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華大基因與英偉達達成合作 使用CUDA進行全基因組測序

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2019年12月18日,英(ying)偉(wei)(wei)達GTC China大(da)會在蘇州舉行,maigoo小編了(le)解到(dao),英(ying)偉(wei)(wei)達為CUDA增加了(le)兩個新的(de)主流應用(yong)——5G vRAN和基(ji)因(yin)(yin)組(zu)處理,基(ji)因(yin)(yin)組(zu)行業的(de)華大(da)基(ji)因(yin)(yin)對應用(yong)實現了(le)支持。華大(da)基(ji)因(yin)(yin)的(de)生命(ming)科學(xue)超級計(ji)算機以每天(tian)60個基(ji)因(yin)(yin)組(zu)的(de)吞吐量,改變了(le)全基(ji)因(yin)(yin)組(zu)測序,并同時降(jiang)低了(le)成本。

  • 全基因(yin)組(zu)測序會(hui)分析整個(ge)基因(yin)序列,可以檢測由遺(yi)傳性疾(ji)病引起的(de)DNA突(tu)變(bian)(bian),突(tu)變(bian)(bian)導致的(de)癌癥擴(kuo)散,或是追蹤基因(yin)突(tu)變(bian)(bian)引發疾(ji)病的(de)機制。

    同時這(zhe)項技術(shu)也(ye)用于研究畜(chu)牧業、農特和導致疾(ji)病的微(wei)生(sheng)物(wu)。

    但是(shi),如何解決大(da)數據(ju)存取能(neng)力以及計(ji)算能(neng)力不足(zu)等瓶頸問(wen)題(ti),是(shi)基因組學研究(jiu)和應用面(mian)臨的一(yi)大(da)難題(ti)。基因組處理流程(cheng)在(zai)行業標(biao)準中被稱為GATK,這一(yi)過程(cheng)可根據(ju)參考繪制DNA短鏈,以重建基因組并找出變異,屬于計(ji)算密(mi)集型任務。

    大(da)會現場,黃仁勛(xun)發(fa)布(bu)NVIDIA Parabricks基因組分(fen)析工(gong)具包(bao),Parabricks是一(yi)(yi)個(ge)基于CUDA加(jia)速的基因組處理工(gong)具包(bao),可(ke)以用于發(fa)現變異,并能產(chan)生與(yu)GATK最佳實踐流程一(yi)(yi)致的結果,實現30-50倍的加(jia)速。

    Parabricks提供了DeepVariant工具(ju),利用深(shen)度(du)學習技術(shu)進(jin)行(xing)基因變異(yi)檢測(ce)。現在,華(hua)大基因就采用了Parabricks。借助若干GPU服務器,華(hua)大基因可以按照測(ce)序儀生成數(shu)據的速(su)率(lv)來處(chu)理(li)基因組。

  • 華大基因品牌介紹
行業(ye)推薦品牌

華(hua)大基因(yin)主營業(ye)務(wu)為(wei)通過基(ji)因檢測、質譜檢測、生(sheng)物(wu)信(xin)息分(fen)析等多(duo)組學大數據(ju)技術(shu)手(shou)段,為(wei)科研機(ji)構(gou)、企事業(ye)單位、醫療機(ji)構(gou)、社會衛生(sheng)組織(zhi)等提供研究(jiu)服務(wu)和(he)精準醫學檢測綜合解決方案(an)。

華大(da)基(ji)因(yin)(yin)秉(bing)承“基(ji)因(yin)(yin)科(ke)(ke)技(ji)造福人類”的愿(yuan)景,以推動生命(ming)科(ke)(ke)學研究進展(zhan)、生命(ming)大(da)數據應用和提高全球醫療健康水(shui)平為(wei)出(chu)發點,基(ji)于基(ji)因(yin)(yin)領域研究成果(guo)及精準(zhun)檢(jian)測技(ji)術在民生健康方(fang)面的應用,致力于加速(su)科(ke)(ke)技(ji)創(chuang)新,減(jian)少出(chu)生缺陷,加強腫(zhong)瘤防(fang)控,抑制重大(da)疾(ji)病(bing)對人類的危害(hai),實現精準(zhun)治愈感染,全面助(zhu)力精準(zhun)醫學。

公(gong)司依托領先的(de)生物信息研發、轉化和應(ying)用(yong)平臺(tai)(tai),數百(bai)臺(tai)(tai)高通(tong)量測(ce)序儀、質(zhi)譜(pu)儀和高性能計算機,為數據的(de)產出、存儲、分析提供有力保(bao)障。

公司總部位于中國深(shen)圳,在(zai)(zai)北京、天津(jin)、武漢、上海、廣州(zhou)、香港等(deng)國內主要城(cheng)市設有分支機構(gou)和(he)醫學檢驗所,并在(zai)(zai)歐洲(zhou)、美(mei)洲(zhou)、亞太(tai)等(deng)地區(qu)設有海外中心和(he)核心實驗室,已形成“覆蓋全(quan)國、輻射全(quan)球(qiu)”的網絡布局。

公司主要(yao)服務于國內(nei)外的科研(yan)院(yuan)校、研(yan)究所、獨立醫(yi)(yi)(yi)學(xue)檢驗(yan)實驗(yan)室、制(zhi)藥公司等機(ji)構,以(yi)及國內(nei)外的各(ge)級醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)、體(ti)檢機(ji)構等醫(yi)(yi)(yi)療(liao)衛生機(ji)構、公司客戶和大眾客戶。目(mu)前,公司業務已經(jing)覆蓋了全(quan)球(qiu)100多(duo)個國家(jia)(jia)(jia)和地(di)區,包(bao)括中國境內(nei)2,000多(duo)家(jia)(jia)(jia)科研(yan)機(ji)構和2,300多(duo)家(jia)(jia)(jia)醫(yi)(yi)(yi)療(liao)機(ji)構,其中三甲醫(yi)(yi)(yi)院(yuan)300多(duo)家(jia)(jia)(jia);歐洲、美(mei)洲、亞太(tai)等地(di)區合作(zuo)的海外醫(yi)(yi)(yi)療(liao)和科研(yan)機(ji)構超過3,000家(jia)(jia)(jia)。

  • 英偉達品牌介紹
行業推薦品牌

1999年,NVIDIA®(英偉達)公司發明了GPU(圖形(xing)(xing)處理器),讓全世界(jie)重新認識(shi)了計(ji)算機圖形(xing)(xing)的威力。

自那時起,NVIDIA®(英(ying)(ying)偉達?)不斷(duan)為視覺計算樹立新標準(zhun),其(qi)令(ling)人嘆為觀止(zhi)的交互式(shi)(shi)圖形(xing)產品可廣泛用于從平板電腦和便攜式(shi)(shi)媒(mei)體播放器到筆記(ji)本(ben)與工作(zuo)站等各種設(she)備(bei)之上。NVIDIA®(英(ying)(ying)偉達)在可編程GPU(圖形(xing)處(chu)理器)方面(mian)擁有專(zhuan)業的專(zhuan)業技術,在并行處(chu)理方面(mian)實現了(le)諸多突破(po),從而普及了(le)低價超級計算機的使用。公(gong)司持(chi)有1,100多項美國專(zhuan)利,其(qi)中涵蓋(gai)了(le)關乎(hu)現代(dai)計算之根(gen)本(ben)的諸多設(she)計與深(shen)刻見解。

隨著對GPU的需求不斷迅猛增長,NVIDIA®(英偉達)已經開發出五大產品品牌,以滿足特定細分市場的需求:Tegra?(圖睿?)掀起了移(yi)動計(ji)(ji)算的革命。它(ta)是一款擁(yong)有八(ba)個專用處理(li)器的復雜片(pian)上系(xi)統(tong)(System-on-a-Chip),其功耗比普通筆記本PC芯片(pian)低(di)50倍。Tegra?(圖睿?)能(neng)夠為新一代平板電(dian)腦、智能(neng)電(dian)話、便攜(xie)式(shi)媒體播放器以及車載駕駛員安全/輔助/信息系(xi)統(tong)提供計(ji)(ji)算動力。ION?(翼(yi)揚?)能夠提升(sheng)上網本的(de)(de)性(xing)能。它(ta)可以在游戲、電影以及基于Web的(de)(de)視(shi)頻當(dang)中呈現豐富(fu)的(de)(de)高清媒(mei)體,同時還(huan)提供了對Windows 家庭高級(ji)版的(de)(de)支(zhi)持。憑(ping)借下述NVIDIA®(英(ying)偉達)Optimus的(de)(de)技術(shu)的(de)(de)有力補充,ION?(圖(tu)睿?)可謂(wei)無(wu)瑕。GeForce®(精視?)能夠為消費級(ji)臺式PC與(yu)筆記(ji)本(ben)加速

GeForce®(精視(shi)?)是(shi)我(wo)們出色的產(chan)品線,它能夠為暢(chang)玩游戲、欣賞(shang)電影或者使(shi)用(yong)PC來體驗其它形式數字娛樂(le)的用(yong)戶(hu)實(shi)現充沛的性能。Quadro 是(shi)強大工作站(zhan)的(de)動(dong)力源泉。動(dong)畫公司(si)、廣播公司(si)、視(shi)覺特(te)效(xiao)藝術家以及(ji)工業設計師均采用Quadro來幫助其打造較(jiao)復雜的(de)項目并實現這(zhe)些項目的(de)可視(shi)化。世界上大多數汽車、飛(fei)機(ji)以及(ji)各種各樣的(de)消費級產品都(dou)是(shi)利用Quadro專(zhuan)業圖(tu)形解(jie)決(jue)方案(an)設計出來的(de)。Tesla 正在徹底改變超(chao)級(ji)計(ji)算領域的(de)(de)面(mian)貌。通(tong)過利用GPU的(de)(de)并(bing)行處理能力,Tesla能夠為需要超(chao)級(ji)計(ji)算機處理能力的(de)(de)科(ke)學家以及(ji)研(yan)究人(ren)員提(ti)供超(chao)強性能,然而其成本和功耗(hao)卻比(bi)常規(gui)解決方案低得多。

NVIDIA®(英偉達)還推出了大量重要技術:3D立體幻鏡? 集專門的快門式眼鏡與軟(ruan)件于一身(shen),能夠為游戲(xi)、視(shi)(shi)頻、照片以及藍光3D實現令人身(shen)臨其境的3D可視(shi)(shi)化效果。SLI®(速力?)能夠利(li)用同一塊主板上多顆GPU的處(chu)理(li)能力來(lai)打造高分辨率游戲體驗。Optimus 能夠利用(yong)同一塊主(zhu)板上多顆GPU的處(chu)理能力來打造高分辨率(lv)游戲體驗。PhysX 是一種圖形(xing)引擎(qing)(qing),該引擎(qing)(qing)能夠實(shi)時重(zhong)現(xian)例如(ru)重(zhong)力和(he)運動等自然(ran)力施加在物體上的動態效果(guo)。PhysX可運用(yong)于所有游(you)戲平臺之上,其中包括(kuo)PC、游(you)戲機以及iPhone。尤其是 CUDA 令我(wo)們引以為傲。CUDA是我(wo)們的(de)并行計(ji)算架構,該架構讓(rang)GPU能(neng)夠(gou)處理不計(ji)其數(shu)的(de)數(shu)據以及圖像的(de)幾何圖形與像素(su)。

從生(sheng)命科學與醫學到(dao)能源勘探和量子化學,CUDA現已(yi)越來越多地(di)應用到(dao)各種(zhong)非視覺領域當中。世界上現在已(yi)有超(chao)過60,000名活躍(yue)的(de)CUDA開發人員。40個國家和地(di)區的(de)300多所(suo)大(da)學院校均開設(she)了(le)CUDA課程。

NVIDIA®(英偉達)公(gong)司(si)于1993年(nian)由黃仁勛(xun)(xun)(Jen-Hsun Huang)、Chris Malachowsky以(yi)及(ji)Curtis Priem聯合創辦(ban),總部位于美國加利福尼亞(ya)州圣(sheng)克拉拉市。黃仁勛(xun)(xun)此(ci)前(qian)曾供職(zhi)于LSI Logic以(yi)及(ji)AMD公(gong)司(si),而Chris Malachowsky與(yu)Curtis Priem則(ze)來自(zi)Sun Microsystems公(gong)司(si)

NVIDIA®(英(ying)偉(wei)達)公(gong)(gong)司(si)于(yu)1999年在(zai)納斯達克公(gong)(gong)開(kai)掛牌上市,股票交易代碼為NVDA。公(gong)(gong)司(si)在(zai)20多(duo)個國(guo)家和(he)地(di)區擁有約(yue)5,700名員工。

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