部高，四周低，西部高，東部底，平均海拔900米，千米以上山峰達70多座，最高石門山海拔1811米。

梁野山國家級自然保護區位于福建武平縣境內，山系為武夷山脈最南端，南嶺山脈東頭，屬中亞熱帶、南亞熱帶過渡區域，地理坐標為：東經116°07'～116°19'，北緯25°04'～25°20'，總面積14365公頃。主要保護對象包括國家一級重點保護植物南方紅豆杉種群及其良好生境，珍稀保護動植物，稀有或罕見的森林生態系統，野生蘭科植物資源與生境和重要匯水區。2003年6月，經國務院批準為國家級自然保護區。2017年12月20日，入選“中國森林氧吧”。

閩江源生態旅游區位于福建省建寧縣東南部，閩江源國家級自然保護區內的金鐃山，總面積130.22 Km，是武夷山脈中亞熱帶森林生態系統保護區的重要組成部分，也是珍稀野生動植物的良好棲息地和珍貴的物種基因庫，森林覆蓋率達95%，是福建“母親河”千里閩江正源頭。當年徐霞客沿武夷山脈云游到此，看到如此美麗的勝景，脫口吟出：“武夷勝景甲天下，金鐃東南第一窺。景區著名景點有高峰古道、雌雄雙瀑、古棧道、金鐃山索道等。

福建雄江黃楮林國家級自然保護區地處福建省閩清縣的西部，地理坐標北緯26°15′29″～26°22′41″、東經118°39′38″～118°51′19″，總面積12513.3hm2，其中：核心區面積4198.3hm2；緩沖區面積2224.9hm2；保護區主要保護對象：以福建青岡林為代表中亞熱帶南緣基帶常綠闊葉林森林生態系統、溪流類濕地生態系統、珍稀瀕危野生動植物及棲息地、閩江水源涵養林。